帕拉采爾斯和他的弟子們通過對礦物藥劑的製備和性質、療效的研究，探討了許多無機物的分離、提純手段，進行了一些無機合成的實驗，總結了它們的性質，做了分類。他們在這些研究中逐步清除了很多煉金術的神秘色彩，豐富了人們的化學知識，帶動了很多醫生研究化學。他本人就區分過白礬和膽礬，研究過二氧化硫的漂白作用，描述過鐵和硫酸作用而產生某種氣體，通過冷凍法濃縮過葡萄酒。帕拉采爾蘇斯從根本上改變了醫學和化學的發展道路。
在帕拉采爾蘇斯之後，對化學發展有重要貢獻的醫藥化學家是海爾蒙特。
海爾蒙特，1580年1月12日出生於比利時布魯塞爾，1644年去世。學生時代曾攻讀美術和醫學，1609年取得勒芬大學醫學博士。最後致力於研究化學，他一生中大部分時間用於化學試驗。
他是煉金術向近代化學過渡時期的代表性人物，認為元素可以轉換。他通過萜類定量分析試驗證明，金屬溶於酸中並不消失，而且可以複原。他首先把“氣體”一詞(根據希臘文Challs)引用到化學中；他還鑒定出二氧化碳，並區分蒸氣和氣體。他認為，物質的最基本元素是水，其次是空氣，並做過一個化學史上有名的“柳樹實驗”：在盛有200磅幹土的瓦罐中，栽上一棵5磅重的柳樹苗，罩上瓦罐後隻用水灌溉，5年後樹和落葉總重169磅3盎斯，幹土隻少了2盎斯。他誤認為柳樹增加的重量隻能來源於水，不知空氣中二氧化碳所起的作用。他認為，胃和肝以及身體其他各部分都有特殊的酵素，它們引起消化和其他生理變化。他的酵素概念同近代的酶學說相類似。他的主要著作有《論石》等。
在這時期，還有一個人對化學發展起過重要作用，不過與帕拉采爾蘇斯、海爾蒙特不同，他的主要研究在礦物化學領域。這個人就是德國礦物學家阿格裏科拉。
阿格裏科拉1494年出生於德國格勞豪，1555年卒於開姆尼茨(今卡爾·馬克思城)。他曾在意大利學習醫學和化學，獲得醫學博士。後來他的興趣轉向礦物學，試圖通過研究礦工們的職業病把礦物學與醫學聯係起來。
阿格裏科拉詳細地考察了采礦、冶金及與此有關的化學問題。先後寫下了許多著作，其中最著名的有《礦石的性質》和《坤輿格致》。前者發表於1546年，全書共10卷，論述了各種礦物的特征、性質、分類、冶煉技術和礦冶設備等。後者在他死後的第二年出版，全書12卷，是一部係統的礦物學和早期的應用化學巨著。書中對礦產地質、探礦、采礦、選礦、冶煉、分離金屬的方法等作了係統的論述；在第9—12卷中集中了豐富的化學知識，其中對金、銀、銅、鐵、錫、鉛、汞、銻、鉍等金屬的製備、提純和分離過程作了精彩的描述。全書體裁新穎，內容充實，用語簡潔生動，並附有精美插圖，成為當時礦冶技術家必備的手冊，也是16世紀化學文獻的代表作之一。
醫藥和礦物化學家們雖然在化學上取得了很大的成就，但主要以實用為主，並沒有在理論上取得突破。理論上的重大突破是由英國化學家波義耳在17世紀後期作出的。