此行似得狩野直喜好感，半年後去京都的陳源見到倉石武四郎等人，函告胡適：“狩野據說非常的佩服你。”（《胡適來往書信選》上冊，461～462頁。）但這或是狩野直喜的客套，或是陳源的恭維，因為恰在此時，王國維自殺身亡，狩野直喜撰文悼念時說：“當今中國，因受西洋學問的影響而在中國學中提出新見解的學者決非少數，可是這種新湧現的學者往往在中國學基礎的經學方麵根柢不堅，學殖不厚，而傳統的學者雖說知識淵博，因為不通最新的學術方法，在精巧的表達方麵往往無法讓世界學者接受。”（《回憶王靜安君》，原載《藝文》，第18年8號（1927年8月）；亦見《追憶王國維》，345頁。）他認為用索引方式重新條理中國文明的整理國故，大有築壩令峽穀風景沉沒之感，而主張保持和愛惜其自然風光。（參見《胡適》，見《吉川幸次郎全集》第16卷，432頁。）這無疑與胡適的見解大相徑庭，而且是針對胡適的主張。在此前後，九州大學有人動議請胡適為外人講師，遭到校長的反對而作罷。（參見《先學を語る：楠木正繼博士》，載《東方學》，第62輯（1981年6月）。）
盡管胡適的學術成果多為日本學者注意而其主張引起的共鳴不多，但他對日本中國研究的態度影響卻不小。從留學時代起，胡適就是近代中國主張理性對日的少數人之一，一麵呼籲國人不要感情用事，一麵警告日本必須改變侵略政策。他知道“中國之大患在於日本……中國存亡係乎其手”，而主張從日本開始推行其人道主義。為此，他表示“不可不深知日本之文明風俗國力人心”，“不可不知日本之文字語言”，決心到日本住兩三年，“以能以日本文著書演說為期”，並批評中國學生“往往藐視日本，不屑深求其國之文明，尤不屑講求溝通兩國誠意之道”為“大誤”，誓為東瀛三島的傳教士兼朝聖者（MissionaryandPilgrim）。可是當他托人代購日本文法書準備學習日語時，朋友告以由閱曆得來的真相是：“日本文化一無足道，以綜而言，則天皇至尊；以分而言，則男盜女娼。”對此胡適不禁歎道：“嗟乎！此言而果代表留日學界也，則中日之交惡，與夫吾國外交之昏暗也，不亦宜乎？”（《胡適留學日記》，532～533、613、621～622、673～675頁。）
在對日問題上，胡適的“理智”態度和“穩健”主張幾度引起激烈批評抨擊，但始終堅持應學習日本的長處，認為“最要緊的是不要存輕視日本文化之心理。日本人是我們最應該研究的”（《胡適來往書信選》中冊，273頁。另參見《胡適的日記》，手稿本，1929年12月15日。），並將中日互相懂得賞識彼此的文化，視為兩國和平共處的保障（參見《胡適的日記》，39～40頁。）。為此，他曾為日華學會題詞：“中國文化的特別長處在於側重人生，忽視宗教，正德、利用、厚生，這是中國原有文化的三大目標。”（《日華學報》，第3號（1928年2月）。此題詞顯然有針對日本學者尊崇儒教之意。）
從1922年起，胡適介入了日本以退還庚款舉辦的東方文化事業，曾與蔣夢麟擬訂計劃，主張在中國國立大學和日本帝國大學互設中、日講座，提倡東方文化研究。雖然抗議日本壟斷此項事業的企圖，主張卻較為緩和。（參見《胡適的日記》，395頁；《胡適來往書信選》上冊，257～258頁。）任東方文化事業總會委員的日本議員大內暢三說，胡適不懂日語“是一件大憾事”（《胡適的日記》，手稿本，1930年8月29日。1926年胡適還曾致函大內暢三，論中日文化事業。（參見《胡適的日記（1926.7.17—8.20）》，見《胡適研究叢刊》，第2輯，338頁））。
1935年以後，胡適的對日態度改變，和北平知識界一起反對華北特殊化，因而被日本視為反日派領袖。（參見《胡適書信集》中冊，721頁；《胡適年譜》，249～250、323～324頁。）但第二次世界大戰後在處理有關文化事業上，他仍保持一貫的理智。當時學術界主張對日索賠、搬回古書古物的呼聲甚高，胡適認為私人購去的如莫禮遜文庫，不必討回，用庚款建的學術機關，在中國的可沒收，在日本的應鼓勵其繼續維持。（參見《胡適書信集》中冊，1053頁；《胡適來往書信選》下冊，284～285頁。）1946年，他接到闊別20年的神田喜一郎的來函，並得知鈴木大拙的消息。1927年胡適訪問京都時，就與時任大穀大學副教授的神田喜一郎見過麵，1930年8月，轉任台北大學的神田喜一郎來上海訪書，與之再度會晤。（參見《胡適年譜》，338頁；《胡適的日記》，手稿本，1930年8月3日。）第二次世界大戰後胡適與吉川幸次郎在赴美途中邂逅，毫無芥蒂的態度，令曾是京都樂友會館聽眾一員、尚背負戰敗國民十字架的後者萬千感慨。吉川幸次郎對胡適的學術主張異議不少，卻認為在其後不大有像他那樣對日本學者的業績敏感的中國學者了。（參見《胡適》，見《吉川幸次郎全集》，第16卷，436～438頁。）第二次世界大戰前中日兩國學術界聯係密切，經曆戰爭創傷，仍得以逐漸修複，其中胡適多少有所作用。