簡單來說，陰是指人體實質的物質，即體液，包括血液、津液、淚水、鼻水、內分泌液，甚至男性的精液。至於陽，則指人體非實質的物質，即身體的機能和氣。
陰陽協調，則身體健康；陰陽失調，則百病叢生。
正如《內經·陰陽應象大論》所說：陰陽法則是貫通天地自然的普遍規律。是一切運動變化的根源，是生長衰亡的原因，是人們認識和把握萬事萬物的根本方法和準繩。所以治病也就必須抓住這個根本。
《內經》根據陰陽矛盾法則，結合當時我國天文、曆法、氣象、地理、物理、化學和生物學的最高成就。對醫學領域中的許多問題都作了充分的論述，比如：
從解剖的角度認為：男是陽，女是陰；背是陽，腹是陰；外是陽，內是陰；腑是陽，髒是陰等等。
從生理的角度認為：氣是陽，血是陰；動是陽。靜是陰等等。
在病理上認為：一旦陰陽失去平衡，就會產生疾病。不管疾病怎樣複雜，歸納起來不外是陰陽偏勝偏衰兩種傾向，就是說陰勝就陽病，陽盛就陰病，陽氣勝就熱，陰氣勝就寒。而且這種偏勝偏衰發展到一定程度，還會出現寒極生熱、熱極生寒的反常現象。總之，陰陽平衡是人體健康的必要條件。所以《內經·生氣通天論》說：陰平陽秘，精氣乃治，陰陽離決，精氣乃絕。
在診斷上提出了根本原則，就是“察色按脈，先別陰陽”。意思是一定要全麵地了解人體各方麵的情況，然後抓住陰陽這個綱進行分析，以便判斷疾病是表證、熱證、實證（陽證），還是裏證、寒證、虛證（陰證）。
在治療上也提出了陽病治陰，陰病治陽的基本法則。謹慎地診察病證的陰陽偏勝偏衰，而後加以治療，使人體達到陰陽平衡。
總之，陰陽學說講的不是具體的生理、病理知識，而是用以指導人們研究生理、病理的一種思想方法。
五行學說和陰陽學說一樣，本是我國古代的一種樸素唯物主義的哲學思想。古代的五行學說主要是用來說明宇宙間各種事物之間的相互關聯以及運動變化規律。醫學上一直繼承這一學說的合理因素，主要用來說明人體生理和病理現象跟外在環境各種因素的相互聯係，以及人體內部各器官之間相互資生和相互製約的關係。
要弄懂五行，首先要懂得“五行歸類”。所謂“五行”，原指的是水、木、金、火、土五種日常生活中常見的物質。由於這五種物質各具有不同屬性，後來人們就把凡具有相同屬性的事物歸於一類。比如，木行的特性是生發、柔和。春季草木萌生，顯現了一種生發條暢的氣象。因而春在五行中就屬木行。同樣，由於肝髒性喜條達舒暢，象征著春和木的特性，於是肝在五行中也屬於木湖天春色行。又由於中醫學上認為肝和膽是表裏關係。而肝又開竅於目，所以膽和目在五行中也屬於木行。所以，凡是和木的特征相關的春、肝、膽、目等等就都歸在本行裏。這樣擴展開去，萬事萬物就都可以按五行歸為五大類。這裏隻是舉出了五行歸類的一小部分，繁衍開去還可以舉出許多。五行歸類表明，人體各部分之間以及人體和自然之間有複雜的內在聯係。
其次還要懂得五行生克關係。“生”，含有滋生助長的意思，“克”，含有製約、阻抑的意思。以五髒為例，按照五行歸類，肝屬木，心屬火，脾屬土，肺屬金，腎屬水。相生的關係：火是土之母，土是金之母，金是水之母，水是木之母，木是火之母。相克的關係：金克木，木克土，土克水，水克火，火克金。在正常情況下，相生中寓有相克，同時相克中又寓有相生。為此，生和克的相互作用、相互協調，就保證了人體內部器官運動的相對平衡。一旦這種正常的生克關係遭到破壞，一髒有病，就會牽連其他髒器受害。
應該指出，中醫的五行學說是古代醫學家在科學技術十分落後的條件下，對於人體和自然環境以及人體內部器官相互關係的一種概括性理解，這種在五行生克思想指導下提出的五髒疾病轉變的理論，對後來中醫的發展起了很大的推動作用。漢代張仲景就根據這種思想提出了“上工治未病”（上工，高明醫生的意思）的重要觀點，他說：“肝髒有了病變，就要想到肝病可以影響到脾髒，就應當先治脾。”後世的許多醫家又在張仲景的基礎上充分應用五行生克的道理，創造了許多治療經驗。如現在我們常常聽到的“滋腎水以涵肝木”、“壯腎水以製陽光”、“扶土抑木”等治療原則，這些經驗幫助我們解決了不少疑難病症。從這個意義上說，五行學說的運用是我國醫學史上的一個重要成就。
中醫的陰陽五行學說最主要的內容是：啟示人們從整體方麵去把握整個自然界的運動規律，並從這個高度上去認識人的生命運動規律和它跟自然界運動規律的具體聯係，這正是整個中醫理論的精髓。中醫陰陽五行學說的正確和合理性（這是主要的方麵），不僅為幾千年中醫發展所證明，而且隨著現代科學技術的發展，隨著現代思維科學的發展，越來越顯得深刻和豐富。
藏象經絡理論
近幾十年來，各國專家學者對信息論、控製論的研究日益深入。人們發現，我國古代醫學理論，尤其是藏象經絡學說和控製論的“黑箱理論”有驚人的相似之處。所謂“黑箱理論”，簡單地打比方說，就是在不能打開“黑箱”的情況下要設法知道“黑箱”裏藏著什麼東西的一種理論。人體就好比一隻不能打開的“黑箱”，用什麼方法可以了解它的內部情況呢？我國古代醫學家在“有諸內必行諸外”的思想指導下，提出了“視其外應（指外麵表現出來的現象），以知其內藏”的研究方法，認為深藏於人體內部的五髒六腑和頭麵四肢五官九竅等體表組織都是密切聯係的，體內髒腑的各種生理功能和病理變化完全可以從體表組織、頭麵四肢、神色形態、舌苔脈象等的變化測知出來，於是總結出一整套的藏象經絡學說。