1.選擇色譜純的溶劑作為流動相
不要隨意加滿溶劑瓶（特別是有機溶劑）。作為分析流動相，應避免不必要的浪費，防止汙染環境，危害身體健康。應該根據樣品數量，計算需要使用的溶劑體積，添加適量流動相到試劑瓶中作為流動相。因為有些有機溶劑長期放置易變質，比如四氫呋喃在光照下就容易變質，甲醇或乙醇長期放置會生成酯類，乙腈水溶液會分解為醋酸與氨，在分析時導致基線抬高，對於一些分析，特別是質譜分析造成影響。
2.配製某些酸或堿性流動相時要考慮色譜柱的使用pH範圍
有些酸並不適宜作為流動相，如鹽酸，長期使用可能損壞泵及相關的鋼質管線。注意選擇合適的截止波長的溶劑作為流動相。紫外分析時，樣品的檢測波長至少應大於所用溶劑的截止波長20nm上。
3.配製的鹽溶液一定用濾膜過濾
常規液相用0.45μm濾膜過濾，超高效液相色譜使用0.2μm濾膜過濾。水或緩衝鹽溶液最好置於棕色瓶中，以防長菌，阻塞溶劑過濾器，降低泵的操作性能。質譜分析不能使用不揮發性鹽作為流動相。使用揮發鹽作為流動相時，在保證分析（分離與靈敏度等）的條件下，流動相中的鹽盡量保持低濃度。