到了八月，清政府已經調集了部分軍隊，組成三隊人馬。聽說噶爾丹有順克魯倫河而來的消息，康熙帝在給內大臣明珠的指示中，命令第一隊於當月二十四日出發，所派諸王及兩班侍衛一起行動。二、三隊出發日期，都隔一天。盛京預備兵2000名，寧古塔預備兵1000名，都在規定的時間內在烏爾會（今內蒙古東烏珠穆沁旗境內）會合。
康熙帝專門給黑龍江將軍薩布素下了命令，讓他派人進行遠距離探察。如果噶爾丹侵犯車臣汗地方，可以根據情況來進行剿殺。一旦有動靜就追蹤下去。如果要用到烏喇兵的地方，可以帶著去。如果用不著，就讓他們去跟盛京兵會合。盛京、烏喇兩處，讓副都統齊蘭布去號令。科爾沁兵2000名，到烏爾會地方會合。
康熙帝讓土默特貝勒厄爾德木圖趕快回到他的屬地，並且讓貝子喇思查普派出旗兵，也去跟盛京兵會合。派理藩院官一人，去敖漢、奈曼、巴林等旗，根據情況調兵。又對軍糧運送等事項作出安排。
康熙三十四年（1695年）十月，根據駐防設置需要，黑龍江將軍薩布素請求添設墨爾根城防守禦四員、齊齊哈爾城防守禦一員。清政府批準了他的請求。
到十一月份，北線軍情更加緊張。據安北將軍伯費揚古報告，噶爾丹在巴彥烏蘭地區活動，他建議分軍進剿。巴彥烏蘭位於原外紮薩克蒙古車臣汗部克魯倫河上遊地帶，這裏已經是外蒙古東部了，讓康熙帝更為擔心的是，噶爾丹順著克魯倫河一直向東，很容易進入科爾沁草原。一旦占領了科爾沁，後果不堪設想。這對清朝是個巨大的威脅，局勢將變得更為嚴峻。康熙帝已經調盛京兵兩千、寧古塔兵一千以及科爾沁蒙古兵四千在烏爾會河會合，進行截堵。他告知薩布素，參加此路防禦的黑龍江兵，具體數目由薩布素自己決定。另外他布置薩布素率兵從東路由克魯倫河攻打噶爾丹，同時死死堵住噶爾丹東去的道路。
康熙帝同時調陝西、甘州等各處官兵前往歸化城會合，由費揚古率領，從西路進剿。他自己親自率中路軍從京師出發，約期夾攻噶爾丹。按照康熙帝的命令，三路清軍，每人攜帶80天的口糧。中路隨運米石，讓諸王大臣官員快速用駝馬馱運。如果不夠，馬上動用正項錢糧雇車裝載。西路軍糧食應當隨運幾天，讓費揚古上奏明確具體數目。馬匹最重要，每佐領下發馬10匹，交地方官飼養。軍隊在來年哪月哪日開始出發，都由費揚古作出報告後再決定。
軍隊數量能夠直接表現軍隊的實力。這三路兵數量是多少呢？
西路進剿，右衛兵5000人，京城增發兵3470人，大同綠旗兵5000人，合官兵廝役，共24260人。中路軍，京中每佐領兵6名，漢軍火器營兵2000人，以及隨軍炮兵，共計8130人。炮手綿甲軍888名。兩名合一廝役。又盛京兵2000人，寧古塔兵1000人，黑龍江兵約2000人，宣化府綠旗兵3000人，合官兵廝役，共計32970人。三路總兵力將近6萬多人。
康熙三十五年（1696年）二月，康熙帝命薩布素率東路軍堵截噶爾丹，防止他東進。他諭令領侍衛內大臣說，最近聽說噶爾丹準備東行，故令薩布素整兵設防，防其竄逃，所派盛京、寧古塔兵和科爾沁兵都由薩布素總轄，口外所報所有軍事情報都要派人告知他。不久薩布素上奏說，從各路調集過來的兵於四月初由索嶽爾濟山出發，進兵克魯倫河。
