清王朝通過兩次雅克薩之戰大敗俄軍，肅清所有在黑龍江流域的俄軍勢力，收複雅克薩，簽訂《尼布楚條約》，收複外興安嶺以南、額爾古納河以東土地，清朝東北部邊疆危機遂告結束。但接踵而至的是由於喀爾喀與額魯特蒙古之間的戰亂導致的清朝北部邊疆危機。清代的蒙古部分為漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古和漠西額魯特蒙古。漠南蒙古早在1636年已全部歸附清朝。
漠北蒙古雖然也納貢，但跟清朝始終保持著一定的距離，清朝政府也無法進行武力征服。而額魯特蒙古與清朝的關係更是疏遠，隻有和碩特部幾位首領經常納貢，其他部在早期跟清朝幾乎是隔絕的，清朝對額魯特各部的認識也是知之甚少。到17世紀末，清朝西北和北部邊將們紛紛發來奏文說，額魯特部有一叫噶爾丹的人，經常在邊境一帶活動。康熙帝當時跟吳三桂拚得你死我活，在其西北突然出現一股強大的勢力，康熙帝明白，這個噶爾丹早晚會成為自己的敵人，開始越來越緊張了。但是，康熙帝還不能觸犯他，不能四處樹敵，萬一得罪了這位西蒙古首領，康熙帝就會進入腹背受敵的不利境地。更為可怕的是，萬一這位噶爾丹吞並了喀爾喀蒙古，內蒙王公貴族也都倒向噶爾丹，那清王朝有再大的本事也無濟於事了，很可能就要重蹈金王朝的覆轍了。朝內也有人懷疑科爾沁懷有異心，薩布素也上奏對科爾沁表示懷疑。而且烏珠穆沁王爺已經倒向噶爾丹，暗中支持噶爾丹。
康熙三十一年（1692年）十一月，內大臣蘇爾達與科爾沁土謝圖親王沙津、達爾漢親王班第等，共同商量派阿喇善屬下，去勸阻噶爾丹。於是大家都懷疑科爾沁已經歸附了噶爾丹。將軍薩布素也聽信前郭爾羅斯吳爾圖納蘇圖台吉的話懷疑科爾沁。他給康熙帝上密奏，說科爾沁有異心。但康熙帝認為，科爾沁臣服已久，不會幹這種事的，表示不信。這時候，烏喇佐領必立克圖去額魯特館中，遇見噶爾丹派的使者，他說我是科爾沁台吉濟爾哈郎格隆，問必立克圖認不認識土謝圖汗？必立克圖說我是土謝圖王親信之人。濟爾哈郎格隆於是請必立克圖進入他廬帳喝酒，讓他在佛前發誓後，拿出一封信，叫他轉交給土謝圖汗，贈給必立克圖貂皮一張，猩猩氈一件。必立克圖覺得此事非同小可，於是秘密告發。康熙帝按下此事不動聲色，不久派內閣學士西拉召科爾沁土謝圖親王沙津來京。
十一月，科爾沁土謝圖親王沙津奉命來京。康熙帝對他講，以前烏蘭布通之戰時，內大臣蘇爾達和你等共同商議，派遣你屬下人鄂漆爾等去噶爾丹處，許多人都懷疑你等已附噶爾丹。將軍薩布素等亦曾密奏，以為你有異心。現在又有烏喇佐領必立克圖以噶爾丹帶給你的信秘密告發，我想你們科爾沁部自太祖太宗時歸附大清，世世職貢，相為姻親，已經多年，你必無暗通噶爾丹之事，我一點也不懷疑你。沙津回答說，我世受隆恩，斷無依附噶爾丹之理。我本來想引誘噶爾丹，曾遣鄂漆爾將此事密奏皇上。康熙帝也證實了這點。因此，薩布素附和別人懷疑沙津暗通噶爾丹並無道理。
康熙帝雖然口頭說不相信這些謠言，但從他以後的一係列行為來看，他時刻戒備著科爾沁部。可以講直到噶爾丹覆亡，康熙帝對科爾沁部的疑慮始終沒有消散。
