在上大學期間，林耐的家庭經濟狀況依然很糟，開始還能提供一點資助，後來就完全靠林耐自己了。他憑著頑強的毅力和吃苦耐勞的精神，勤工儉學堅持到了畢業。可惜畢業時，他由於交不起考試費，不能參加學位考試而失去了獲得學位的機會。畢業後在老師的極力推薦下，林耐留在了烏普薩拉大學擔任助教。他一邊給學生講課，一邊從事研究工作。他的工作受到了領導和同事的好評。可噩運還是降臨到了他頭上。有一天，校長麵帶愧色地對他說：“我很抱歉地告訴你，因你未能獲得學位，學校學術委員會決定辭退你。你自尋出路吧。”林耐帶著憤怒和遺憾離開了母校，來到了瑞典的法龍鎮。
在法龍鎮，與林耐作鄰而居的是一位名叫莫勒的老醫生，他對植物學也頗有研究。林耐和莫勒在一起談起植物學來頭頭是道，真有一種相見恨晚的感覺，兩人成了忘年交。
一年後的某一天，莫勒醫生來看林耐，還未進屋，就聽見林耐在屋裏唉聲歎氣。於是莫勒不解地問：“男子漢大丈夫，有多大問題解決不了的，以至於這樣!”林耐依然愁眉不展地說：“現在是多好的季節啊!如果能出去考察，一定會發現不少新植物，可是我去哪兒弄到錢來做路費呢?”莫勒醫生聽後哈哈大笑起來，“就這點小問題啊，這還不好辦，我來資助你出國考察。”
有了莫勒醫生的資助，林耐開始了長期的野外考察工作。在野外考察中，他發現了不少新植物，也進一步豐富了他的實踐知識，後來他又遠涉丹麥、德國，到荷蘭留學三年，在哈德維克大學獲得了醫學博士學位。畢業後他到英國和法國進行了長期的考察，這使林耐知識麵變得極為開闊，見識了許多以前的植物書上未曾記載過的植物。
後來，林耐回到了瑞典，定居斯德哥爾摩。他決定將自己長期考察的結果整理成文。他一生中共有著作180多種，其中《植物種誌》最為出名。這本書從1746年開始寫作，曆時七年，於1753年出版。這部著作中收集了5938種植物，書中林耐對過去的植物命名進行了革新，創立了“雙名命名製”，成為後來植物分類學家共同遵守的法則。
成名後的林耐仍然保持了謙虛謹慎、不驕不躁的學術作風和處世原則。西班牙、俄國、英國，德國等許多國家邀請他去擔任要職，他卻說：“我的生命和我的一切都屬於我的祖國，我隻能為我的祖國而工作!”
1778年，林耐因病與世長辭。他為瑞典人民作出的貢獻，他取得的成果將永世流傳，正是他使植物王國由無序走向了有序!