1940年1月6日，劉曼卿從雲南回到重慶。
1月11日，劉曼卿將《關於入藏宣傳經過及愛國人民踴躍捐獻支援抗戰事致蒙藏委員會》一文呈蒙藏委員會，呈文寫道：
……自職團到藏與上下各界屢次接觸以後，頗引起官民之興奮感動，各貴族官員亦多表示同情。至於一般僧民，素未忘中國威德，自聞中日開戰，莫不祈求中國勝利，各寺曾自動誦經祈禱。自職團說明抗戰必勝之理由以後，尤多表示欣慰。竊職團此次所以能與西藏政教各官員隨時接觸，並承各方招待讚助者，實賴十九年職銜國民政府之命，到藏調查聯絡，當時頗蒙達賴大師優禮相待，迄今與各界均多好感。
劉曼卿也給行政院寫了一篇總結報告，強調西藏各界人士均認為，全國要形成抗戰共識，抵禦外侮。日本是為侵略而戰，我國必獲全勝。漢藏一家，中央與西藏要更加緊密起來。曆代王朝對西藏的統治延續了七百餘年，深刻的曆史淵源，已使西藏民眾形成了一種普遍和本能的內向心理與趨勢。盡管1912年以後，西藏地方政府與中央政府政治關係趨於相對鬆弛的狀態，但作為曆史的一種慣性和連續性，這種不可逆轉的內向心理和趨勢，仍普遍牢固地存在於西藏民眾之中。曆史上西藏與中國文化共同成為一體，形成了西藏與內地各民族（如蒙古族等）之間“宗教、倫理及社會禮儀風俗皆有公共基礎”。來自西藏本身的內向觀點也就成為西藏主流觀點的牢固社會基礎。而西藏與英、印之間，文化的差異很大。十三世達賴喇嘛指出“英國人對吾確有誘惑之念，但吾知主權不可失，性質與習慣兩不容”。因此，西藏從三十年代起，開始與中央政府同心同道。
但是，自1939年開始，整個中國轉入全麵抗戰，國民政府根本無暇顧及西藏問題，對西藏的事務睜一隻眼閉一隻眼。劉曼卿等有識人士提出的有關建議，均遭擱置。
而此時，西藏方麵開始尋找十三世達賴喇嘛的轉世靈童。
為了順利地完成靈童認定工作，由三大寺派出羅桑團月（黃埔學校第16期藏族學員）代表赴重慶，並致函蒙藏委員會委員長吳忠信，願在大局下加強藏漢間的聯係，建設新西藏。
此番前來請示，懇請中樞念西藏為中國領土之一，藏省人民土地財產亟待管理與啟導，開發西藏、保護西藏，實目前抗戰建國迫切需要之事。今有數點待辦之事，懇求準予早日俯允以建新西藏，增加抗戰實力，免為外人所占。
一、請中央速派優良軍士一千名赴藏，由三大寺給養，一方可彈壓親英勢力東進，一方可訓練民眾充實自衛力量。
二、請中央速派教育人才赴藏興辦漢文學校，使文字統一，中國人懂中國事，識中國字，不受外人文化分化。
三、請中央速派工程人員赴藏修築公路，連接中樞，一旦有事，可迅往解決。
四、請中央速派人員赴藏設立中央銀行，一麵可抵製外彙，一麵可完成法幣統一。
五、請中央速派人員赴藏設立工廠，開發資源，增加抗戰力量。
以上幾點，如能照辦，則親英勢力可減，英帝東占甚難，而西藏可永為中國領土，吾等永為中國國民，換言之，若中央不理，則兩年中吾等均要被蠶食而為亡國奴，受英人管轄，是非吾等所願。
劉曼卿在報紙上看到了上述內容，她感到西藏地方政府不僅在政治方麵考慮深刻，在經濟方麵也在積極尋求政府的幫助。這充分顯示了漢藏之間的真誠理解和相互信任。
從拉薩回到重慶後不久，有朋友從印度傳來消息說，她的哥哥已經去世了。劉曼卿聽後悲痛不已。在短短的三年時間裏，母親和哥哥兩位親人先後離開了人世。父親和妹妹各在他鄉，身邊沒有一個親人。劉曼卿不僅感到孤獨，身體也一天不如一天，總是感到頭暈、心慌，常常失眠，開始掉頭發，有時甚至喘不上氣來。從1940年初起，不得不經常到重慶巴縣鄉間去養病。
在鄉間養病期間，劉曼卿看到了十三世達賴喇嘛靈童轉世的報道。
十三世達賴喇嘛圓寂後，西藏地方政府依據藏傳佛教的傳承方式，派人分別在青海、西康及西藏南部等地尋找轉世靈童，經過多年努力終於尋得。西藏地方致電國民政府蒙藏委員會，希望中央派員參加轉世十三世達賴喇嘛的坐床大典，並呈遞了請中央政府免於掣簽的報告。中央政府頒發了“免於抽簽”的命令，特準靈童繼任為第十四世達賴喇嘛，並再撥款四十萬銀元作為坐床經費。
國民政府特派蒙藏委員會委員長吳忠信，會同熱振呼圖克圖主持十四世達賴喇嘛轉世坐床大典。吳忠信在國民黨中屬元老派，與蔣介石有異乎尋常的關係（其女係蔣之幹女兒，蔣緯國亦曾由吳妻撫養），他以蒙藏委員會委員長身份入藏，可見國民政府對西藏問題的重視。他此次入藏除主持十四世達賴喇嘛坐床事宜外，還負有特殊使命之一就是正式設立國民政府駐藏機構。