根據《清實錄》記載，薩布素晚年身體不佳，加上仕途驟變，最後抑鬱而終。康熙三十五年（1696年）九月，康熙帝以黑龍江將軍薩布素患病為由，下令讓他留在歸化城調治身體，靜心養病，不久又讓兵部選賢能官一員代黑龍江將軍薩布素管理兵丁，讓薩布素來京城養病。
薩布素報璦琿新城竣工的奏折
（黑龍江省檔案館提供）
此時康熙帝對薩布素關懷備至，恩寵有加。當薩布素與寧古塔將軍沙納海等來到京城朝覲時，康熙帝為了犒勞戍守邊關的將領，賞賜了他們白金彩緞等物，這在滿朝文武大臣麵前何等榮耀啊。隨後，康熙帝給大學士下旨稱，黑龍江將軍薩布素受命以來為國效力，訓練士卒，平定俄羅斯襲攏，勤勞可嘉，著給一等阿達哈哈番，令其世襲，又下令親禦蟒袍纓帽賞賜薩布素、喀特胡、沙納海，讓大學士在眾人麵前宣諭，使之光宗耀祖。此時康熙帝對薩布素眷顧到了極點。不知當時薩布素是否意識到物極必反。第二年，女婿關保因濫用驛站車馬遭到彈劾被治罪（前已述），這個信號似乎還沒有讓薩布素做好盛極必衰的防範準備。
關保案後，康熙帝下令整頓。他對兵部講，地方官員經常以私事擅用墨爾根等處驛站馬匹車輛，這種事情已經屢次發覺，讓黑龍江將軍薩布素嚴令禁止。言語間已經對薩布素管理不善多有不滿。
康熙三十九年（1700年）二月，議政大臣等已經提到黑龍江將軍薩布素捏報兵丁數目、浮支倉穀，建議將其革職。
同年五月，薩布素向康熙帝請示，黑龍江屯堡因災荒積欠米石，都請豐收年份陸續交倉。這份請示觸動康熙帝神經。康熙帝下旨對他說，以前因羅刹侵擾內地，所以駐兵黑龍江地區，設立關堡，遣員屯糧。原打算多積米石，厚備軍儲，所以命令革任總督蔡毓榮經理十二堡。你薩布素曾報告蔡毓榮經理屯墾皆有成效。以後因蔡毓榮經理十二堡荒棄無收，又請求停止屯種，將壯丁改歸驛站，其餘關堡欠官糧日多，從前貯存的倉米幾經發放所剩不多，致使駐防軍隊兵餉匱乏，對此你薩布素難辭其咎。康熙帝命令薩布素明白回奏。薩布素回奏加以辯解說，官屯耕種雖未失時，但這裏地氣早寒，秋霜損稼，又經過幾次水災旱災，屯丁不能交納官糧，駐防兵丁糊口無資，所以用舊存倉米按丁支放，這都是我庸劣不能遠謀所致。至於以前上奏蔡毓榮所管十二屯堡停止耕種，罪實難辭，請以齊齊哈爾、墨爾根駐防兵每年輪派五百人遣往錫伯等處耕種，官田都令未及霜降前收獲，夏秋間以船貯穀，運至齊齊哈爾倉收存；耕種兵丁所買耕牛、農械、種子要事先準備，在預存俸餉內支用，等次年收獲時歸還，這樣糧儲充裕，兵餉也有著落。解決問題的方案似乎還算亡羊補牢。但是他不知道，康熙帝已經不想讓他繼續擔任黑龍江將軍一職，因此，這些失誤正是康熙帝需要的素材，何況上麵提到的蔡毓榮又是薩布素的兒女親家（蔡女嫁薩布素三子），薩布素謊報蔡毓榮經營官莊卓有成效之事也被發覺，他不會讓薩布素輕易過關。對薩布素革職一事，吳雪娟利用滿漢文資料撰寫的《薩布素革職案始末》有較詳細的記述。
康熙帝下令戶部審議。戶部同意薩布素提出的錫伯諸處屯種方案，建議施行。但認為以前薩布素以蔡毓榮荒廢之地妄報成效，實屬徇私，又以貯存糧食亂發，應令薩布素賠償短缺穀物1230餘石歸還官倉，並請嚴加治罪。
康熙帝命理藩院侍郎滿丕等前往黑龍江查審。第二年正月，滿丕等報告稱，薩布素將蔡毓榮官莊移交各城和驛站時，徇私捏報屯種，浮支倉穀。罪名屬實，按法律應斬。