色譜柱是液相色譜的核心部分，正確選擇使用色譜柱是保證分離工作有效快速完成的關鍵。 使用色譜柱，首先應建立良好的使用習慣，在進行分離工作之前，應先根據文獻與藥物的性質選擇合適的色譜柱類型，不要盲目購買。色譜柱初次使用時，應該仔細閱讀色譜柱的說明書，將關鍵點（流速範圍、流動相、pH範圍、溫度、儲存條件）在說明上標出，記錄在色譜柱小標簽上，並貼到色譜柱上，將說明書妥善保存（色譜柱檔案）。很多分析者忽略這個問題，購買色譜柱後，往往直接使用，根本不看相關說明，當柱子因為使用不當，出現問題時往往很難發現原因。在使用的過程中，也應該記錄色譜柱使用信息，如分析物、基質、流動相比例、柱壓、保留時間等，當下次使用時可以根據這些信息判斷色譜柱的使用情況。有些公司的色譜軟件已經嵌入色譜柱管理軟件，比如Waters公司，合理利用這些軟件或人為管理色譜柱可以有效延長色譜柱的使用壽命，保證分析工作順利進行。
在使用色譜柱主要注意以下問題：
（1）色譜柱的安裝色譜柱在使用過程中避免強烈的碰撞和震動。各個廠家生產的色譜柱在接口尺寸上有差異，如果柱頭類型和不鏽鋼毛細管接頭兩者類型不匹配，將會產生漏液或者死體積過大的現象。接頭比柱頭深度長，不易擰緊而漏液；接頭比柱頭深度短，柱頭內留有空隙而產生死體積，使譜帶展寬和峰拖尾。
（2）色譜柱的平衡色譜柱平衡指的是用完整的分析程序，運行幾遍測試，等觀察到峰形、保留時間和峰麵積穩定為止，平衡即完成。另外，在使用緩衝鹽時，應該先使用水過渡後，在將緩衝鹽引入色譜柱，以防止鹽析發生，從而損壞色譜柱。
（3）色譜柱的保存最好遵守色譜柱說明書中的保存方式。在實際應用中為了方便也可以如下使用： 短期保存(隔夜或隔周末)用所用的流動相（不含緩衝鹽）保存為佳，這樣做可以減少下次使用的平衡時間。一般情況下，建議長期用80%甲醇或乙腈來保存反相柱。純有機相保存有最大限度減少鍵合相水解的作用，但純甲醇（乙腈）又會將已水解而暫時吸附在柱內的鍵合相洗脫出去，使固定相流失進程加快，壽命縮短；另外，純有機相保存時，溶劑易揮發，導致柱床變幹，也會容易損壞色譜柱。 正相柱一般應該保存在所用流動相中。
參考文獻
於世林.高效液相色譜方法及應用.北京：化學工業出版社，2005.