1920年，胡適曾有赴日計劃，亦未實現。倒是日本方麵，因為注意新文化運動而主動與胡適聯係。發端者便是後來以研究中國近世戲劇史而聞名的青木正兒。1920年，他在京都和小島祐馬等人創刊《支那學》雜誌，並於第1—3號發表長篇論文《胡適を中心に渦いてある文學革命》，這是迄今所知國際學術界最早正麵報道研究中國文學革命的論文。（青木正兒於1919年大阪《大正日日新聞》發刊時即受友人慫恿想撰文介紹中國現代文學，因該報不久停刊，未能如願。當時在日本無人對中國現代文學感興趣，青木正兒描述自己好像“孤影孑然曠野獨行”。（［日］青木正兒：《文宛腐談》，見《江南春》，63頁，東京，平凡社，1972）或謂日本最早介紹中國新文化運動動向的為《朝日新聞》的大西齊。（參見《學問の思い出——橋川時雄の先生圍をんで》，載《東方學》，第35輯，1968年1月）美國傳媒到1921年注意中國的文學革新，據稱5月的《世紀》（Century）雜誌就此發表專論。（參見《胡適的日記》，99頁））青木正兒隨即致函胡適，並寄上《支那學》第1號。以後兩人多次通信，互贈書刊。胡適在欣賞明清藝術及新詩創作等方麵引青木正兒為同調，並介紹周氏兄弟（樹人、作人）、吳虞、沈尹默等與之結識，同時托請青木正兒代訪章學誠遺書及各種版本的《水滸傳》，由此與京都學派的領袖內藤虎次郎和狩野直喜溝通聯係。胡適後來寫成《章實齋年譜》及《〈水滸傳〉後考》，除表示因內藤虎次郎是外國學者卻率先作章學誠年譜而自覺慚愧以及與狩野直喜關於《水滸傳》的見解不謀而合而高興外，還特別感激“我的朋友”青木正兒熱心搜求《水滸傳》材料如同自己的事。（參見《〈水滸傳〉後考》，見《胡適文存》，第1集，570頁；第2集，109～110頁。）1925年青木正兒作為文部省在外研究員來華留學，曾在北京與胡適會麵。（此事青木正兒在日記中記載。參見唐振常：《吳虞與青木正兒》，載《中華文史論叢》，1981年第3輯。）
不過，胡適似乎有些誤解《支那學》雜誌代表京都學派的意見。其實這並非京都大學支那學會的機關刊物，也不代表京都學派。其中起主要作用的小島祐馬、青木正兒、本田成之甚至武內義雄，都有超越內藤虎次郎、狩野直喜藩籬的意向，而引起後者的批評。如武內義雄在該刊撰文認為清代考據方法已達窮極，內藤虎次郎則稱應注意好的方麵。青木正兒聽取胡適的意見，發表《本邦支那學革新第一步》，要求日本中國學者改用中國音讀法，也遭內藤虎次郎指責。（參見《學問の思い出——青木正兒博士を圍んで》，載《東方學》，第31輯（1965年11月）；《學問の思い出——倉石武四郎博士を圍んで》，載《東方學》，第40輯（1970年9月）；《先學を語る：內藤湖南博士》，載《東方學》，第47輯（1974年1月）。青木正兒與王國維不大投緣，某種程度上也反映了前者與京都學派不一致的地方。盡管京都學者一再解釋，至今仍有誤解《支那學》雜誌代表京都學派者。）
明治以後，日本一度倡行歐化，後來國粹主義抬頭，中國研究隨之複蘇。因此，日本的中國學者，大都主張保持和發揚東方固有文化，與胡適的傾向很不一致。青木正兒反儒學，實屬罕見。魯迅從在京都研究文學的沈尹默處聽說“青木派亦似有點謬”（《魯迅全集》，第11卷，391頁。），當反映京都學派主將們的意見。即使這樣的新派，也自稱有“乾隆文化的謳歌癖”（［日］青木正兒：《杭州花信》，見《江南春》，4頁。），其論文不僅指出文學革命重形式而忽視內容的不足，來函還聲稱“很愛中國舊世紀的藝術，而且遺憾的事情不鮮少”，希望倡導新文藝者發揚中國之長，而以西洋文藝的優點翼補所短，以“做一大新新的真文藝”（《胡適年譜》，88頁。）。
來華登門拜訪者，更直接表達了對胡適主張的懷疑。1920年至1921年間留學中國的諸橋轍次來訪，筆談中除稱讚胡適贈閱的《中國哲學史大綱》及請教關於中國家族製度研究的參考書外，提出兩大問題，其一，宋代自由思想鬱興，學術發達的主因為何。其二，“近年敝國人之研究經學者，多以歐米哲學研究法為基，條分縷析，雖極巧致，遂莫補於穿鑿。弟私以為東洋經術、西洋哲學既不一，其起原體係研究之方法Method，亦宜有殊途。然而弟至今未得其方法，又未聞有講其方法者。請問高見如何？”
對於前者，胡適的回答是印度思想輸入融化。精於宋學的諸橋轍次懷疑單純外因的力量，強調內部思想發展及相互影響作用。對後者胡適可以說答非所問，他說：“鄙意清代經學大師治經方法最精密。若能以清代漢學家之精密方法，加以近代哲學與科學的眼光與識力，定可有所成就。”並舉所著《中國哲學史大綱》的導言和《清代漢學家之科學方法》以供參考。（參見《胡適和諸橋轍次的筆談》，見《學術集林》，第10卷，上海，上海遠東出版社，1997。）其實，胡適的中國哲學史著作，同樣有諸橋轍次所指之弊病。而諸橋轍次的問題，至今仍然困擾東方學術，實在是20世紀國際學術發展的根本難題。以胡適的世界主義觀念及其對西洋科學方法的崇拜，很難慮及於此。在他看來，治世上一切學問皆可以一種科學方法。