前已述及，日喀則紮什倫布寺的寺主班禪·羅桑卻吉堅讚（1570-1662）是17世紀前半期黃教寺院勢力的一位決策性人物。達賴五世的認定、坐床以及達賴五世年幼時黃教寺院勢力對內對外許多重大事宜，都是由他主持的。固始汗在1642年統治西藏以後，就尊奉班禪·羅桑卻吉堅讚為師，至1645年（順治二年）固始汗授予羅桑卻吉堅讚以"班禪博克多"的尊號。。從此，"班禪"成為一個專用尊號，不再是對佛學知識淵博的僧人的尊稱。1662年（康熙元年）羅桑卻吉堅讚圓寂後，開始了班禪活佛係統的轉世。羅桑卻吉堅讚被認定為班禪四世，班禪一世、宗喀巴的弟子克主傑（1385-1438），班禪二世索南喬郎（1439-1504），班禪三世恩薩巴·羅桑頓主（1505-1566）均是迫認的。羅桑卻吉堅讚的轉世"靈童"是羅桑意希，即班禪五世。
自達賴三世·索南嘉措起，黃教一直以達賴喇嘛為領袖。盡管達賴五世年幼時，由黃教中德高望重的羅桑卻吉堅讚決策重大事宜，但達賴五世仍是作為黃教的唯一領袖出麵並得到公認的。固始汗在統治全國藏族地區後不久，卻又贈給羅桑卻吉堅讚一個尊號，從而在黃教中又建立另一個班禪活佛轉世係統，顯然是借此來分一部分達賴喇嘛係統的權勢，使達賴和班禪兩個活佛係統之間互相牽製，以便於維護和碩特部在藏族地區的統治。然而固始汗一係列的統治措施，包括建立班禪活佛轉世係統，並沒有能夠達到使其子孫世代統治藏族地區的目的，曆史的發展必然要衝破統治階級一廂情願的安排，蒙古和碩特部在西藏建立的政權，僅僅延續了75年，到1717年（康熙五十六年）徹底崩潰。
固始汗授給羅桑卻吉堅讚尊號，從而建立起班禪活佛轉世係統，對後期曆史影響深遠。1713年（康熙五十二年）清朝正式冊封班禪五世·羅桑意希為"班禪額爾德尼"，在一定程度上繼承了固始汗的政策，是按照"封達賴喇嘛（1653）之例，給以印冊"的，即將班禪提高到足以與達賴喇嘛分庭抗禮的地位。
六、達賴五世強化封建農奴製度
固始汗對西藏的統治亦有明顯的失策，他隻留意於政治和軍事二端，卻將西藏全區的經濟權拱手奉獻給達賴五世。事實證明，沒有經濟實力的政治，恰如無源之水，無本之木，隻能維持於一時。以達賴五世為首的黃教寺院勢力，本來已有相當強大的經濟實力，加之固始汗又給以更多的經濟權益，為虎添翼，以致尾大不掉，和碩特部政權對黃教寺院勢力的發展無法控製，這是和碩特部未能在西藏維持較長時期統治的根本原因。
以達賴五世為首的黃教寺院勢力，不僅從固始汗手中取得西藏地區的賦稅支配權，而且還取得封賜土地的權力。當時土地的封賜對象是有功於黃教或臣服於黃教的貴族，這些貴族將分封到的土地作為世襲莊園；還有為數眾多的黃教寺院，也分封到土地以作寺屬莊園。固始汗除授權達賴五世封賜下屬貴族、寺院，頒發封地文書外，他自己簽署的封地文書亦時有所見，但遠不如達賴五世的為數之多。
此時，西藏原有的封建農奴製度走向日趨強化的道路。達賴五世既已享有對貴族、寺院封賜土地的權力，隨後即對僧俗領主的下屬農奴作了空前嚴格的人身依附關係的限製。從1644年（藏曆陽木猴年）達賴五世給貴族拉日孜巴的農奴所下的命令，反映了當時農奴的災難處境："拉日孜的百姓聽令：你們不服拉日孜巴的管束，打算另投新的領主，這純屬反叛思想，為法律所不容。如果你們膽敢貪圖自由、逸樂，我特授予拉日孜巴對你們施行打、砍、殺的權力。"
西藏的封建農奴製度普遍確立後的300多年間，即自13世紀初葉至16世紀中葉，藏族的封建經濟和文化都得到了長足的發展。13世紀末葉元帝師意希仁欽（《元史》作亦攝思連真，1286-1291年任元世祖忽必烈帝師）等人頒發給烏思藏各級官員和僧俗人眾的文告表明，當時封建農奴製度的生產關係和生產力基本上是相適應的。文告隻是勸誡農奴不要逃亡另投新主，而且對領主和農奴雙方都提出了要求：農奴要按時依例向領主執役應差，領主也不準在規定的範圍之外濫施權力，並要對所屬農奴妥為保護。以文告的內容對比達賴五世所下的命令，可知到17世紀中葉時，西藏的封建農奴製度，已經形成對生產力發展的嚴重障礙，農奴被嚴格地束縛在農奴主的莊園上，農奴主對農奴為所欲為，直至處死。顯然，達賴五世的強化封建農奴製度，是以經濟和政治權力的高度集中為前提的。
在宗教方麵，達賴五世攘奪了原來藏傳佛教中被明朝封為"大寶法王"的噶瑪噶舉派黑帽係十世活佛·卻英多吉（1604-1674）的權勢。先是黑帽十世在固始汗滅第悉藏巴地方政權後，被迫承認了達賴五世在藏傳佛教中的權威地位，但是，由於隨後出現了反抗固始汗和黃教寺院勢力的鬥爭，黑帽十世難於脫卸幕後指使之嫌而遭逮捕，後來他逃離西藏，去雲南麗江投奔噶瑪噶舉派施主木土司家。達賴五世受清朝正式冊封（1653）後，約於1663年（康熙二年）黑帽十世自麗江返回西藏，雖未被達賴五世追究，權勢已喪失殆盡。