但在核實欠缺官莊丁婦數目時，黑龍江城、博爾多城、茂興、墨爾根等驛站的官員們均稱，蔡毓榮並不欠缺丁婦，他們不知道滿丕所查到的欠缺丁婦數目從何而來。從檔案記載來看，薩布素並沒有故意隱瞞蔡毓榮欠缺官莊人丁的事實。蔡毓榮返回京城時，兵部與黑龍江將軍對官莊人丁進行了核對，所缺人丁令蔡毓榮補買。所以並不存在薩布素故意隱瞞蔡毓榮欠缺官莊人丁之事。然而清政府並未理會黑龍江地方官員的陳述，依然按照滿丕列舉的證據查辦此案。薩布素三子常德將薩布素所占用的錫伯人2間官屯房和30坰田地交公後，又將薩布素擁有的10間住房、13間門麵房全部變賣銀兩，用來補買丁口，補足官莊人丁缺額。同時，在寧古塔、吉林烏拉等地生活的薩布素親族所擁有的家奴均被抵作官莊人丁。
康熙三十九年（1700年）十一月十八日，康熙帝交代鎮國公浦吉和領侍衛內大臣鄂倫泰，讓寧古塔將軍沙納海前往齊齊哈爾城，接替薩布素。薩布素被移送京城候審。十二月初九日，薩布素季子、寧古塔鑲黃旗佐領常德及妻子由吉林烏拉起程，被押往齊齊哈爾城，限期查清蔡毓榮虧欠官莊糧石和丁婦數目。
康熙四十年（1701年）正月，麵對質問、指控，薩布素不得不交代自己的問題。據他供稱，蔡毓榮開設官莊一事，原來讓他經營3年。在蔡毓榮經營的3年中，官莊丁婦、額糧都是足額，所以我就接收了他所經營的官莊。關於墨爾根、茂興等19站欠缺229丁之事，蔡毓榮12莊3年限滿，又經過4年，已經無力再經營，所以我就將12莊額設120丁、120婦撥歸驛站，這是實情。但是蔡毓榮補送61婦之事，我不曾知，所以隨即也辦理了歸屬驛站。至於任用溫托渾站原筆帖式雅必那子阿朗阿一事，主要是根據阿朗阿訴呈，稱我甚貧，我父房田均歸溫托渾站所有，請允我補放溫托渾站筆帖式。我一時失慮，即擅自批準阿朗阿補放筆帖式。還有，我等旗官由吉林烏拉攜帶家口，按例領發糧米。因為當時黑龍江城、墨爾根、博爾多倉儲糧米充裕，所以欽派前來督種大臣官員提請停止督種。兵丁移駐齊齊哈爾之後，一連兩年糧穀無收。後來又遭遇亢旱，糧倉入不敷出，倉穀耗盡。此等情形均因我庸懦不濟、無能所致。冒領糧食之事，涉及烏拉等地攜帶家口前來之三千餘人返回烏拉之時，曾請示領糧穀，我已經具題，沒有什麼再供述的了。控告所缺人口事，那是因為諸協領未曾冊報，我是按彼等具結報送數目具奏的。另據索倫總管瑪布岱谘稱,他們那裏耕地亢旱，要將旱情上報戶部。於是我在八月奏請發放糧穀時，將瑪布岱所屬索倫、達呼爾糧穀實已不足生計、谘請核算具結發放糧穀一事上報了。瑪布岱將彼等無力度災、應領2880人糧穀彙數報送後，我也是按瑪布岱所報具奏的。至於罪囚之妾係富珠所買，我家下奴仆吉姆保自富珠處買來為妻，我並沒有脅迫，我聽說給付73兩銀子。高任路與庫三偷盜蔡毓榮家金手鐲、簪子等物，兩人折價變賣銀兩平分，我下令由高任路賠付蔡毓榮之妻。再雅必那告將其子阿朗阿補為筆帖式。阿朗阿辦理每站領取喂養馬匹、置買口米、使用驛站車馬等事均無誤。薩布素對控告內容作了辯解，對其中不實之處予以否認。
經審查，薩布素交代。康熙四十年正月二十七日，兵部將議決意見上報，提到薩布素昔為宵小獵戶，蒙聖主擢用，補放黑龍江將軍，極致尊貴，恩賞優厚，理應誠意勤慎盡職，報答聖主優任之恩。他職掌官兵管轄，但是官兵全未操練；兵丁家口返回幾千，薩布素未曾明白具題，以致浮報人口幾千，冒領糧穀；蔡毓榮經營官莊全然廢棄，薩布素仍然接收經營，三十一莊內均缺丁婦；另外蔡毓榮未經營之莊交驛站辦理，也謊報了丁婦數目；薩布素身為將軍，其家下奴仆吉姆保脅迫罪囚賣妾；將因疲勞驛站治罪原任筆帖式雅必那之子阿朗阿頂補雅必那筆帖式遺缺等。凡此種種，兵部認為薩布素既為邊疆首輔大臣，處處任意作亂，謊奏聖主，致幹法紀。應將薩布素將軍、輕車都尉等職務革除。根據清朝法律，文武職三品以上官員死罪、絞立決、斬立決不用再議，直接請皇上聖斷。