（一）清理積案
積案問題是晚清社會的一種痼疾，它的存在充分暴露了晚清吏治的腐敗和黑暗。晚清積案又突出表現在數量多，積案年限久，曾國藩任直隸總督期間，著手解決這一問題，困難不少。
上任前，曾國藩朝見兩宮皇太後。就積案問題，皇太後問：“直隸吏治也疲頑久了，你自然也都曉得。”曾答：“一路打聽到京，又問人，也就曉得些。屬員全無畏憚，臣到任後，不能不多參幾人。”《曾國藩全集》日記（三），第1604頁。據曾氏的考察，當時直隸的吏治狀況是“積獄太多，羈累無辜”。由於吏治腐敗，戰爭連年，民事刑事案件無人處理，到同治八年（1869）三月底止，積壓的同治七年以前的案件竟達一萬二千餘件。《曾國藩全集》奏稿（十一），第6746-6749頁。“聞有州縣到任年餘，未曾升堂一次，訊詰一案者。又因連年用兵，差徭甚重，大戶則勒派車馬，供支柴草；小戶則攤派錢文，擄充長夫。劣紳勾通書役，因緣訛索車輛，有出而無歸。貧戶十室而九逃。”《曾國藩全集》奏稿（十），第6186-6188頁。
同治八年（1869）頒布的《直隸清訟事宜十條》和《直隸清訟限期功過章程》是曾國藩處理積案問題的對策。前者提出處理積案的具體要求，後者明確官員在清理積案中的賞罰條例。兩項舉措影響較大，在清理積案中起著積極的作用。
據史料記載，陳蘭彬在刑部工作的經曆是曾國藩調他到直隸工作的原因之一。陳蘭彬一直在刑部工作，對刑獄審判等問題有相當的研究和經驗。曾國藩指派曾任刑部主事的陳蘭彬和蕭世本蕭世本，字廉甫，四川富順人。同治二年進士，庶常散館，改刑部主事。參與清理積案工作，清理多年遺留下來的案件。“曾國藩久聞直隸吏治窳敗，獄訟繁興，以陳、蕭二人皆官刑部，故爾欣然聘之入幕，即欲委以刑名之事。九年十月，曾國藩回任兩江，以蕭世本‘老成練達，心地篤厚’，特為奏補天津縣令，陳蘭彬則帶回江南。曾氏督直期間辦案諸牘，大概多出自陳、蕭二人之手。”王澧華：《曾國藩家藏史料考論》，桂林：廣西師範大學出版社1996年版，第140頁。曾國藩賞識陳蘭彬也因為他為人清廉，辦事認真，而陳蘭彬沒有辜負曾氏所托，調閱了案件的卷宗，仔細分析，又不畏權貴，排除一切阻力，使一些冤假錯案得以昭雪。
陳蘭彬對清理積案是盡心盡力的。他在同治八年（1869）七月給朱學勤的信中證實各州縣結案達二萬件。信中說：“自四月行清訟章程以來，厘核至今，各州縣結案已將二萬件，積牘至年底計可一切清厘，差足為台從告耳。”《陳蘭彬致朱學勤手劄》，載《曆史文獻》第5輯，第164頁。十月的信中又說：“畿內前此積案萬餘，弟月初通核尚剩六百餘起，新案每月四千左右，陸續報結，剩亦無多。唯搶劫淫亂之件仍然層見疊出，風氣全未轉移，古人論治，以百年必世為言，非迂闊也。”《陳蘭彬致朱學勤手劄》，載《曆史文獻》第5輯，第166頁。經過一年的努力，陳蘭彬配合整個團隊，明察暗訪，分析案例，取得明顯的效果，據曾國藩在同治九年（1870）二月初二奏報，已經結清了同治七年（1868）以前的舊案12074件，同治八年（1869）以來的新案28121件；餘下舊案95件，新案2940件。《曾國藩全集》奏稿（十一），第6746-6749頁。
