3.新的外交生涯
錢恂到日本後，因與張之洞意見相左增多，再加庚子張之洞鎮壓自立軍過後，錢恂對張更加失望，屢向張之洞請辭差。張於1901年改任其為湖北籌辦處及交涉事務委員，要求其每“半年回鄂一次”。這一時期，錢經常往返於日本與上海之間，“庚子、辛醜、壬寅間，無歲不行，或一航，或再航”。到1903年，錢恂在張之洞幕下的生涯告一段落。這一年，吳興同鄉胡惟德使俄，奏調錢恂為參讚，錢恂也正有意脫離張之洞的圈子。於是這一年，他攜妻子單士厘經朝鮮、中國東北、西伯利亞再入俄都任參讚，此即單士厘的《癸卯旅行記》所記之旅行。但錢恂到俄後似乎頗無用武之地，“人事天時皆是悶損，決意言歸”。
1904年日俄戰起，年底，錢恂回國，期間又在日本停留較長時間。1905年，五大臣出國考察，經李盛鐸推薦，錢恂以參讚身份隨行。在五大臣初次奏調的隨員名單中並沒有錢恂，首次出行遭吳樾炸彈刺殺後，李盛鐸被補為五大臣之一，在二次奏調的人員中，就有錢恂和他的好朋友夏曾佑。同年，錢恂的舊年好友陸征祥奏調其到駐荷使館任參讚。外交部和學部並派錢恂視察南洋僑務和學務。錢恂“曆訪群島，為立總商會三處，並設華僑學堂多處。”而暨南大學的創設也由錢恂啟其端緒，錢在由爪哇致兩江總督端方的電報中，稱南洋不少華僑學生“誌切歸國讀書”。端方向朝廷奏準“南洋各島及檀香山、舊金山等處僑民如願送子弟來寧，令其就學”。1907年3月，首批僑生抵達南京，辟鼓樓薛家巷妙相庵為校舍，定名為“暨南學堂”，是為中國僑務學堂之始。而錢恂的此次差務，因考察的南洋大部為荷蘭殖民地，也為他出任出使荷蘭大臣打下基礎。
錢恂一生仕途的頂峰是擔任出使荷蘭和意大利的大臣。錢恂能任此職也和他此前及家族積累起來的人際網絡有關聯。錢恂在家乘中說，“以一分省知府超授二品實官，恂殊遇”。而之所以能得殊遇是和此時朝中政局和人事變動有關係。錢恂出使在光緒二十三年（1907），此年在晚清政治史中的一件大事，就是丁未政潮。陳寅恪曾說，“至光緒迄清之亡，京官以瞿鴻禨、張之洞等，外官以陶模、岑春煊等為清流；京官以慶親王奕匡、袁世凱、徐世昌等，外官以周馥、楊士驤等為濁流”。雖說清濁之分未必能完全概括這兩股朝野勢力之分野，但此為丁未政潮之前，朝野的一大格局則當無疑問。如果不考慮兩股勢力及其中人物思想上的複雜性和差異性，僅就人物係譜關係上來講，錢恂無疑是瞿、張一方麵的。丁未政潮中所謂清流一派以瞿鴻禨為首領，而瞿正是錢恂父親錢振常的同年。
另外，錢恂的密友汪康年又是瞿的得意門生，丁未年中汪康年正奉乃師之命在北京創立《京報》，對奕匡和袁世凱集團大張撻伐。此年岑春煊進京後，清流一派一方麵利用言路，以“楊翠喜案”和納賄問題對奕匡、載振父子發動攻擊，另一方麵，也大力拔引自己的人係，而這批新進人物大致和戊戌年的維新人士多有瓜葛，以正在形成中立憲運動的江浙立憲派為班底。錢恂正是以此機緣而得“殊遇”的。
清廷在這一年（1907）的“三月丙申，命陸征祥充保和會專使大臣，李經方充出使英國大臣，錢恂充出使荷國大臣。”《朝野新譚》中的記述，認為錢恂得此職緣於陸征祥的推薦。“尋荷使陸征祥升任海牙平和會專使，即以本缺讓錢，就商於胡惟德。胡即飛章入告，報可。錢恂遂以二等參讚充荷蘭公使，皆陸推挽之力也。”陸宗祥肯定在老友的任職上出過不少力，但也確係和當時的朝野權力變化有更密切的關係。有趣的是，在其晚年撰的家乘中，不知是錢恂有意曲筆掩蓋自己的派係身份還是真的刊刻有誤，錢將自己出使的時間寫為光緒三十四年（1908）三月。倒是他在家乘中同一段的另一句話道出了他出使的背景，“旨下之日慶王奕匡正請假也”，並在多處表現出對奕匡的不滿，如果敵人是奕匡，朋友自是清流了。
錢稻孫也寫及父親免官事時說：“以不賄不阿見嫉權貴，乞骸歸裏。”對於權貴是誰，稻孫特意在後麵用小字注出“慶親王奕匡”。周作人後來寫的一段逸事，也很可以從另一個側麵對錢恂的此段經曆有所參照。周作人說當年京城中曾流行將蛋花湯，即木犀湯，稱作“總理衙門”，“清末總理衙門的官是辦外交事務的，本來要算是‘時務’，可是實仍是昏憒糊塗的多，在少數老新黨看來還是很可氣的，所以加上這個徽號，又複燈謎似的送給了無辜的木犀湯了。