三、衛藏地方勢力與清明的早期聯係
滿族崛起於我國東北地區，在17世紀初葉建立後金王朝前，滿族社會比較普遍的宗教信仰是薩滿教。藏傳佛教與滿族統治階級的最早聯係，始於清太祖努爾哈齊時，當時有藏僧幹祿打兒罕囊素"不憚跋涉，東曆蒙古諸部，闡揚聖教"。在他圓寂（1621）後，努爾哈齊還下令為他建立佛塔。
清太宗皇太極即位後，為了表示對藏傳佛教的崇信，於1639年（崇德四年）十月，派遣以察漢喇嘛為首的人員去衛藏，帶信給當時掌管地方政權的"圖白忒汗"（即第悉藏巴）和"掌佛法大喇嘛"，"延致高僧"去滿洲傳教，以期"振興三寶"，"利益眾生"。察漢喇嘛一行抵達衛藏時，正值固始汗用兵康衛藏等地的戰爭時期，上述信件究竟送達與否，史籍未見記載。
當1636年（崇德元年）固始汗輕裝簡從抵拉薩與黃教領袖人物達賴五世、班禪四世會見時，推測雙方商定了共同派人去盛京（今遼寧省沈陽市）與尚未進關的清朝建立聯係。
1642年（崇德七年）以伊拉古克三為首的衛藏地方派出人員，攜帶著達賴五世、第悉藏巴、噶瑪噶舉派紅帽係喇嘛噶瑪巴等人的信件抵達盛京。顯然，衛藏地方的統治階級此時全然置明朝皇帝於不顧，他們已經敏感地覺察到清朝即將取代明朝而入主中原的前景，並且積極地爭取清朝皇帝的支持。
清太宗對衛藏派出人員的到達十分重視，親率諸王、貝勒、大臣出城迎接，並向上天行三跪九叩之禮；在接受朝拜和收取衛藏各方人士來信時，清太宗起迎立受，態度至為恭謹。伊拉古克三一行在盛京停留了8個月，清太宗對他們"五日一宴"，多所饋贈。清太宗在給衛藏各方人士的信件中，措詞謹慎，不偏袒任何一方，不介入各教派之間的爭端，表明了這位清朝皇帝"既明智又清醒"。他在給第悉藏巴·丹迥旺布的信中，隻作了一般問候，當時第悉藏巴已被固始汗擒殺的訊息尚未傳到清朝。伊拉古克三一行返藏時，清太宗又破格親自送行。
清太宗專程派人去衛藏迎請高僧，對衛藏朝清人員的破格接待絕非偶然。當時清朝正準備進關滅明，清太宗深知藏傳佛教在蒙藏社會中的重要地位和作用，為確保進關後廣大蒙古族地區形勢穩定，對藏傳佛教的特殊優容政策，確屬出自至關重要的、全局性的考慮。
四、清朝通過和碩特部統治藏族地區
清朝於1644年（順治元年）定都北京時，西藏以及全國藏族地區已盡在蒙古和碩特部的控製之下。由於和碩特部領袖固始汗早在1637年（崇德二年）即已歸附清朝，因此，進關後的第一個清朝皇帝世祖福臨（順治帝），已經實際上通過和碩特部實現了對全國藏族地區的間接統治。
此時，以達賴五世為首的黃教寺院勢力，由於勁敵已被固始汗次第殲除，固始汗又以崇信黃教自詡，對達賴五世優禮相加，"並特別把全部西藏十三萬戶獻上"。實則元朝所封烏思藏十三萬戶，曆元明兩代，多數已蕩然無存，據藏文史籍所記，固始汗將西藏十三萬戶獻給達賴五世，隻能是象征意義的。固始汗的尊崇達賴五世，是為了鞏固他已經在藏族地區所取得的統治地位。盡管黃教此時在藏族社會已占居優勢，但是，固始汗在消滅第悉藏巴地方政權後，並未離開西藏，更沒有把對西藏的統治權力交給黃教寺院勢力，可見他接受黃教寺院勢力的請求，千裏馳援，也絕非出自單純的宗教信仰的原因。
固始汗雖然信奉黃教，但他又是一個蒙古族軍事力量的領袖。他略定西藏後，立即在拉薩建立了以他為首的地方政權，統轄範圍不僅包括西藏，東部的康區，東北部的青海地區也都囊括在固始汗的統治之下，固始汗此時已成為統治全國藏族地區的一個蒙古族汗王。他本人坐鎮西藏，10個兒子除個別人外，都率部駐牧青海，他將康區的賦稅收入用以供給在青海的部眾。這是經過精心安排的措施。固始汗在西藏建政，直接控製著藏傳佛教的發祥地，對蒙古族社會有著特別深遠的意義。青海地區水草豐茂，足以保證和碩特部眾生活無虞；而且部眾據青海，可以阻止來自北方的其它蒙古族軍事力量的南下，從而保障和碩特部在西藏建立的政權。再以康區賦稅補充和碩特部眾的需用，既可以保證青海部眾的生活安定，又能夠鞏固自己在西藏的統治，對清朝的世祖，固始汗則是恪守臣禮，不時遣專人進京請安，表貢方物，積極爭取清朝對他的支持。而在清初，全國統一不久，內地動亂尚未完全平定，世祖隻有承認既成事實，利用和碩特部的固始汗，對西藏實行較為間接的統治。
五、班禪活佛係統的建立
固始汗扶持黃教寺院勢力在藏族社會獲得優勢地位，對黃教寺院勢力的領袖人物達賴五世的權力過於集中，又有些顧慮和擔心，於是在固始汗的安排下，黃教又出現了另一大活佛係統，即班禪活佛係統。