直隸的官場，“風氣之壞，竟為各省所未聞”，這是曾國藩對直隸官場的總體看法。在清理積案的過程中，陳蘭彬意識到，一個地方的安穩太平，很大程度決定於官吏的作風和實幹精神。他說：“封疆大吏能專拔用安靜悃愊之吏，與民休息，藏富於民，使民不輕去其鄉，治象漸成矣。邇來大患方在仕途，囂競相習成風，草野細人亦皆謂徒步可致將帥公卿，或圖保，或圖捐，或捐保之後於京外改圖捷徑，遂致紛紛浮動，雜亂無章，笑罵由他笑罵，好官還我做之，不複知人間無羞恥事。江河日下，劫運或開，亦未可定。是在京外大老勿徇己私，慎惜名器，俾百姓見官紳可重可敬，外夷亦不致謂中國官紳可輕可鄙，挽頹波而培元氣，庶有豸耳。”《陳蘭彬致朱學勤手劄》，載《曆史文獻》第5輯，第167頁。也就是說，一個好官，尤其是封疆大吏，與當地人共同休養生息，必然有凝聚力，人民也就不會輕易遠走他鄉。他指出當前的官風江河日下，有些人通過“保”、“捐”等方式取得官位，卻不做事。他企盼通過整吏治，出現一批好官，“勿徇己私，慎惜名器”，這樣，他們將受到老百姓的尊敬，外人也不會對中國的官紳產生鄙視的態度。由此可見，陳蘭彬把清理積案與整頓吏治兩者結合起來，缺一不可，如果兩方麵都處理好，就會出現社會的穩定和經濟的發展。
在參與直隸的工作中，陳蘭彬除了盡職盡責，清理積案，使數萬件積案得以處理，對於一些冤案錯案得以昭雪，但由於直隸官的腐敗，陳蘭彬在工作中也遇到諸多的困難，但處理冤案錯案則關係到民心和吏治的好壞。所以，在清理積案的過程中，陳蘭彬對於一些徇私的官吏，也給予處置。陳蘭彬對直隸實行的一些措施，他經過考察和周密的分析，也提出自己的看法，比如對於“練軍”一事，陳蘭彬就敢於提出反對意見。
曾國藩在接替直隸總督上任前，幾次朝見兩宮皇太後，皇太後要曾氏利用他練湘軍的經驗，在直隸練好軍隊。曾國藩上任後，將練軍作為要政之一，但因旱情嚴重，曾國藩把此事暫緩辦。當時直隸綠營兵近五萬，從中挑選四千人練軍，每人除領綠營“底餉”一兩五分之外，再給“練餉”二兩四分。陳蘭彬認為“練軍”問題較多，他列舉練軍的十四點弊端：同一營內，有些被挑入練軍，“此得挑而餉多，彼不得挑而餉少，相去懸殊”；“久慣懶滑之人，其遂能頓變積習乎”；容易出現“雇人冒替，或遇遠調征戰，則又另覓替人”的情況；“所練者大抵皆省城附近之人矣，他日若撤歸伍，既須離鄉，又或減餉，其本營能有幾練卒”；“同一營伍規製業已兩歧，其記拔外委之類勢仍當差者得多，在練者得少，練軍轉有向隅之歎”；直隸營兵近五萬，練軍總四千，“不得練餉者必籍口而自甘廢棄”；“綠營舊製，其操演陣法與練軍新章無甚徑庭”；“練軍章程仍仿綠營之法，且有繁於綠營者”；帶勇之官製繁瑣，“換一哨官，汰一練卒，殆得處處谘申”；練軍之統領多非營內久任的提鎮，對下麵官兵不了解；“練餉悉有定製，欲犒賞，賞從何出”；“有事之日皆切悚惶，無事之日心常樂易也，將來勇隊亦必漸漸不如從前”；“四千練軍過少，理須添練，其餉項又得請益，現時部庫支絀，藩庫欠款尤多，何能應乎”；當曾國藩異日工作變動，“練軍亦未知如何，恐此巨款將來究歸諸無何有之鄉也”。《陳蘭彬致朱學勤手劄》，載《曆史文獻》第5輯，第157-158頁。陳蘭彬同意“欲得精兵，須得汰兵”、“兵多必貧必弱”的觀點。他認為，“似總當就綠營一麵亟將欠餉補足，一麵結實想法裁汰訓練，勿另設名目，多靡巨帑為善”。《陳蘭彬致朱學勤手劄》，載《曆史文獻》第5輯，第158頁。為此，陳蘭彬寫下長信，希望說服朱學勤向曾國藩乃至朝廷轉達他的意見。這些都說明，陳蘭彬在清理積案過程中，也關心吏治和民生相關的問題，而且對於一些不屬於他職責範圍的事也敢於直陳己見，表明陳蘭彬又是一位有責任心，有體察民情的勇氣和敢於稟告真情和己見的人。