2001年4月，期待東山再起的橋本龍太郎在競選中輸給小泉純一郎，但他提出的行政體製改革思路仍然被持之以恒地執行了下去。例如，1998年3月31日，橋本內閣提出要“管製鬆綁”，減少政府部門與監管機構過於任意的行政審批權，大幅度減少五花八門的行政許可和審批，提高決策透明度，避免政府對民間事業的不當幹預，提升社會組織參與管理公共事務的能力，一方麵鏟除尋租腐敗的土壤，另一方麵提高經濟的自由度和開放性。同樣以改革為競選口號的小泉上台後，顯然繼承了這樣一種“小政府”的改革思路，繼續推動日本的管製經濟朝著管製緩和的方向發展，提出了“結構性改革”方案，進一步鏟除腐敗滋生的土壤。
小泉內閣結構改革的一個重要內容是“特殊法人民營化”改革。“特殊法人民營化”的改革尤以“郵政三事業”（郵政、郵儲、簡易保險）的阻力最大，因此成為小泉內閣施政的重頭戲。可能很多國人不知道，如果以存貸款規模計算，一度世界上最大的銀行就不是銀行，而是日本的郵局。2001年4月小泉內閣成立後，把推行郵政民營化改革作為首要任務，2003年4月新成立了“郵政公社”，統括郵政、儲蓄、保險三大業務，郵政業務也向民間資本開放。2004年9月，小泉內閣公布了郵政民營化的具體方針，明確將“郵政公司”一分為四（郵政保險會社、郵政儲蓄銀行、郵政會社、郵政局），並分階段完成民營化。雖然說小泉純一郎的改革主要還是從提高經濟活性，促進日本經濟進一步市場化著眼進行的。但必須承認，這種改革對於防治腐敗具有釜底抽薪的作用。
例如，由於政治體製不同，日本的人事腐敗與我國的表現形式有很大不同，向上級“跑官、買官”是沒有用的，但政治需要花錢，充當利益代言人以確保某些既得利益團體對自己的支持，卻非常普遍。筆者認為，這其實也是一種變相的“買官”，隻不過買官的對象不同。洛克希德案中擔任田中角榮內閣運輸省政務次官的加藤六月被指涉案，雖然他並未受到司法追究，但其作為運輸公司和郵政公司代言人的“灰色高官”身份，卻被公諸天下。盡管如此，他仍然能夠繼續從政，靠的就是堅定不移地充當相關領域既得利益團體政治代言人的角色。在中曾根內閣推動國有鐵路公司拆分和民營化改革過程中，他不惜犧牲擔任運輸大臣的機會也堅決反對，而在小泉內閣力推郵政民營化改革的過程中，他們這些多年接受壟斷的郵政集團利益輸送的跨黨派政治家都采取了堅決抵製的態度，以至於2005年8月8日，日本參議院未能通過小泉純一郎提議的“郵政民營化”法案，無法獲得眾議院2/3多數來推翻這一否決案的小泉純一郎背水一戰，宣布解散國會，並在同年9月11日的大選中獲勝，才得以重新啟動“郵政民營化”改革。
由於長期以來的國家壟斷，日本的郵政係統已經成為官僚體係和政府腐敗的代名詞。郵政行業工會，與郵政利益密切相關的議員，以及政府中的郵政官員們的聯手，抵抗一切不利於他們利益的改革，同時對民營企業的競爭采取堅決抵製態度，這背後，就是無數次的推杯換盞和利益交換。郵政公社負責提供“吃大餐喝花酒打高爾夫”的政治資金和員工選票，與郵政利益密切的議員在立法上捍衛既得利益，而政府中的郵政官員則將相關審批權用到極致為他們護航，這種“商、政、官”一體的利益鏈條，既是人事腐敗，也是商業賄賂，更是一種政治腐敗。郵政民營化改革之後，這樣的一種利益聯盟體自然土崩瓦解，爆發係統性腐敗大案的可能性也隨之大大降低。
日本世紀之交的這一次係統性的行政體製改革，可以說是非常複雜而殘酷，一朝啟動，幾家興衰幾家歡樂幾家愁。那些推動改革的政治家，自身往往都是從原有的“商官政”勾連的環境中成長並走上高位的，他們所推動的改革，將他們自己也暴露在聚光燈下，不論是反對改革、還是擁護改革的人都用更為嚴格的標準去挑剔他們。以橋本龍太郎為例，2004年7月，自己當過大藏省大臣卻依然力主拆分大藏省的他被曝光涉嫌違法收受日本牙醫聯盟1億日元政治獻金後，被迫辭去橋本派會長職務，次年黯然宣布退出政壇，2006年7月，橋本病逝。