一、天然培養基
1.米曲汁
米曲1kg裝入布袋，加水4～5L，於50～60℃水浴中保溫，進行糖化。中間常加水攪拌，共保持4～5h。糖化的終點可用澱粉對碘反應的消失得以確認。取出布袋，盡量避免攪拌，輕輕加以擠壓，最後用皺褶濾紙過濾。
用途：黴菌，酵母。
2.麥芽汁
幹燥麥芽1kg加水4L，與米曲汁調製法一樣，50～60℃糖化、煮沸，冷卻後過濾、殺菌。
用途：酵母、黴菌。
3.馬鈴薯、葡萄糖瓊脂培養基
馬鈴薯100g、剝皮，剁碎，在300mL自來水中浸漬5～7h，放置於陰暗地方。用紗布過濾。120℃加熱1h。取此液230mL，加葡萄糖20g，瓊脂20g，再加水至1L，於高壓滅菌鍋中120℃滅菌15min。
用途：酵母、黴菌（特別適合於觀察酵母的假菌絲、菌絲、出芽孢子、厚膜孢子等。）
4.代用肉汁
現在幾乎已完全用這種代用肉汁取代了傳統肉汁，加瓊脂做成固體培養基，分離細菌或保存用培養基。
5.酵母水
取新鮮壓縮麵包酵母200g,加水充分混合,煮沸2～3h，靜置後濾取上清液。必要時在過濾前添加雞蛋蛋白或矽藻土，加熱過濾後可得清澄液。
添加蛋白腖1%及葡萄糖可作為細菌用。可用於酵母糖類發酵試驗或白蛋白分解能試驗用基本培養基。也可以作為酵母用合成培養基中維生素或其他微量生長因子的補充給源，隻添加少量即可。
二、人工培養基
三、與醬油釀造有關的培養基
在醬油釀造過程中與微生物有關的培養基有曲和醬醪（醅）兩種。在曲中生長、活動的微生物與生長活躍在濃鹽水中的微生物不同。
一般非耐鹽性菌和耐鹽性菌之間是有區別的,在製備培養基時應注意其差異點。
1.殺菌水
分離曲中或製醪初期沒有耐鹽性的菌株時，一般使用0.85%生理食鹽水，對發酵、熟成中的耐鹽性酵母和乳酸菌就要使用10%NaCl的殺菌水[加入少量界麵活性劑（吐溫80）可強化試樣的分散力]。否則，由於滲透壓的急劇變化，會導致菌數的減少。
2.醬油曲中酵母數的測定、分離用培養基
醬油曲中生長存在的酵母和在醬醪中進行酒精發酵、熟成的酵母，其性質完全不同，即它們的耐鹽性是不一樣的。例如黃酒酵母當鹽度達到8%～16%就不會生存，而醬油酵母卻能在23%～25%食鹽濃度的培養基上依然很好地進行生長、發酵。
醬油醪的主發酵酵母是魯氏酵母，後熟酵母也是耐鹽性強的球擬酵母——T.versatilis，T.etchelsi T.nodaensis等。還有一部分與球擬酵母同屬隻能耐13%的好鹽性酵母。
從醬油曲中可以分離到非耐鹽性酵母（Sacchroncyees.eereviciae,Pichia屬，Rhodotorula屬等）等多種多樣的酵母，這些酵母在製醪初期，當曲和製醪鹽水未能很好地混合時還能生存，到了製醪中期會被淘汰。