與此同時，還要整頓藥品流通秩序，調整藥品價格。在藥品購銷活動中，充分利用現代電子信息網絡技術，提高效率，降低藥品流通費用。而市、縣級藥品批發企業將改組為區域性基層配送中心，近期暫停審批和登記新設藥品批發企業。對基本醫療保險用藥目錄中的藥品、預防用藥、必要的兒科用藥、壟斷經營的特殊藥品實行政府指導價或政府定價，要引入市場機製，降低“虛高”價格。經過試點，逐步實施由生產企業將零售價印在藥品外包裝上的辦法，讓人看了一目了然。
在國家這一政策出台前，北京市已先行一步，許多大醫院都成立了藥品采購小組，區縣衛生局已陸續建立藥品調配中心，以杜絕藥品回扣，隔斷藥商、藥販與醫務人員間不正當的聯係，保證藥品質量。藥品采購小組由院長出任組長，負責全醫院藥品的采購和供應。像天壇醫院專門有采購部，對藥品、醫療器械及辦公用品都實行集中采購。北大醫院則規定：要進新藥必須兩位以上的科主任提出申請，更換廠家則要3位以上。對那些收取回扣的人，衛生行政部門則堅決予以查處。1999年，北京市朝陽、房山和海澱衛生局就對私下收取藥品回扣、開方提成的17人給予了行政處分和罰款。西城區一家醫院的采購員收受回扣數額高，已由檢察院立案偵查。
第三，2000年以後醫藥行業的工作重點在產權多元化改革、經營方式改革，以及創辦中外合資零售和科研開發企業試點。
1999年下半年，將香港建設成中藥港的構想在醫藥界成為熱點，李嘉誠與香港新世界集團的鄭裕彤準備聯手投資50億美元參與建設中藥港。李嘉誠會複製他在電信與網絡上資本運作的成功經驗，將內地優秀的中藥企業進行重組和重新包裝後，帶到香港上市，成為中藥企業的孵化器。如果有可能，港資集團也希望把中藥港作為題材，在資本市場進行炒作。既然稱之為“港”，就應該是開放的，而不是封閉的，能為內地企業提供市場機會和融資機會，企業應該抓住機遇。
目前中藥在國際市場的境地非常尷尬。國內還沒有一個中藥產品通過美國FDA的新藥認證，隻能作為功能食品銷售，不能進醫院。所以在國際市場每年160億美元的中藥銷售額中，中國僅占3％到5％的份額，中成藥進口額竟多於出口額的4倍。天然藥物市場潛力很大，國外天然藥品有效成分簡單，質量標準清晰，質量容易控製，產品容易複製，加上口感好、攜帶方便等特點，容易被市場接受。中藥是幾十種藥材混合在一起，而且中醫的藥理與西醫有道壕溝，短期內逾越還很困難。一方麵要讓西方人像逐漸接受針灸一樣接受中藥，另一方麵，中藥的質量標準要和國際接軌。現在國內沒有真正的中藥檢測標準與檢測機構，香港的科研機構與國外權威大學建立檢測機構，對提高中藥的質量標準很有好處。
內地一些中藥企業也意識到中藥港帶來的機遇，並表示出對中藥港的興趣。中國幾家大的中藥企業正在與外資商談合作計劃，有的已經達成意向書。四川省的中藥工業產值位居全國第一，是國家批準的唯一一個中藥現代化科技產業基地。該省邀請香港科技、實業界到四川考察，也組織四川省的中藥企業去考察中藥港。成都地奧集團表示，四川擁有中藥材的天然資源，公司也有天然藥物研發的經驗與技術優勢，正在尋求與外資在技術與資金的合作。進展比較快的是雲南醫藥集團有限公司，他們已經與香港新世界集團成立了合資公司，新世界占60％股份，目前已進入實質操作階段，有些資金已經到位，一些項目已經開始運作。同仁堂宣布分拆部分資產，以同仁堂科技發展有限公司到香港創業板上市。三九則打算在香港上市，三九集團全資擁有的香港控股公司持有雅安三九80％股份，香港中藥港的建設為三九分拆資產到香港上市提供了更大的可能。
目前內地有3家醫藥企業在香港上市，如果有更多的內地中藥企業到香港上市，能讓投資者和消費者更多地了解中藥，逐步擴大中藥的影響。中藥企業將借“港”出海，加大打進國際市場的力度。
同時，中國醫藥企業還應利用現代信息技術、網絡技術，提高經營效益、降低經營費用，實現交易方式的現代化，進行醫藥電子商務試點。總之加入WTO，12.5億消費者是最大的受益者.他們充分享受競爭和技術進步所帶來的收益。如果你家裏有病人，並且要做心髒手術，昂貴的費用使你不得不負債。為什麼手術勞務費極其低，而手術所需要的醫療器械十分昂貴呢？這就是因為高關稅和多環節的交易成本所致。進入WTO之後，這些藥品和器具關稅會大幅度下降，醫院可以直接通過因特網向全世界購買質量高的，價格相當便宜的器械，可以在2-3天內通過國際快遞，廉價的得到，治好了你家裏的病人。