王家彥抓捕了張壺銘，毆辱張氏家屬等人，其兵勇將張氏財物洗劫一空，後又在押解途中殺害了張壺銘。消息既出，激起了敦煌民眾的憤怒，四方百姓不約而聚3000餘人，可持木棒、刀、斧，要“替張舉人報仇”，要“捉住贓官王家彥”。憤怒的群眾斬關扭鍵，進入縣城，打死巡警攻破縣署，王家彥慌忙從後門出逃參將府。
陝甘總督升允聞迅，急電肅州總兵柴洪山，令其日夜兼程前往鎮壓。柴洪山到敦煌後，認為敦煌百姓“民情淳樸，並非刁民，亦無反意”，抗糧一事至此，是由於官方高壓而成，木可深究。升允認為柴洪山鎮壓不力，指使參將林太清使用兵力大肆搜捕抗糧運動領導人。
為使無辜百姓免受牽連，抗糧領導人挺身而出，被解往酒泉，升允指定張掖縣令沈齡皋審訊後，或處死，或判永遠監禁。轟轟烈烈的敦煌人民抗糧鬥爭，經過兩年的鬥爭最終失敗了。清政府在自己的末日到來之際，無奈對敦煌農民做了讓步，免除了每戶必須交納的“采買糧”4石的“常規
（第三節）民國時期的敦煌地區
1912年1月1日，中華民國宣告成立，延續兩千多年的封建專製政體結束，開始代之以“民主共和”。中華民國的成立，結束了封建時代，建立了資產階級政權，但這個政權，不久即被北洋軍閥袁世凱所篡奪，把中國人帶入軍閥混戰的局麵中了。在中國悠久的曆史中，它的存在以孫中山在南京建立中華民國臨時政府起，到1949年10月1日中華人民和國成立止，一共不到38年，但它卻是中國曆史承上啟下值得重視的一段曆史。這一時期的敦煌地區，因偏離爭奪政治權力的中心，所以其曆史有自己的特殊性的一麵。
民國成立後，撤銷安西直隸州，敦煌仍舊屬安肅道（治所酒泉）。縣及以下行政建製仍沿襲清代的“房班”、“隅坊”製度，隻將原來的典史署改為警備隊和監獄署，儒學署更名勸學所。原來清朝的官吏，搖身一變成為民國的官員，封建統治的方式略微改變些，其本質上毫無變化，革命的影響力至於敦煌似乎連“徹底”不“徹底”都無需掛問，原來的官吏，原來的人民，無甚變革。
直到1926年，民國政府才將原來的縣屬六房，改組合並設立科局，分置科長、局長，管理敦煌全縣各種政治、經濟、文化等事宜。農村則仍舊實行坊隅製度。1932年，裁撤坊隅，設立區鄉。全敦煌縣分置五區十鄉，鄉下設閭，閭下為鄰。區設區長一人，鄉設鄉長一人，閭設閭長一人，鄰設鄰長一人，分別管理所轄地區的民事、賦稅、差役等事務。
1935年，民國政府又在敦煌縣並區設置聯保，實行保甲製度。以十戶為一甲，十甲為一保，每兩保設聯保主任一人，聯保以上設區，把全縣分為兩個區。
1938年，又取消聯保，實行鄉鎮保甲製度。全敦煌縣劃分為一鎮（鳴沙鎮）四鄉（和平鄉、新安鄉、永寧鄉、靜肅鄉），39，保共46甲。同時，還設立了國民自衛組織，縣設自衛團，鄉鎮建衛隊％當時敦煌縣共有戶4825戶，有口27948人。
哥老會又稱仁義會，是一種民間結社的秘密組織。19世紀葉，主要流行於長江流域各省區。同治中期哥老會組織逐漸滲透，進入清軍兵勇及下級軍官當中。後又隨被遣返的兵勇及軍官再流入民間，許多貧苦農民和手工業工人也加入了進去，勢力日益擴張，徒眾遍及全國各地。哥老會最初的發展宗旨以“反清複明”為號，但缺乏明確的政治綱領，始終沒有形成統一的組織，活動采取分散進行的方式，並攙雜了許多封建迷信的色彩。最終甚至發展到亂殺亂劫，逐漸轉變為反動會道門了。
民國初期，哥老會在關外和新疆一帶活動猖獗，他們在各縣“開山立堂”，散發會證，勾結軍隊，害民擾官。它的總部叫“通統山”，最初設在陝西，以後在酒泉，關外和新疆地方，又有“太極山”、“迪龍山”、“福壽山”等名目，分部設在肅州，山主韓應忠。
1913年起，韓應忠開山為堂，四處活動在布隆吉爾、玉門、敦煌等地，分設據點。同時差遣楊生花、郝金章等人，潛入新疆秘密活動。新疆督軍楊增新發現後，進行大規模捕殺，餘黨遂潛逃進入敦文皇。他們和敦煌哥老會會徒王倫、王之禧、侯得勝、羅裁縫等人串通，秘密串聯，相約相機行事。
當時，被邊關觀察使周務學和敦煌縣長劉治清探知底細，遂會同駐軍負責人何炳文相機，以迅速果敢的舉動將其一網打盡，縣城東大街升字和秦州戶口時有人頭落地。此次捕殺“會黨案”活動，一時間敦煌滿城恐懼，人人自危。
1920年5月，蘇聯紅軍追剿頑固對抗人民的白俄軍隊少校阿連闊夫。阿連闊夫率殘部官兵餘人，馬匹700餘，竄入我國新疆伊犁地區，企圖建立反蘇基地。中國當局繳獲了他們的部分武器裝備，於9月將其遣送烏魯木齊，隨即再遣送至奇台駐紮，並作了嚴密的戒備。1921年1月，阿連闊夫殘部發動了對奇台的襲擊，中國軍隊事先早有防範，阿部被迫繳出全部武器。