鹹豐九年九月（1859年9月末），曾、胡商定了三路進兵計劃：都興阿、多隆阿、鮑超、楊載福沿江東進，圍攻安慶為第一路；曾國藩攻太湖、潛山、桐城為第二路；胡林翼取道英山、舒城、六安為第三路。鹹豐帝聽了別人的建議，害怕湘軍會把安徽的太平軍逼向淮北，便令曾、胡改變戰略計劃，而曾、胡並未接受，曾國藩反而親領圍攻安慶的第一路軍，第二路軍調多隆阿、鮑超擔任指揮。
三路軍的作戰任務是：第一路為主力軍，攻占安慶；第二路切斷廬州與安慶的聯係，阻止太平軍援安慶；第三路阻止太平軍西進，攻取湘軍的後方。鹹豐九年十月二十四日（1859年11月18日），曾國藩從巴河出發，率第一路軍萬餘人馬經黃梅進駐宿鬆，派李榕、朱品隆率兵進攻太湖的太平軍。此時，第二路軍多隆阿、鮑超、唐訓方、蔣凝各部二萬餘人馬已進駐太湖城外，當各路人馬會齊，便發起對太湖的進攻，打響了湘軍反攻安徽的第一仗。
湘軍入皖早為太平軍所注目。當戰爭在太湖發生後，陳玉成於鹹豐九年十二月（1860年1月）率大軍增援太湖，紮營七十餘座，包圍進攻太湖的湘軍。胡林翼聞訊也迅速由黃州進駐英山，並向曾國藩告急，建議集中兵力打擊陳玉成的援軍。曾國藩同意了胡林翼的建議，但並沒有放棄進攻安慶的計劃，他提出讓李續宜、曾國荃增援太湖，李、曾兩支人馬尚遠在湖南和江西，無法馬上應援。因此，進攻太湖和阻擊陳玉成的援軍，仍舊隻有多隆阿、鮑超率領的第二軍，另有曾國藩派去的朱品隆、李榕的少量湘軍。
鮑超是帶領第二路軍的主要將領之一。他在太湖之戰中發揮了關鍵作用，他也因此名聲大震。鮑超，四川奉節人，字春霆，是湘軍中的一個傳奇人物。其父為綠營士兵，在鮑超幼年時即戰死軍中，其母亦喪。他十餘歲時到四川峨眉山清虛觀為道士打柴挑水，因他為人爽直、做事賣力，深得道長喜愛，在清虛觀幾年，竟學來了道長的真傳武功。道長欲留他在觀裏，但鮑超卻要憑著自己的一身本事幹出轟轟烈烈的事業來，到了成年後便下山投了清軍。當時正值太平天國在廣西起義，鮑超被發往廣西，選入向榮的親兵營。永安一戰，他身負重傷，留在廣西，並在此成家，與一位韋姓女子結了婚。鮑超傷好之後，他想領著妻子到湖南追隨向榮，但沒有追上，卻遇上了曾國藩在招兵。當時，鮑超幾乎是陷入了走投無路的地步，他已身無分文，還帶著妻子。曾國藩試了他的武功和談吐，知此人未識一字，卻有一身莽力和武藝，就安排他做了湘勇的一名教練。後來，鮑超進入塔齊布的軍營，數戰之後，以勇悍聞於湘軍。後編練湘軍水師，曾國藩讓他做了水師哨官，是楊載福長江水師的前鋒船，並參加了洞庭、嶽州、金口、武昌、田家鎮等戰役。鮑超每戰皆立功，破田家鎮攔江大鎖，他的功勞尤大。戰後，被提拔為營官。
曾國藩家居期間，鮑超留湖北，屬胡林翼，參與多次戰鬥，功勞卓著，胡林翼對他十分器重，認為“布衣知己，嚐以弟呼之。”並改鮑超所部水師為陸師，招長沙勇三千，號“霆軍”，轉戰安徽、湖北等地，屢與陳玉成及撚軍作戰。在太平軍的心目中，鮑超是一個最為凶惡的強敵。這次參加會攻安徽，鮑超以參將銜為第二路軍主要將領，率眾六千餘人。
陳玉成領兵援太湖，鮑超主動要求支援。多隆阿讓他率本部人馬到太湖東北的小池驛駐紮，阻止陳玉成進兵太湖。仗打起來後，鮑超抵擋了陳玉成的全部援軍，戰鬥進行得異常殘酷。他離諸軍距離很遠，成了一支最孤立、最突出的挨打部隊。他屢次向多隆阿要求增援，多皆置之不問。結果，在沒有援兵幫助的情況下，他帶領將士們孤軍奮戰，部隊死傷過半，後被陳玉成團團包圍。
鮑超堅忍不拔，在包圍圈裏往往率隊主動出擊，使陳玉成的數萬軍隊一時不能戰勝他。一次夜間，他乘太平軍連日圍攻疲憊之時，率軍摸進敵營，發起突襲。太平軍在睡夢中突遭襲擊，不知是何軍殺來，幾被其擊潰。幸賴陳玉成揮軍迎戰，才免於潰敗。
正在太平軍圍攻鮑超之時，胡林翼突然派金國琛、餘際昌率兵1萬多人從太平軍背後襲擊。鮑超趁機率部從城內殺出，陳玉成腹背受敵，自顧不暇。多隆阿見狀，立即派兵燒毀陳玉成的糧庫。這樣一來，陳玉成於1860年2月16日不得不放棄太湖，連夜撤走。
鮑超的苦戰並沒有付諸東流，這一苦戰有力地阻住了陳玉成的大軍，使太湖一戰取得勝利。戰後，鮑超及其“霆軍”聲名大振。鹹豐聞報，加封提督銜，並賞假回籍養傷、省親。待他假滿之後，曾國藩、胡林翼令其募勇萬餘人統帶，成為湘軍中最主要的一支部隊。