遭遇挑戰
1913年4月1日，傑克成為J.P.摩根銀行新的總裁和首席合夥人，也就是說他成了摩根帝國的最高領導者。過去，皮爾龐特個人的巨大影響和威望之光遮住了人們對傑克的關注，傑克自己也從來沒有主動尋求任何的“知名度”，但是，當他承擔起整個家族的使命的時候，人們驚異地發現，摩根財團雄風未減，其霸業與勢力甚至一度達到更加顯赫的地步。在1914年到1945年的30年中，在傑克的領導下，摩根財團的壟斷地位上升到了前所未有的高度。
但在這個漫長的過程中，傑克也曾遭遇過嚴峻的挑戰。
1913年夏，摩根家族投資的重要企業之一——紐黑文公司遭遇了一場信任危機，當時紐黑文鐵路公司突然出現資金困難，瀕臨破產邊緣。這時候，傑克出麵組建了一個辛迪加，認購為紐黑文公司發行的一種新的可兌換債券，目的是通過重新投資來解決公司的資金問題。
紐黑文公司的股東對這個舉動極為不滿，他們激烈地抨擊J.P.摩根公司的行為，認為摩根家族又要利用自己的勢力操縱紐黑文，並從發行債券中獲取暴利。麵對紐黑文股東的“無理指責”，傑克作出強硬反應：J.P.摩根公司宣布不再是紐黑文公司的財務代理人，辭去在紐黑文的董事職務。
當時，美國社會反壟斷的呼聲更加高漲。1913年，民主黨人威爾遜入主白宮以後，頒布了一係列新的經濟法律法規，就是針對以摩根家族為代表的壟斷資本的。在這種情況下，傑克不可能去硬碰硬，加上這個時候又出現這樣的矛盾，於是不得不丟掉紐黑文，也就是失去了一個賺錢的實體企業。
1914年政府頒布的《克雷頓反托拉斯法》，禁止競爭對手之間互兼董事，很顯然，這也是針對像摩根財團這樣的大壟斷集團的，傑克本人無力對抗國家法律，摩根公司的合夥人在1914年1月一下子從30家公司的董事會中被迫辭職，包括銀行、鐵路和商業企業，其中有著名的紐約中央鐵路公司、花旗銀行、第一國立銀行、國立商業銀行。摩根家族在經營多年的鐵路王朝中開始退卻。
1913年政府頒布了《聯邦儲備法》，根據這項法令，威爾遜總統堅持在華盛頓建立了由政府而不是由銀行家控製的聯邦儲備委員會，即今天的美聯儲。聯邦儲備係統於1914年11月開始運轉，而我們知道，在1907年的金融危機中，政府束手無策，是摩根出麵，以一人之力挽救了即將爆發的金融災難，這以後，美國政府痛下決心，要建立一個機構解決類似的問題。美聯儲的建立使摩根家族在金融界的勢力明顯削弱了，這是傑克無法把握的，也是社會發展的必然結果。
所有的這些既然已經發生了，無論是好是壞，都已經成了事實，也就不可改變，傑克隻有平心靜氣地去接受了。
1913年，J.P.摩根公司在華爾街23號辦公大廈地址開始修建一座大樓，新的大廈設計得比原來的要小，難道這預示著摩根家族在老摩根時代創下的業績真的要在傑克手上付諸東流嗎？
戰爭帶來的轉機
1914年，在輿論的強大壓力下，美國新政府和國會出台了一係列法律，旨在限製壟斷。1914年9月26日國會通過了威爾遜提議的、由布蘭代斯律師協助起草的《聯邦貿易委員會法》。法案規定：撤銷原有的公司管理局，一切事務交由聯邦貿易委員會處理；委員會作為一個獨立的行政機構存在，由5名成員組成，成員由總統提名並經參議院認可，任期7年；委員會有權調查公司活動，監督《克萊頓法》
所適用的私人和公司，以便防止其違法。《聯邦貿易委員會法》第5款規定，商務中的不公平競爭方式、不公平或欺騙性行為與做法均屬非法。這樣，政府管理的範圍就擴展到了規範企業活動、製約企業間的競爭方式等廣大領域。摩根家族的地位遭遇前所未有的嚴峻挑戰。
壟斷大資本與政府和公眾的反壟斷戰鬥似乎一觸即發，但就在這個時候，第一次世界大戰爆發了。
1914年6月28日，奧匈帝國的皇位繼承人、一個狂熱的軍國主義分子弗蘭茲·斐迪南及夫人，在波斯尼亞首府薩拉熱窩被塞爾維亞民族主義者弗日羅·普林西波擊斃。薩拉熱窩事件便成為大戰爆發的導火線。
7月28日，奧匈帝國對塞爾維亞正式宣戰，是日午夜，炮擊貝爾格萊德，開始了軍事行動。此後，事態急劇發展，各國紛紛動員、宣戰。