1908年11月14日，光緒帝突然"駕崩"於北京中南海，死時年僅次38歲。11月15日，慈禧太後在北京故宮，嗚呼哀哉，魂歸西天，死時年有73歲。皇帝和太後一前一後死亡，相隔不到20小時，轟動北京，震動中國。特別是光緒皇帝的死亡很不尋常，他年僅38歲，正當盛年，並且恰恰死在慈禧死的前一天，光緒皇帝的死引起許多猜測，留下了許多不解之謎。關於光緒帝的死曆史上有許多不同說法。
第一種：慈禧知道自已即將歸西天，不願意在他死後，光緒皇帝重新掌權，派人毒死了光緒帝。主要依據有清末給光緒看病的名醫屈桂庭他的回憶錄中說："光緒在臨死前三天，在床上不停地翻滾，並且不停地大叫，"肚子疼得不得了。"臉色發暗，舌頭又黃又黑，明顯是中毒症狀。""根據這種說法，光緒是被毒死的，最大的嫌疑人是慈禧太後，因為她是當時最有權勢、又嚴密控製光緒帝的、最好下毒、最可能下毒的人。
第二種：袁世凱見慈禧一病難起，怕慈禧死後，光緒掌握實權，報複自已在戊戌變法出賣皇帝的行為，於是賄賂宮廷宦官，用劇毒藥物害死光緒帝。這種說法最有權威的依據是清朝最後一個皇帝溥儀的說法，溥儀說："我親耳聽到一個侍候光緒帝的老太監講："光緒帝死前一天，隻是用了一劑藥，才變壞的。後來才知道這劑藥是袁世凱送的。""第三種：太監李蓮英得悉光緒帝的日記中載有西太後死後將誅袁世凱和他的消息，與慈禧一起陰謀將毒藥投入光緒帝的食物中致使光緒帝中毒身亡。
第四種：這幾年來有專家根據光緒帝生前的病曆，結合當時的曆史背景和現代中醫學理論，推斷是光緒帝因為嚴重肺結核病加上其它並發症，導致死亡的。
第五種：光緒帝有嚴重的腎虧，加上光緒帝從小身體虛弱，從幾歲起就受慈禧的壓製，長期處在緊張之中，後來又在做皇帝時更是經曆一連串的挫折和打擊，病情逐漸加重，引起一係列呼吸道、消化道、等並發病症，最後病亡。這一說法主要依據是光緒生前的病曆和光緒生前自已的一段回憶。
在光緒死因的五種說法中，筆者略傾向於第一種說法，原因有以下幾點：
一、光緒帝與慈禧太後之間積怨太久，仇恨太深，早已到了勢不兩立，有我無你、有你無我的地步。在中法戰爭前，他們之間關係還是友好、親密的，但由於在中法戰爭中，他們一個主戰一個主和，對戰爭的分歧太大，他們的關密關係蕩然無存，矛盾和仇恨開始出現。後來經過光緒"親政"、甲午戰爭、戊戌變法失敗、準備廢掉光緒帝的大阿哥事件、光緒"愛妃"被害等等事件，他們之間已到仇深似海、你死我亡的地步。慈禧也多次想害死光緒帝，慈禧極為害怕自已死後，光緒報複她，讓她死後不得安寧、死不瞑目，所以她預先設計毒死了光緒。
二：慈禧曆來心狠手棘，狠毒無比，她是公認的中國曆史上三個最狠毒的女人之一（其它二位是呂後、武則天），被她害死的人不計其數。比如：肅順、珍妃。所以對即是她侄子、又是她外甥的光緒，她也會毫不留情地下殺手。