打仗，後勤保障很重要，尤其是糧食，跟蒙古人打仗馬匹也很重要。清廷經過討論後決定，京城增發兵，每名給馬4匹，廝役1名，各攜帶80天的口糧外，每人月給米2倉鬥。通過湖灘河朔運送過去。其運車，以及馬騾、草豆、挽兵口糧等物，都讓山西巡撫準備提供。並選才幹道官1人，同知知州知縣等官4人，同部院官4人，也跟著運糧車運送。特簡於成龍等三大臣內，分撥1人，佐以1滿洲堂官，迅速趕往山西，會同巡撫溫保，料理各項事務。用通倉米運給，其運車和馬騾夫，需用食物，都讓直隸、山東、河南三省巡撫準備供給。押運官員也讓他們各自選出和西路同。再選部院衙門有才能官12名，每省派4名官員分管，尾隨中路大兵前進。其總理運務，派出於成龍，所有事都由他來自行決定。讓押運官員也選擇些具體的事務來做。牽挽兵卒也要發給糧食。
康熙三十五年（1696年）正月，內閣侍讀學士伊道上疏說，向導朱爾渣哈等到厄折忒圖哈卜七爾地方，見有人馬行蹤約有四百多人，沿著克魯倫河上流而去觀察其形勢，查明是額魯特人。康熙帝命令伊道再選精細能事之人，探明實信，速行奏報。另外通知烏朱穆沁、阿魯科爾沁、紮魯特、科爾沁以及黑龍江將軍薩布素處，嚴飭各旗訓誡官兵，加意防守。
根據伊道報告，康熙帝得知噶爾丹部落五六千人已經到了巴顏烏蘭一帶，他判斷噶爾丹可能進犯歸附清朝的蒙旗，一旦有警，從京城調動軍隊進行防禦緩不濟急，倘若噶爾丹采取與清軍周旋計策，康熙帝稱之為“我進彼退、我還彼來”，將陷入被動，為此他要求議政王大臣等認真籌劃。根據議政王大臣的意見，發兵出師，軍隊攜帶兩月糧，前赴巴顏烏蘭進剿噶爾丹。康熙帝認為“京師大兵，不便輕發”，不如讓蒙旗前去抵禦。為此康熙帝派大學士內大臣索額圖去兩蘇尼特、兩阿巴嘎、兩阿巴哈納爾去作動員。又派另一大學士內大臣明珠赴喀爾喀土謝圖汗部、兩蒿齊特、兩烏珠穆沁去號召。預選察哈爾兵600名、喀喇沁、翁牛特兵1400名，再於大兵內及新滿洲、諸王護衛、喀爾喀兵內共選精兵1萬，備足駝馬糗糧，務必將噶爾丹窮追剿滅。
除此，《親征平定朔漠方略》記載：康熙帝對大學士伊桑阿等提出，馬匹很重要，應於49旗分別購買。歸化城買1000匹，鄂爾多斯六旗、科爾沁10部，各買2000匹，其餘各旗馬數作何分購，你們酌量議定，委官前往各旗，會同各王、台吉等遵諭以行。伊桑阿等商議後報告說，49旗蒙古產馬多寡不等，擬采買之數不能一概而論，應酌量限定，分為十路進行。具體方案是，科爾沁、鄂爾多斯所買馬數既多，應將科爾沁土謝圖親王沙津五旗為一路；科爾沁達爾罕親王班第五旗為一路；鄂爾多斯六旗分為二路；歸化城自為一路，凡五路，每路委部院官二員，或蒙古護軍參領或驍騎校參領或侍衛派一員同往。再將兩喀喇沁及土默特貝勒厄爾德穆圖旗下為一路，買馬600匹；土默特貝子喇思查普旗下及敖漢、奈曼為一路，買馬540匹；兩翁牛特、阿魯科爾沁、兩紮魯特為一路，買馬500匹；兩蘇尼特，四子部落及喀爾喀之達爾罕親王諾內為一路，買馬310匹。凡五路，每路委部院官一員或蒙古護軍參領或驍騎校參領或侍衛派一員同往。其餘旗分馬匹稀少，可派官員前去，約計馬值，於戶部支領，往會同該王、貝勒、貝子、公，協理旗務台吉，塔布囊，不分佐領，再到有馬處就購買。所購馬匹，讓各旗酌派官兵，會同差往之員護送前來。康熙帝批準了這個計劃，並命令從喀爾喀車臣汗所屬旗分派官前去購馬2000匹。
