這種不協調反映了雙方態度的差異，表明日方主要是利用合作名義所提供的便利。所以，雖然1929年北京的講演會又恢複使用東方考古學協會之名，但預定發表演講的東方考古學協會委員朱希祖不僅未做報告，還於前一天分別致函北京大學考古學會和東方考古學協會，提出辭職，理由是：“本會自成立以來，進行重大事務，如發掘貔子窩、牧羊城古物事件，均未經本會公開討論，正式通過，致有種種遺憾。委員僅屬空名，協會等於虛設。希祖忝為委員之一，對於上列重要事件，其原委皆不預聞，謹辭去委員，以明責任。”（《東方考古學協會委員朱希祖先生辭職書》，載《北京大學日刊》，第2260號（1929年10月21日）。）可見裂痕已經公開化。
不過，在學術範圍內，日方參加者還是抱著真誠態度，沒有憑借武力進行掠奪性發掘，其活動以合同方式進行，必須有中國學者到場，且事後返還發掘品，日方僅保留照片。但合作僅僅是名義，實際活動則由日方獨立進行。在合作名義下，日本考古學界不僅獨立舉辦的考古發掘順利進行，還趁機廣交中國學者，密切彼此關係，獲見《宋會要》稿本、《皇明實錄》等珍稀秘籍，參觀中國學術機構在各地的發掘現場，並深入蒙古等地考察。隻有殷墟發掘屬中央研究院曆史語言研究所負責，而該所負責人傅斯年素有“義和團學者”之稱，李濟等人又先此與美國的畢士博合作，日方雖多次派人參觀，未能實際參與。
東方考古學協會的組成，對於中國的現代考古學事業產生了影響。廈門大學國學研究院聞訊，要求學校推舉代表參加該協會，並組織發掘團，聲稱：“非實行探險發掘，不足以言考古學的研究。”（《廈門大學國學研究院發掘之計劃書》，載《廈大周刊》，第158期（1926年10月9日）。）濱田耕作、原田淑人等日本學者，均曾在歐洲接受正規的考古學訓練，使用的方法十分精密，在樂浪郡漢墓發掘中實際運用，令中國學術界頗受啟發，“此種考古途徑，在我國尚未有人著手提倡也”（《新書介紹：〈考古學論叢〉》，載《國立北平圖書館月刊》，第1卷第5號（1928年9—10月）。）。
不過，中日雙方在東方考古學協會內部的分歧，最終還是削弱了日本對中國考古學的影響力，與之關係最為密切的北京大學考古學會，成就反不及成立較晚的中央研究院曆史語言研究所。本來中國近代考古學的發展所受外部影響來自歐洲、美國和日本，主要受力的機構分別為農商部地質調查所、清華學校研究院和北京大學研究所國學門考古學研究室。前者重在史前考古，清華與美國的合作一直持續到中研院史語所時期，以殷墟發掘聞名於世。北大考古學研究室號稱東亞最早成立的專門機構，地位和影響均不免旁落，作為主要合作對象的日本難脫幹係。
此外，在文物保護方麵，中國學者有時也借重日本學術界之力。如顧頡剛等人呼籲保護江蘇吳縣保聖寺的楊惠之塑像，即得到大村西崖的響應。後者於1926年春專程前來考察，回國後寫成《塑壁殘影》一書，引起葉恭綽等人的關注，經過努力，終於修成保聖寺古物館，移像其中。
1927年4月上旬，沈兼士、馬衡叔侄及羅庸等人趁參加東方考古學協會歸國之便，順道到漢城參觀，同校教授張鳳舉也前來遊曆。（參見《彙報：參觀》，載《京城帝國大學學報》，第2號。）他們在兒島獻吉郎、高橋亨以及小林胖生、高田真治、森修等日本學者的介紹陪同下，參觀了京城帝國大學、朝鮮總督府的博物館、李王職雅樂部，並到清雲洞觀看韓巫舞。其中李王職雅樂令中國學者們感慨萬千。他們首先參觀了陳列室，了解了高麗雅樂形成的曆史及其與中國樂器的關係，並聽取了樂師對樂器功能的介紹，接著樂師們為中國學者演奏了7首具有代表性的雅樂作品，所表現的民族性特色，“大概屬於悲壯的沉重的方麵。雖然曲是宴樂用的，而使人感情卻絲毫不得快樂，也實在使人不得不如此的不快樂”。聽完樂曲，中國學者一麵談論“禮失而求諸野”，一麵卻以“座中泣下誰最多？江州司馬青衫濕！”作為“聞雅”的報告。（參見天行：《僑韓瑣談》之三《清雲巫舞》、之四《雅樂》，載《語絲》，第134、137期（1927年6月4日、26日）。）