黃帝內經的基本理論——陰陽五行學說。陰先是用來和人體的五髒相配合，肝屬木、心屬火、脾屬土、肺屬金、腎屬水。五髒中的一髒和其他四髒的關係，以擬五行中的一行對其他四行的關係。例如肝和心、脾、肺、腎之間的關係。是以木和火、土、金、水之間的關係來比擬的。五行學說認為木火土金水之間有著相互推動的作用，就是所謂“五行相生”；同時也有相互製約的作用，這就是所謂“五行相克”。它在中國古代醫學的運用是，在說明人體內部髒器的聯係時。當正常的生理狀態下，便是有規律的活動；當病理的狀態下，便是正常規律性的破壞。從而以陰陽五行學說為憑借，成了論證事物和事物之間有聯係的概念，具有自發的辯證法思想，是中國古代醫學的樸素唯物主義哲學。
《黃帝內經》在疾病的認識與治療上注重整體觀念，既強調人體本身是一整體，又強調人與自然環境密切相關，這是《黃帝內經》在論述生命和疾病的各種問題時都貫徹的思想原則，其特點是不重視人體的內在結構性，而強調功能的聯係性。具體表現為人與天地自然是統一的；人體自身是統一的；人的身心是統一的；人與社會是統一的。強調精神與社會因素對人體及疾病的影響和預防，反對迷信鬼神。全麵總結了秦漢以前的醫學成就，標誌著中國醫學發展到理論總結階段。
《黃帝內經》對醫學成就中還有一點較為突出的是重視髒腑經絡。《黃帝內經》認為五髒六腑是維係人生命的重要器官。並將人體的髒腑器官和人的各種功能聯係起來。倡導對人體進行解剖。還指出人體每條經脈的循行走向以及所連屬髒腑的相關性。這樣在分析人的生理、病理和進行診斷治療所主疾病時。就賦予了特殊重要的意義。《內經》所論述的髒腑經絡學說，構成了中醫學基本理論的核心內容，也是中醫辨證論治最重要的理論基礎。
在《黃帝內經》中也涉及到預防醫學的思想。在《靈樞·本神篇》中有記載“故智者之養生也，必順應四時而適寒暑……”說的就是有知識的人，他們采取的保健方法，一定是順著春夏秋冬的季節時令，就可以延長生命而不易衰老了。
總之，《黃帝內經》全麵地總結了秦漢以前的醫學成就，並為後世中醫學的發展提供了理論指導。它對中醫學的致病因素、診斷方法、預防養生等方麵進行了詳盡的闡述，洋洋灑灑幾十萬言，可謂中醫史上的一大壯舉。對於所有學習和研究中醫的人來說，它既是初學者必不可少的指路石，又是對中醫學家的理論和臨床有著重大指導意義的醫學寶典。《黃帝內經》的問世，標誌著中醫學進入係統的理論總結階段，其影響深遠，曆代著名的醫家在理論和實踐方麵的建樹，無一不吸納了《黃帝內經》的學術思想。
張仲景與《傷寒雜病論》
張仲景（150—219），字機，東漢南陽郡涅陽人（今河南省鄧縣穰東鎮），出身於沒落的官僚家庭。其父親張宗漢是個讀書人，在朝廷做官，由於家庭的特殊條件，使他從小就有機會接觸到許多典籍。據史書記載，張仲景天資聰穎，從小好學，又有優越的生活、學習條件，能博覽群書，閱讀各種著作。他從史書上看到扁鵲望診齊桓公的故事，對扁鵲高超的醫術產生欽佩。“餘每覽越人人虢之診，望齊侯之色，未嚐不慨歎其才秀也。”這為他後來成為一代名醫奠定了基礎。他從小嗜好醫學，年輕時曾跟同郡張伯祖學醫，經過多年的刻苦鑽研和臨床實踐，聲名大振，成為中國醫學史上的一位傑出的醫學家，並且其醫術遠超其師。
相傳張仲景在漢靈帝時，被推薦為孝廉，官至長沙太守，因此後世尊稱他為張長沙。他雖然身居要職，但仍然淡薄名利，鄙視榮勢，憎恨官場角逐。由於當時社會政治極端黑暗，官府橫征暴斂，朝廷官員腐敗無能，兵禍綿延，農民起義此起彼伏，人民生活不安定。又加上民間疫病大流行，僅漢靈帝時，便發生過五次大疫，人民死亡極為嚴重，真是生靈塗炭，橫屍遍野，慘不忍睹。而當時的政府衙門無心關心民生，隻一味地爭權奪勢，這使張仲景更為憐憫百姓，萌發學醫救民的願望。