此外，清廷開始調遣八旗兵和綠旗兵。振武將軍孫思克有1000滿洲兵、500漢軍火器營兵，另外增配1000西安滿洲兵、500漢軍火器營兵，共計3000名；再從寧夏、榆林二總兵官標下選派6000綠旗兵，令總兵官率領，同將軍博霽、副都統阿南達等於二月二十日前後自寧夏起程。康熙帝②又命令管漢軍火器營都統李正宗率3000綠旗兵居中，漢軍居兩旁，綠旗兵再增帶鹿角160架。
黑龍江將軍薩布素報告，黑龍江副都統喀圖瑚、拉自都願從軍效力。他得到康熙帝指示是，喀圖瑚著從軍，讓拉自鎮守地方。
總之，康熙帝為了對付噶爾丹是調動了全國各地各式兵種，湊足了十倍於噶爾丹的兵力，而且武器精良，糧草充足。僅西路軍配備的炮有：衝天炮3門、神威炮10門、景山製造子母炮24門、江南炮55門，又從新造炮48門裏選8門送去，總共100門。派每旗炮手1名快速增派給大將軍費揚古軍中。西路軍在昭莫多就是用這100門大炮來對付噶爾丹的。
根據康熙帝的命令，讓士兵攜帶80天的口糧，另外命左都禦史於成龍督運兩個月的糧食，增造車輛來裝運；從古北口2000兵當中抽1500人為挽夫，留500人鎮守，也各帶80天的口糧，隨運兩個月的米。又命天津總兵官嶽升龍，率直隸、山東馬兵300名，懷慶總兵官劉國興，率河南馬兵200名，護送中路糧車。中路兵丁，除帶80日糧外，諸王大臣侍衛官員，都要帶100天的糧。細心的康熙帝考慮到由於路途遙遠，路麵複雜，在運送過程中由於顛簸會虧損不少糧食，讓於成龍每石加一鬥運往。
為了運糧，康熙帝命於成龍，用內帑錢糧，督造中路運米車4000輛，又兩次增造1500輛，總共造了7000輛運糧車。於成龍在康熙三十五年四月發來的一份奏折中說，正在運送的正項糧有19000石，另外又多運了8000石，總共是27000石。
大家知道攻打漠北，沒有馬是不行的。清廷經過討論製訂了具體計劃：撥內廄馬1000匹；撥兵部馬500匹；八旗佐領所養馬當中，選出肥壯的撥1500匹，共3000匹。從八旗每佐領所留護軍100人當中，酌量派人同內廄養馬人將這些馬趕護過去。三月二十日出發，出張家口，約行二十多天可到達，當把馬趕到地方的時候，如果正好是要跟敵人打仗的時候，那會更好。等凱旋回師時，讓兵丁騎著回去，也是很有幫助的。趕護馬匹的護軍和內廄養馬人，也應當按照出征人標準，每人配四匹馬。這些馬匹讓副都統管上駟院事宗室阿喀納、二等侍衛鄂克濟哈等負責護送。
康熙帝還對馬匹分配作了具體安排：自京城每佐領下出兵7人，每人給馬4匹，4人給騾子1頭。八旗共留了640名，合綠旗兵、察哈爾兵、從京城趕馬的護軍200名，比原來數目還多；每旗所留80名兵丁所用的馬騾共340多匹。