雲南地處邊疆，少數民族眾多，風俗各異。忽必烈從兼容務實的角度出發，以“遠方蠻夷頑獷難製，必任土人，可以集事。今或闕員宜從本俗職權以行”，采用“蒙夷參治”之法，選拔少數民族土官參與治理邊疆，實行土官與蒙古官員共同管轄的特殊政治製度。土官由朝廷正式授職，接受國家統一的官吏管理。忽必烈特別倚重大理國段氏的力量。如大理國末代國君段興智之弟段實(苴信日)，在中統二年(1261)被忽必烈任命世襲總管之職，“中統二年入覲，賜璽書令總大理、善鄲（闡）、威楚、統矢、會川、建昌、騰越八府，仍令各處萬戶以下，並聽節製”。至元元年(1264)，“僰僧”舍利畏聯絡威楚、統矢、善闡諸郡發動變亂，並得到“東方諸爨部並起應之，眾至三十萬”，先後攻下善闡、威楚、統矢、安寧等城。段氏率兵大破叛軍，又破釋多羅十餘萬於洱海海口。至元十二年(1275)，舍利畏再反，又被段實率部平定。忽必烈倚重段實，實現了對雲南的控製。
段實之後，段忠繼為總管，率部隨元帥征芒部等地，皆立下大功。忽必烈授其為金齒宣尉，兼掌軍民萬戶府，賜虎符，封善闡酋。段忠死後，忽必烈以段實的兒子阿慶為大理、金齒等處宣尉使、都元帥，繼續擔任總管一職。成宗即位後，封其為宣武將軍，晉鎮國上將軍，佩金虎符，並招為駙馬，實現與元蒙王室的聯姻。隨後，又授予其雲南行省參政的官職。大德十年(1306)，段慶病故，其弟段正世襲總管之職。大德十一年(1307)，段正成功招降蒙化山中的生爨入籍，元朝政府授其為參知政事。延祐三年(1316)，段正病故，延祐四年(1317)，元政府以段慶之子段隆為大理軍民總管。此後段俊、段義、段隆、段光先後繼職，後又曆段功、段寶、段明為總管。公元1382年，段世與段明之子苴仁、苴義被明軍俘虜，大理被攻克，元代大理總管時期結束。
在元代大理總管時期，雖然大理總管的權力、管轄範圍不完全相同，但作為元朝中央政權的一項國策一直沿續不變。這也使得大理地區在政治、經濟等各方麵帶有特殊的性質。這是世祖忽必烈在平雲南時以“生生之意”優待降臣政策的繼續。加之元蒙征平雲南後還欲圖謀宋朝，統治力量不足，所以不得不依靠大理國段氏的影響力，對雲南加以控製。
二是，忽必烈治理雲南實施多元文化共同繁榮的政策。
蒙古統治者對大理的進攻最初為了使南宋腹背受敵，以期置南宋於死地。然而當忽必烈來到雲南，目見雲南民族眾多，豐富多彩的民族文化，呈現出不同於草原文化的風情，尤其是大理蒼洱間遍布蘭若佛寺，鍾磬聲聲，一派佛國的景象更令忽必烈沉醉。他曾兩次親臨大理國時期皇家佛寺——崇聖寺瞻禮。段福的兩首詩生動地記述了世祖遊崇聖寺的情形。第一次見《世祖陟玩春山紀興》詩：
時膺韶景陟蘭峰，不憚躋攀謁粹容。花色映霞祥采混，爐煙拂霧瑞光重。雨沾瓊斡嚴邊竹，風襲琴聲嶺際鬆。淨剎玉毫瞻禮罷，回程仙駕馭蒼龍。
第二次，見《又題扈從詩》：叨從萬乘陡蘭峰，一片青螺其梵鍾。日映丈霞祥彩偏，花明輦路景光重。天戈肅肅參嚴竹，仙樂冷冷向澗鬆。停看玉毫明海國，朱旗揮霍擁蒼龍。
兩詩的作者段福乃段思平之後。元世祖駐蹕大理，他有幸兩次陪同世祖遊崇聖寺，見證了整個遊曆的經過。崇聖寺為南詔國所修建，在大理國時期發展成為皇家寺院，為大理深厚佛教底蘊的象征。雖然兩首詩具體的創作時間無法確考，但通過詩文的對比分析可知，忽必烈第一次乃輕裝入寺，詩言其“時膺韶景陟蘭峰，不憚躋攀謁粹容”，描繪出世祖初登崇聖寺滿懷新鮮，意欲一覽全貌的興奮情態。第二首詩言“叨從萬乘陡蘭峰”，“萬乘”表明忽必烈此行隨從甚眾，足見排場宏大，場麵壯觀。
這兩首詩對世祖遊曆崇聖寺所見的景致均進行了描述。前一首言“花色映霞”，後一首言“日映丈霞”，均點染出崇聖寺祥和的氣韻。同樣是寫崇聖寺的竹子、鬆樹、三塔，前一首言“雨沾瓊斡嚴邊竹，風襲琴聲嶺際鬆。淨剎玉毫瞻禮罷”。崇聖寺竹子為雨水所洗而清新欲滴，輕風拂過鬆樹猶如琴聲陣陣，三塔好似三隻擎天玉筆高聳天際，襯托出崇聖寺祥瑞脫俗的氛圍。後一首則言“天戈肅肅參嚴竹，仙樂冷冷向澗鬆。停看玉毫明海國”。詩中崇聖寺的竹子好比“天戈”整齊肅穆，澗邊的鬆濤猶如奏起了仙樂，三塔則猶如玉筆高峻挺拔，點化出忽必烈胸中“普天之下，莫非王土”的王者豪情。這與詩歌最後言“朱旗揮霍擁蒼龍”形成呼應，突出忽必烈作為天子出行的威嚴和氣魄。兩首詩都從側麵反映出世祖對大理國佛教文化的尊重、仰慕，超越了民族的界限。
聯係元朝曆史，世祖皇帝非常善於學習異族文化。在未登帝位之前便十分注重學習儒家的德政思想。忽必烈師從漢族儒生，學習孔孟之道。早年在漠南漢地任職期間，便“思大有為於天下，延藩府舊臣及四方文學之士問以治道”，鑽研堯、舜、禹、湯為君之道。儒學中修仁德的思想對其影響十分的深遠。據《元史》記載，忽必烈“仁明英睿”，“事太後至孝，尤善撫下”，可見其才智十分出眾，並且為人孝道仁慈，非常善於安頓民心。在一統中原的過程中忽必烈網羅了大量的儒士，如劉秉中、元好問、張德輝、姚樞等。這些飽學之士向世祖忽必烈傳授了大量儒家以德治世的思想。忽必烈通過治理“邢州、河南、陝西皆不治之甚者”，實踐德政理念，使得這些地方一變而成為“號稱大治”之地。在忽必烈即位的詔書中，其言：“朕惟祖宗肇造區宇，奄有四方，武功迭興，文治多缺五十餘年於此矣。……祖述變通，正在今日。務施實德，不尚虛文。雖承平未易，遽臻而饑渴所當先務。”又言：“祖宗以武功創業，文化未修。朕纘承丕緒，鼎新革故，務一萬方適。”明確地表達出要改變蒙古族曆來尚武的作風，革故鼎新，貫徹“務施實德，不尚虛文”的治國理念。