一、種曲質量的測定
種曲中的孢子數、孢子發芽率及所含細菌數是決定種曲質量的關鍵指標。
1．孢子數的測定
①器具及裝置：顯微鏡（接目鏡10～20倍，接物鏡20～40倍，400～800倍），血球計數板，蓋片，1mL吸液管幹熱無菌後使用，刻度最少0.01mL。
②操作：稱取試樣0.5～1g,與100mL殺菌水混合攪拌10～15min,使孢子充分分散,用血球計數板測定孢子數,孢子數在血球計上1個區內以5個左右為宜,過多時須進行稀釋。
通常種曲的孢子數在108～109cfu/mL
③注釋：殺菌水的配製可參考如下：
600mL殺菌水：幹熱滅菌300mL錐形瓶內加生理食鹽水（0.85%食鹽）100mL，加棉塞蒸氣滅菌，為了孢子分散可加幾滴吐溫80。
2.孢子發芽率的測定
①器具及裝置顯微鏡：300～600倍；培養皿：幹熱滅菌；蓋玻片：厚0.1mm左右,10mm×10mm,在培養皿中幹熱滅菌;載玻片;漏鬥:幹熱滅菌,直徑50mm;酒精燈及噴燈;棉塞試管、棉塞滅菌，直徑15mm×長150mm；振蕩器；無菌箱。
②操作
a.試樣的調製：稱取試樣0.5g用殺菌水製成孢子懸浮液,殺菌水中可加入界間活性劑吐溫800.005%～0.01%,用搖床振蕩5～15min,使孢子充分分散,稀釋成（1～5）×104cfu/mL孢子懸浮液。
b.培養：事先幹熱滅菌蓋玻片上塗上厚約1～2mL澄清米曲汁瓊脂培養基層，用殺菌吸管將孢子懸浮液薄薄地流滿培養基麵上，然後將其放在培養皿中載玻片上，於30℃培養5～8h。
c.鏡檢：用300～600倍的顯微鏡檢查發芽的孢子數。每次鏡檢，要在不同視野連續讀取500～1000個孢的發芽情況，求其平均值。直接將孢子懸浮液塗布於培養皿上米曲汁瓊脂培養基上鏡檢時，要觀察5～10個視野，讀取500～1000個左右的孢子數，從發芽孢子總數與全孢子數之比，求得發芽率。
3.一般細菌數的測定
①器具：培養皿，吸管，棉塞試管，分注器，錐形器，量筒，燒杯。
②操作：
a.殺菌生理食鹽水的製備：食鹽8.5g和吐溫802～3滴溶於1L水中，用分注器準確地注入9mL的棉塞試管，集中於鐵絲鋼筐中，每個棉塞用硫酸紙捆紮起來，於高壓滅菌鍋中於進行120℃滅菌10min。另外，準確吸取上述生理食鹽水100mL於300mL錐形瓶，同樣用硫酸紙捆紮住棉塞進行高壓滅菌，備用。
b.肉汁瓊脂培養基的製備：按前述肉汁瓊脂培養基配製法製成後加抗黴劑殺真菌素（Kabicidine）50～500mg/L備用。如不加防黴劑常產生黴菌的菌落影響測定。
c.測定操作：稱取試樣1～10g，放入已裝入100mL殺菌水的300mL錐形瓶中，攪拌10～15min，充分混合，取1mL，在火焰無菌區內加入事前準備好的9mL殺菌水試管中，依次進行稀釋，直至達到指定菌數。倒入幹曲滅菌的培養皿，另將保溫於（50±1）℃的肉汁瓊脂培養基注入培養皿，輕輕地與試樣攪動混合均勻後，靜置固化。這些操作過程均應無菌操作。
培養基固化後將培養皿倒置於恒溫保溫箱內，於30℃培養24～48h，計算試樣中的生菌數。
每支培養皿以得到30～300個菌落為適當的稀釋度。
為了確證無菌操作，用不加試樣的對照操作培養皿即可。
計算：細菌數=A×稀釋倍數試樣采取量（g）式中A——培養皿中平均菌落數
二、醬油曲質量的測定
1．水分
105℃幹燥法。
①器具及裝置：恒溫幹燥器，帶蓋鋁盒，幹燥器，藥物天平。
②操作：稱取試樣50g於鋁盒，於105℃恒溫幹燥器中幹燥6h，幹燥後移入幹燥器中冷卻稱量。
2.浸出液的純度
測定曲浸出液的濁度作為曲中細菌數的尺度。
①器具及裝置：300mL錐形瓶，No.2濾紙，漏鬥，100mL量筒，濁度計。
②試劑：18%食鹽水。
③操作：稱取曲子20g於300mL錐形瓶，加18%食鹽水100mL。時常振蕩浸出30min。用No.2濾紙過濾，用濁度計測定浸出液的濁度。