康熙帝下旨免薩布素死刑，革去黑龍江將軍職務及一等輕車都尉世職，命令他在佐領上行走。也許康熙帝認為處分過於嚴厲，不久又授予薩布素散秩大臣。另有史料記述，8個月後，麵對家仆新的控告，薩布素不僅佐領職務被免，而且被判刑罰，隻是在康熙帝幹預下，薩布素交了罰金才免於鞭責。這個事件使得薩布素從一品封疆大吏遽降為一名小卒，徹底扭轉了薩布素的命運，晚年的薩布素遭到沉重打擊。
平心而論，黑龍江將軍轄境內相當長的時期內沒有民人，將軍綜理轄境內各項事務，集軍政、旗務和財權於一身。薩布素的親屬中有任副都統、協領、佐領、驍騎校、防禦，客觀上已經成為一股強大的地方勢力，他有袒護姻親蔡毓榮嫌疑，麵臨買賣滿洲披甲、捏報兵丁數目、浮支俸祿餉銀等多項指控，而內親外戚及家奴依仗薩布素的權勢，又多次違反清朝律例，這些對於平定三藩加意鞏固皇權的康熙帝來講，確實難以容忍。
薩布素的個性也讓康熙帝心存芥蒂。早在雅克薩抗俄期間，薩布素在行軍布陣、指揮作戰上曾經違抗康熙帝命令，沒有執行康熙帝讓他派兵搶割雅克薩城羅刹所種糧穀的命令。薩布素執意要待來年四月增兵一舉攻破雅克薩，薩布素因此被罰俸兩年。為了充實黑龍江駐防，清政府分別從寧古塔和吉林調派官兵。這些官兵不願背井離鄉到高寒艱苦的黑龍江生活，他們為此不惜破壞農具，殺死耕牛，以種子做口糧，企圖以這種方式達到撤離黑龍江的目的。康熙帝認為薩布素對官兵的這種舉動視若罔聞，大加責備；薩布素立有戰功，擔任黑龍江將軍長達18年之久，邊疆首輔大臣專擅一方顯然大觸專製皇權忌諱。對於著力強化皇權的康熙帝而言，任何地方大吏的專斷獨行都是不能容忍的事。在麵臨三藩之亂、抗擊沙俄等戰事時，他可以隱忍不發，利用各類人才為其平亂度危機，一旦政權鞏固，統治穩定，他便致力於消除隱患，鞏固皇權。從這個意義上理解，他能夠在賜世職褒獎薩布素不久，又將薩布素貶為平民，我予我取，確實反映他駕馭臣下手段嫻熟。有清一代，自薩布素之後，曆任黑龍江將軍任期都大為縮短，任期最長也不過8年。這折射出當年康熙帝處置薩布素的曆史影響。
按理讓薩布素體麵退休，或者調離另用，未嚐不是達到目的的辦法。
畢竟他曾是康熙帝嘉獎為“為國效力，訓練士卒，平定羅刹，勤勞可嘉”的呀。但是實際上在康熙帝看來，薩布素隻不過是“出身微賤”的“宵小獵戶”，在康熙帝眼裏他“器局卑瑣”“出身微賤”，比不得那些貴胄世家，因此處置他不僅沒什麼顧慮，而且還有立威、警示效應。
從長白山帶路尋祭滿洲先祖嶄露頭角，到抗擊沙俄保衛疆土，建立阻擊噶爾丹的強大防線，作為首任黑龍江將軍，薩布素三建黑龍江城，分建各個駐防城，奠定了清王朝在黑龍江地區的戍守基礎。他領導的黑龍江地區邊防，在其任內有效遏製了沙俄的侵蝕。他還創辦了黑龍江地區第一所官學。正當薩布素走向他事業的頂峰時，康熙帝將他革職，終結了他的仕途生涯，同時也為他的人生增添了幾分悲劇色彩。