處於策略考慮，這階段康熙帝跟噶爾丹是盡量不發生衝突，維持友好關係。於是，噶爾丹與清王朝之間進行著大規模的馬市。康熙帝一方麵由於跟吳三桂打仗急需戰馬，從噶爾丹那兒得到了補充。另一方麵，通過互利的互市關係爭取了寶貴的時間。同樣，噶爾丹也借此壯大了自己的力量。
清朝對噶爾丹的印象是通過巴圖爾厄爾和濟農的描述得到的。巴圖爾厄爾和濟農是和碩特部首領鄂齊爾圖車臣汗的孫子。當時的額魯特分為四部，即準噶爾、和碩特、土爾扈特和杜爾伯特。和碩特部大部分都遷居青藏高原，土爾扈特部西遷至歐洲的伏爾加河流域。留守衛拉特故土的隻有準噶爾和杜爾伯特以及少部分和碩特等。噶爾丹是額魯特準噶爾部首領，準噶爾部著名首領巴圖爾洪台吉之子，僧格洪台吉之弟。“洪台吉”為漢語“皇太子”之諧音，是首領的意思，相當於大汗。在強大的和碩特和土爾扈特部遷移後，在對俄羅斯、哈薩克的戰爭中，準噶爾部脫穎而出，成為了統領各部的領袖。通過巴圖爾洪台吉和僧格洪台吉時期的發展，準噶爾部奠定了一定的基礎。噶爾丹早年赴西藏學經，出家為僧。後準噶爾部首領僧格被其同父異母兄弟所殺害，噶爾丹從西藏聞訊趕來，在僧格夫人阿奴和叔叔楚虎爾烏巴什的支持下，平息了這場內亂，納嫂為妻，繼僧格為準噶爾部洪台吉。他還從達賴喇嘛那兒獲得了“博碩克圖汗”稱號，繼而吞並了其叔叔的部眾和其嶽父和碩特部部眾，統一了準噶爾各部。其叔叔和嶽父的子女帶著一部分殘餘部眾歸附清朝報告了噶爾丹的情況。噶爾丹在統一準噶爾部，建立準噶爾汗國後，於1679年率3萬人馬攻占哈密、吐魯番等地，又率12萬鐵騎橫掃南疆。緊接著1682年開始西征中亞，出征哈薩克、布魯特（吉爾吉斯），追擊諾蓋人直至費爾幹納到黑海沿岸，攻取一千一百餘城，成為西部蒙古強大汗國，也被康熙帝視為潛在威脅。
1689年，噶爾丹與喀爾喀部土謝圖汗發生衝突，噶爾丹率兵3萬越過杭愛山，進兵喀爾喀。土謝圖汗部和車臣汗部大敗，紛紛逃入漠南蒙古境內，請求清朝皇帝保護，喀爾喀局勢一片混亂。這時正值清朝派代表內大臣索額圖赴尼布楚與俄羅斯談判劃定邊界，薩布素率兵護送。俄羅斯兩敗於雅克薩，處於被動局麵。清朝又派數千軍隊進行示威。清朝鼓勵喀爾喀和布裏亞特蒙古打擊俄羅斯，這使得俄國在遠東處於極為不利的局麵。此時，噶爾丹的出現，摧毀了喀爾喀攻擊俄國的力量，孤立了清朝，讓清朝北部邊疆處於危機。清朝不得不盡快擺脫俄國人的糾纏，集中力量來應對噶爾丹。於是對俄國做出了一定的讓步，結束了與俄國的敵對關係，把注意力都集中到了噶爾丹一方。
康熙二十九年（1690年），噶爾丹從喀爾喀進入科爾沁草原、錫林郭勒草原，深入昭烏達盟烏蘭布通（今赤峰市克什克騰旗境內），離清朝京師隻有七百餘裏。京師朝野震驚，人心惶惶。康熙帝派福全率10萬大軍進行抵禦，與噶爾丹軍隊在烏蘭布通展開決戰。雙方損失慘重，清朝國舅佟國綱戰死。噶爾丹也為保存實力，用計撤軍。這次軍事活動雖然挫敗了噶爾丹的銳氣，但他還是在克魯倫河、塔米爾河一帶活動。當時的喀爾喀蒙古通過多倫諾爾會盟已完全歸附清朝，噶爾丹再進入喀爾喀就被認為是侵犯清朝勢力範圍。烏蘭布通之戰後，清政府對噶爾丹的行蹤非常重視，時刻注意著其動向，尤其是薩布素最為緊張，他率兵跟蹤，監視著噶爾丹的動態。
