肺鼻呼吸與穴位體呼吸是兩種不同的呼吸係統，兩者有明顯的差別。
如果我們將肺鼻呼吸係統稱作順行方式，那麼穴位體呼吸就是逆行方式。兩者的運行程序可以大致比較如下：
肺鼻呼吸係統的順行程序為：
肺鼻進氣→動脈係統→組織細胞→靜脈係統→肺鼻呼氣。
穴位體呼吸（即第二呼吸係統）在“不完全穴位體呼吸”階段的逆行程序為：
穴位進氣→經絡→微循環係統→組織和潛能細胞→靜脈係統→穴位體呼氣與肺鼻呼氣同時呼氣。
兩種不同的呼吸係統，由於運行程序上有順行與逆行的差別，可造成不同的生理效應。其中機理機製肯定會有明顯的差別，但究竟區別之處何在？其生理機製機理發生了哪些變化？均有待當代科學界人士，在老子科學思想的基礎上，結合現代自然科學成果進一步作出科學的說明。
第二呼吸係統的形成和出現，表明人的體質是可以改造的。氣功對人的體質的改造是全麵的、深刻的、無處不在的。包括所有的組織器官和組織係統在內的整個人體，都會在科學化的氣功修煉中得到實質性的改造，而第二呼吸係統僅僅是其中的一個方麵而已。人的衰老是從髒腑功能退化開始的，老子科學氣功可以大大延緩髒腑功能退化的進程，老子能夠活到160餘歲尚還健在人世，就是在這種特殊生理狀況下形成的。穴位體呼吸是改造人的體質的先行官。在氣功的作用下，全身都在得到變化和改造，例如中老年人出現第二次性發育的症候群等等，表示腎係統功能也在進一步發生變化和改造。