1999年國有大中型企業改革與脫困工作是醫藥行業的重點工作之一。2000年國家經貿委製定的醫藥經濟發展指導目標是預計實現利潤116億元，比上年增長11％。其中工業企業預計實現利潤108億元，同比增長10％；商業企業利潤預計實現8億元，同比增長14％；產品出口比上年增長10％；工商企業虧損麵降到30％以下。由於各省市經貿委和醫藥局派人分別多次赴本省重點脫困企業進行調查，為醫藥企業爭取兼並、破產、債轉股和技改貼息政策的支持。因此，1999年國家前兩批核銷呆壞賬指標中，已經落實了6家醫藥企業，共核銷呆壞帳金額約8億元左右。醫藥行業有東北製藥集團、北京第三製藥廠等9家企業進入實施債轉股名單，合計債轉股金額約28億元。並且有一批醫藥企業進入了第三批貼息項目計劃。
國家出台的政策措施有力地支持了醫藥大中型企業的脫困工作，在1999年全國重點脫困企業名單中共有56家醫藥企業，占全國脫困企業的2.38％。其中太原製藥廠、天津達仁堂製藥廠、湖南嶽陽康神藥業集團等大多數企業在1999年的脫困工作中取得了好成績。
深化醫藥流通體製改革是1999年好局麵形成的重要原因之一。在產權製度改革方麵，上海醫藥、南京醫藥、浙江震元、廣東麗珠和成都華神等一批企業實現了產權多元化，完善了法人治理結構，建立了激勵與約束機製，增加了企業活力。在經營方式改革方麵，重慶、廣州、深圳和大連等地的一批企業在批發代理配送和零售連鎖經營方麵又取得良好成績。
2000年我國醫藥行業經營狀況良好，預計將繼續保持2位數字的增長速度，全行業利潤增幅可達11％左右，企業虧損麵有望降到30％以下。
企業對2000年第一季度宏觀經濟景氣預期與1999年第四季度相比上升0.02，綜合景氣預期與1999年第四季度狀況相近。對宏觀經濟狀況，33.2％、50.9％的企業預期“上升”、“持平”，隻有14.5％的企業預期“下降”，表明企業對未來預期持有信心，行業一季度宏觀經濟景氣將呈現穩中有升、基本持平的態勢。對能較全麵反映醫藥企業態勢的各項指標，分別有32.4％、62.5％的企業預期“上升”、“持平”，隻有5.1％的企業預期將會“下降”，表明企業對未來經營狀況的預期好於對現狀的評價。
企業對2000年第一季度景氣度的評價與1999年第四季度景氣度的評價預期相同，都為0.03。其中，2000年第一季度與上季度相比，在宏觀經濟、企業定貨、原材料購進價格、產品銷售價格、產品銷售庫存、銀行貸款態度、企業資金運用情況的景氣度為正數，但企業經營狀況、銷售收入、利潤、員工在崗數量、生產能力利用方麵的景氣度為負數，表明企業對醫藥宏觀經濟發展、物價和貨幣改革等方麵持有較為樂觀的態度。但認為行業結構性矛盾仍很突出，企業扭虧、下崗人數增加等問題對企業壓力仍然很大。因此，行業結構性戰略調整仍將是今後一個時期艱巨而主要的任務。
醫藥行業改革刻不容緩
首先，要加強宏觀調控，提高醫藥經濟運行質量。
低水平重複建設、盲目發展帶來的產品嚴重供過於求而引發的過度競爭、低價傾銷的惡性競爭現象是當前醫藥行業健康發展的首要問題，因此必須堅決製止重複建設。2000年要做好各部門、各係統醫藥科研題目立項的協調工作，從源頭上製止重複建設。1999年，國家經貿委發了市場飽和了的《長線品種目錄》，控製已過剩產品的生產。即使是新產品的投產也要盡量利用現有的生產能力，提倡企業間相互開展委托加工。嚴格對開辦企業的審批，特別是對嚴重過剩的產品和單純增加加工能力的項目，原則上不再辦新廠。
其次，搞好流通體製改革，提高醫藥商業的經濟效益。
從全行業來看，醫藥流通企業的改革和發展明顯落後於醫藥工業企業的改革與發展，突出表現在醫藥商業經濟效益低下。醫藥流通體製改革的總體目標是：建立適應社會主義市場經濟的“宏觀調控，管理科學、統一開放、競爭有序”的醫藥流通新體製。初步形成公有製為主體，多種所有製經濟共同發展的醫藥流通新格局；健全醫藥市場機製，實現市場行為法製化，形成優勝劣汰的市場競爭機製和良好的醫藥市場流通秩序；醫藥批發企業實現組織結構的集團化，經營方式的規模化、集約化、銷售市場的多元化，市場集中度提高；醫藥零售業實現連鎖化和多元化經營；農村藥品供應網點布局趨於合理，供應方式靈活多樣。
近年來，我國的藥品市場上供大於求，且藥品批發企業多。激烈市場競爭使一些推銷員鑽到了醫院裏和醫生及藥品采購人員掛上鉤，以“開單費”、“處方費”等不正當的方式，暗中給回扣。這種做法抬高了藥品本身的價格。為防止這種醫藥購銷活動中的不正之風，從2000年開始，國家決定進行藥品集中招標采購，以規範醫療機構的購藥行為。國務院新頒布的《關於城鎮醫藥衛生體製改革的指導意見》指出，要由衛生部牽頭，國家經貿委、國家藥監局參加，根據《中華人民共和國招投標法》，進行藥品集中招標采購工作試點。集中招標采購藥品除公開外，其實際價格要報當地物價部門備案。