李軟，字士業，在他統治西涼時期繁刑峻法，宮室是務人力凋殘，百姓愁悴”，喪失民心，加之沮渠蒙遜的不斷進攻，益衰敗。當時西涼近鄰勁敵兵力很強，西涼已遠非其敵手。公元420年，李歆聽說北涼主沮渠栽遜出兵東伐西秦乞伏熾磐，便想乘虛偷襲沮渠蒙遜的根據地張掖。沮渠蒙遜有意布置疑陣，實際上並沒有引兵東去，而是把軍隊埋伏在李歆進軍的道路上，以便進行伏擊。李歆率步騎兵三萬東出，中伏大敗，不肯退兵，率眾與沮渠蒙遜決戰於寥泉(今甘肅高台縣西），結果全軍覆沒。李歆被俘虜後死於沮渠蒙遜之手，蒙遜隨之入據酒泉，西涼亡。
齒泉失守後，李歆弟李恂，帶領殘部，西奔敦煌，嬰城拒守，自稱冠軍將軍、涼州刺史。沮渠蒙遜親自率兵二萬督戰攻敦煌城，一連數月不下。最後，沮渠蒙遜利用黨河水，“三麵起堤，引水灌城”，結果城陷，李恂自殺，蒙遜縱兵屠城。西涼殘部李杲之孫李寶、唐契被俘，解送武威，後伺機逃到伊吾，依附於柔然，後降北魏。敦煌一時成為城圮人亡之地，滿目瘡痍。
五、北涼時期的敦煌地區
北涼主沮渠蒙遜，臨鬆(今甘肅張掖南)盧水胡。盧水即今天的黑河，沮渠是匈奴的官名，據說沮渠蒙遜的祖先做過匈奴左沮渠這個官，所以以官名為氏。蒙遜祖上世居於盧水，是這裏部落的酋帥，蒙遜的祖父沮渠祁複延，封狄地王，蒙遜的父親法弘，被苻秦任為中田護軍。“蒙遜代父領部曲……為諸胡所推服盧水胡雖然很早就居住在河西走廊的黑河流域，但由於他們還是過著遊牧的生活，所以一直到十六國時期，還維持其部落組織，沮渠氏就是這個部落組織的酋長。從盧水胡的姓名來看，如暉仲歸、祁複延、羅仇、蒙遜、日蹄、頗羅、牧健這些字音，他們應該保存著自己的部落語言，可是既然長期和漢族人錯居，必定又嫻習漢語，像沮渠蒙遜不僅通曉漢文，而且“博涉群史”。盧水胡沮渠部落的社會發展階段及其經濟文化生活和漢化程度，僅次於氐苻氏、羌姚氏，而要遠遠高出於鮮卑乞伏氏、禿發氏。盧水胡的分布地區雖然很廣，安定、杏城都有他們的足跡，但河西走廊的張掖郡一帶，是他們集中居住的地方，最終為了保衛自己的部落，經過武裝過程，逐漸形成為一支武裝力量。割據河西地區的呂光、段業都想支配這支武裝力量。
晉隆安元年(公元397年），後涼呂光命沮渠蒙遜伯父羅仇、麴粥從征乞伏乾歸，呂光弟呂延戰死，前軍大敗。呂光歸罪於羅仇、麴粥，並處死了他倆。沮渠蒙遜是羅仇侄兒，他那時在姑臧“自領營人配廂直”，擔任宿衛工作。羅仇和麴粥被殺後歸葬臨鬆，盧水胡諸前來送葬者有一萬多人。蒙遜遂與諸部結盟起兵，攻下涼臨鬆郡，屯據金山（今甘肅山丹縣西南）。這時沮渠蒙遜的堂兄沮渠男成也聚眾數千反涼。他們共推後涼建康太守段業為涼州牧、建康公、大都督、龍驤大將軍，建元神璽元年，以沮渠蒙遜為鎮西將軍張掖太守、沮渠男成為輔國將軍酒泉太守，委以軍國大政。
第二年(公元398年），段業攻取張汝即進據之，自稱涼王，改元天璽。
段業本京兆漢人，博涉史傳，有盡牘之才，先任呂光部下杜進記室，從征西域，後逐漸升官，為沮氏擁立。但他是個儒者，沒有威武權略，又愛講迷信，喜聽讒言，“無鑒斷之明”。隆安五年(公元401年），沮渠蒙遜誘使段業以謀叛之名殺沮渠男成，卻又借口段業妄殺無辜，集眾一萬人攻破張掖，殺死段業，自稱使持節、大都督、大將軍、涼州牧、張掖公，改元永安。這就是正式的北涼政權的建立。
此時孟敏擔任敦煌太守，李懸為效穀縣令。不久孟敏去世，敦煌護軍敦謙、沙州治中索仙等人，認為李晶“溫毅有惠政”，公推為敦煌太守，於是李杲正式稱藩於北涼政權。
沮渠蒙遜既據張掖，屢敗西涼李氏。禿發得檀取得姑臧城以後，遭到夏主赫連勃勃的攻擊，實力大損。沮渠蒙遜又屢敗禿發溽檀，多次進兵包圍姑臧。最後禿發傅檀隻好放棄姑臧城，退回樂都。東晉安帝義熙七年(公元411年），沮渠蒙遜終於據有姑臧城，次年遷都於此，改稱河西王，改元玄始，置百官，建築宮殿，史稱北涼。