第三十四條違反本條例規定，有下列行為之一的單位和個人，由自然保護區管理機構責令其改正，並可以根據不同情節處以１00元以上５000以下的罰款：
（一）擅自移動或者破壞自然保護區界標的；
（二）未經批準進入自然保護區或者在自然保護區內不服從管理機構管理的；
（三）經批準在自然保護區的緩衝區內從事科學研究、教學實習和標本采集的單位和個人，不向自然保護區管理機構提交活動成果副本的。
第三十五條違反本條例規定，在自然保護區進行砍伐、放牧、狩獵、捕撈、采藥、開墾、燒荒、開礦、采石、挖沙等活動的單位和個人，除可以依照有關法律、行政法規規定給予處罰的以外，由縣級以上人民政府有關自然保護區行政主管部門或者其授權的自然保護區管理機構沒收違法所得，責令停止違法行為，限期恢複原狀或者采取其他補救措施；對自然保護區造成破壞的，可以處以300元以上10000元以下的罰款。
第三十六條自然保護區管理機構違反本條例規定，拒絕環境保護行政主管部門或者有關自然保護區行政主管部門監督檢查，或者在被檢查時弄虛作假的，由縣級以上人民政府環境保護行政主管部門或者有關自然保護區行政主管部門給予300元以上3000元以下的罰款。
第三十七條自然保護區管理機構違反本條例規定，有下列行為之一的，由縣級以上人民政府有關自然保護區行政主管部門責令限期改正；對直接責任人員，由其所在單位或者上級機關給予行政處分：
（一）未經批準在自然保護區開展參觀、旅遊活動的；
（二）開設與自然保護區保護方向不一致的參觀、旅遊項目的；
（三）不按照批準的方案開展參觀、旅遊活動的。
第三十八條違反本條例規定，給自然保護區造成損失的，由縣級以上人民政府有關自然保護區行政主管部門責令賠償損失。
第三十九條妨礙自然保護區管理人員執行公務的，由公安機關依照《中華人民共和國治安管理處罰條例》的規定給予處罰；情節嚴重，構成犯罪的，依法追究刑事責任。
第四十條違反本條例規定，造成自然保護區重大汙染或者破壞事故，導致公私財產重大損失或者人身傷亡的嚴重後果，構成犯罪的，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員依法追究刑事責任。
第四十一條自然保護區管理人員濫用職權、玩忽職守、徇私舞弊，構成犯罪的，依法追究刑事責任；情節輕微，尚不構成犯罪的，由其所在單位或者上級機關給予行政處分。