在使用液相色譜前，專業的儀器操作培訓是非常必要的。經過專業培訓，分析人員可以熟練操作儀器，並在使用過程中逐漸學會解決一些液相色譜的常見問題。
“工欲善其事必先利其器”，愛護儀器，定期維護儀器也很重要。許多單位在買完儀器後，經常將儀器的說明書置於一邊。每個公司在說明書裏都製定了儀器的定期維護表，在固定的時間段應該清洗或更換某些配件。這些維護與更換操作都是經過儀器公司長時間的驗證與確認的程序，可以保證儀器處於良好的工作狀態。遺憾的是，大部分的分析者都很難做到定期保養與維護儀器，當儀器發生問題時，往往已經比較嚴重。良好的習慣是，應該根據儀器說明書及各自實驗室的情況製定詳細的儀器維護表，對儀器進行定期維護。在熟練操作儀器的同時，逐漸學會解決常見的色譜問題。
色譜常見的故障主要其中在“壓力”，它是反映儀器正常與否的一個重要指標。壓力問題包括：
(1)壓力波動，常見原因為泵內有氣泡。造成的原因主要有，溶劑未脫氣，溶劑進口過濾頭堵塞，出口單向閥失效，主動閥失效，泵密封墊老化等。
(2)壓力低，常見原因為“泄漏”。管線漏，柱子接口漏，無法吸取流動相，主動閥失效，比例閥失效，柱子塌陷，溶劑進口過濾芯堵塞或極性相差很大的溶劑快速切換（如乙腈與水），在單向閥形成空隙（表麵張力）導致無法吸取流動相等。
(3)壓力過高，常見原因為“堵塞”。管線堵塞，PURGE閥濾芯堵塞，在線過濾堵塞，或保護柱過濾芯堵塞，色譜柱汙染等。
當遇到這些問題的時候，應該逐一排除，確認故障，欲一步解決所有問題往往會將問題複雜化。