1695年正月，康熙帝去邊外巡遊，傳諭黑龍江將軍薩布素說，最近額魯特人在蠢蠢欲動，你要馬上回去，整頓軍隊進行準備，如果額魯特人進犯，就進行圍剿。盛京、烏喇和你率領的官兵，可以在合適的地帶會合，根據情況進軍，科爾沁兵也聽你指揮一起行動。薩布素接到命令後報告，臣遵照諭旨查找合適地帶，隻有索嶽爾濟山，最為重要，我想派官兵從盛京、烏喇、墨爾根三處到索嶽爾濟山，一一丈量，分別設置驛站，在沒有水的地方挖井。如果索嶽爾濟山東北呼倫貝爾有動靜，離我駐軍之地比較近，我會馬上進兵。烏喇、盛京兵可以趕在後麵。如果索嶽爾濟山西邊的烏爾會有動靜，那兒離盛京比較近，盛京兵進兵，烏喇和我的兵緊隨其後，最後在索嶽爾濟山會合共同進兵。康熙帝批準了他的建議。
索嶽爾濟山，即今寶格達山，位於喀爾喀蒙古、烏珠穆沁和科爾沁地方交界處，是由喀爾喀蒙古通向科爾沁草原的必經之路。康熙帝最怕噶爾丹通過索嶽爾濟山侵入科爾沁。因為科爾沁乃清朝支柱，是這次戰爭重點保護對象。更重要的是，他擔心科爾沁諸旗會跟隨噶爾丹一起反抗，因為已經有這種跡象。但按照當時形勢判斷，實際上噶爾丹越過索嶽爾濟山進入科爾沁草原的可能性不大。即便如此，康熙帝仍派重兵把守索嶽爾濟山，薩布素為此也設立了龐大的東方防線。1696年，康熙帝親征噶爾丹。事實上康熙帝和薩布素精心設立的防線沒有發揮多少作用，因為噶爾丹並沒有選擇進軍科爾沁，隻是康熙帝對科爾沁部不放心，薩布素的提議正附和了康熙帝的猜疑。此時的薩布素立功心切，不顧準備不足，一再主動請戰。等康熙帝與噶爾丹的戰事結束後，在視察黑龍江防禦時，細心的康熙帝發現了問題。
他對領侍衛內大臣公福善、索額圖、馬思哈、大學士伊桑阿等人講，黑龍江兵效力心切，所以薩布素自稱“馬壯”。我如今視察黑龍江城，見黑龍江軍中馬匹瘦弱，如果要是乘用這些馬，恐怕回來時必定會疲憊至死。黑龍江方麵如果有行走之事，我另外給他們準備馬匹。把他們的馬匹放到察罕托海地方牧放，派人送往歸化城，等到事情完畢，各自乘用自己的馬回到本處，可以容易到達。
不久，可怕的噶爾丹又開始活動了。康熙帝從噶爾丹使者梅塞桑口中得知噶爾丹準備從塔米爾河往東活動，劫掠根頓戴青，並且順著克魯倫河南下，進兵車臣汗部和科爾沁部西邊。
康熙帝一邊命令薩布素在東線嚴加防衛，設立哨所加以偵察，一邊派遣尚書班迪前往歸化城費揚古軍營中，通知根頓戴青遷到南部遊牧，在遠處設巡哨來打探噶爾丹的消息。另外還派使者賴楞堪卜達爾漢溫卜送信，指責噶爾丹違背達賴喇嘛和第巴教誨，擅自向東活動。不久，費揚古報告說，所派去的哨探賽冷特爾到塔米爾河，濟拉馬台山遇到二十多個額魯特人，發生小衝突，互相射擊了一陣回來了。噶爾丹確實像梅塞桑所說的那樣已經到塔米爾河地區。
敵情讓康熙帝緊張起來。他立即調撥盛京兵2000人、寧古塔兵1000人作為預備隊以防緊急情況。對於黑龍江兵防，他認為可以讓薩布素根據情況來調配。他知道盛京兵缺乏糧食，於是指示說，如果要打仗，就從盛京庫藏糧食裏按日發放。京城兵也都備好裝備，準備出發。如果噶爾丹不來，隻是在圖拉河左岸一帶不出來，那麼就發大兵在冬天進剿，或者喂肥馬匹，等到來年春天征討。清政府通過商量後認為，軍隊沒必要到圖拉河，可以等著噶爾丹過來便一舉殲滅。如果噶爾丹不過來，隻是躲在圖拉河一帶不出來，應當先了解到具體情況後再做決定。