元英宗至治三年，他來到杭州求學，得知羅知悌是劉完素的再傳弟子，有真才實學，就決意從他學醫。但由於羅知悌很難接近，朱丹溪在剛開始時多次吃閉門羹。但他依然心誠誌堅，就這樣竟然能恭候在門外長達三個月之久。他的這種求學的精神感動了羅知悌，從而授業於他。羅知悌果然名不虛傳，不僅為劉完素的再傳弟子，還旁通張子和、李東恒之學。朱丹溪虛心向他求教，從學多年，盡得其術而歸，回到家中，他一舉治愈了師傅的痼疾，因而名揚天下。
朱丹溪在治療眾多患者的臨床實踐中。認為人體“陽常有餘，陰常不足”，他提倡滋陰降火，故後世稱他為“滋陰派”。
吳又可創始溫病學
吳又可（1582—1652），名有性，字又可，號淡齋。江蘇震澤（今江蘇省吳江縣）人。一生從事中醫傳染病學研究，著有《溫疫論》一書，闡發了傳染病病因學說，為溫病學派重要代表人物之一。其一生以醫為業，是明末具有創新精神的著名醫家。
溫疫，相當於現代醫學所講的傳染病，它對人類的危害性極強，在一定的外界環境條件下可以在人群中傳播，造成流行。瘟疫流行時，發病迅速，症狀劇烈，波及人數多，影響範圍大，嚴重危害廣大人民的生命健康。
明末清初，連年戰爭，災荒不斷，各種傳染病不斷流行。吳又可59歲那年（1641），江蘇、河北、山東、浙江等省，溫疫流行甚劇，他的家鄉吳縣一帶也不例外。據《吳江縣誌》記載：“當時連年瘟疫流行，一巷百餘家，無一家幸免；一門數十口，無一口幸存者。”當時醫家按經典方法治療，多不見效，死亡頗多。吳又可沉痛而深刻地批判醫界泥古不化的害人思想說：“守古法不合今病，以今病簡古書，原無明論，是以投劑不效。”（遵守古代的醫法，不切合今天的病情，把今天的疾病去同古代醫書對號，根本得不出明確的論斷，所以，這樣開方給藥就不見效。）病愈急，藥愈亂。這“幹村辟曆人遺失，萬戶蕭疏鬼唱歌”的悲慘淒涼景象，使他感慨不已，憤然衝破習慣勢力的桎梏，廢棄仕途，不應科舉，走上了研究醫學的道路。他遇到的當務之急是“流行病”。他刻苦鑽研前人及民間有關傳染病的治療經驗。不怕傳染，不辭辛苦地在病區、病家為患者診治疫病。經過一段時間的鑽研和臨床實踐，他漸漸體會到以仲景之傷寒學說來論治當時流行的一些疾病，收效甚微，有時甚至事與願違，遂產生了另創新路，以提高療效的想法。他推究病源，創立“戾氣”說，並根據自己的臨床經驗，逐漸形成一套溫熱病的論治方案，提高了療效。他將這些經驗經過整理著成《溫疫論》一書。《溫疫論》中所載傳染病，包括傷寒、感冒、瘧疾、痘疹（水痘、天花）、絞腸痧（霍亂）、疙瘩瘟（腺鼠疫）、蝦蟆瘟（腮腺炎）、大頭瘟、探頭瘟、大麻風、鼠痿（頸淋巴結核）、流火丹毒、目赤腫痛（眼結膜炎、砂眼）、病癉發黃（肝炎、黃疸）、斑疹、咽腫、瘡疥療腫等，內容廣泛，是他親曆瘟疫流行，臨床經驗的總結。自此，不但瘟疫證治，有繩墨可循，而且又將溫熱與瘟疫，逐步合為一家，充實了中醫學關於傳染病的內容，為溫病學說的創立起了奠基的作用。
吳氏認為：瘟疫病的發生，既不是由於四時不正之氣，也不是因為外感邪氣，而是人體感染了一種“戾氣”。他說：“夫瘟疫之為病，非風、非寒、非暑、非濕，乃是天地間一種戾氣所感。同時還特別強調提出這種戾氣不是虛無縹緲的，而是物質的一種形式。”他說：“夫物者，氣之化也，氣者，物之變也。”肯定了氣即是物，物即是氣。他反對厚古薄今，墨守古法的醫療作風，在他的醫療著作裏指出：“守古法，不合今病。”在這種注重實學觀點指導下，吳氏潛心研究溫病之病因、病證和傳播徑路，從而進一步認識到不是所有的溫病都是感受一種“戾氣”，而是許多種。所以又稱之為“雜氣”。他認為：“為病種種，是知氣之不一也。”並且明確區分了傷寒與溫病在病因上的不同，他說“傷寒感天地之正氣，溫病感天地之戾氣”。同時指出戾氣是可以防治的。吳又可關於瘟疫病病因的認識，最接近現代的微生物致病學說。是當時世界上最先進的理論；關於疫有九傳的論述和對瘟疫病症候的詳細觀察，說明他充分認識到外感病的多樣性和複雜性；他使用達原飲力圖直搗膜原、驅邪外出的治療思想，一直影響著後人對於外感熱病的認識，至今仍然具有很大的指導意義。
吳又可創造性地提出“戾氣”通過口鼻侵犯人體，使人感染瘟疫，而是香致病，既與戾氣的量、毒力大小有關，也與人體抵抗力強弱有關，科學地預見了傳染病的主要傳染途徑是從“口鼻而入”，突破了前人關於“外邪傷人皆從皮毛而入”的籠統觀點。吳又可的勇氣，鼓舞了清代的溫病學家，他們不僅吸取了外感邪氣“從口鼻而入”的觀點，而且也大膽地提出了外感熱病的不同傳變規律的新學說，終於建立起與六經不同的另外的辨證體係，豐富了外感熱病的治療方法。