本來錢玄同的偏激言論，是外部刺激和內在焦慮刺激之下所形成的極端態度所致，偏激言論過後，“絢爛之極歸於平淡”也是正常的。不過，錢玄同思想的這種變動適和《新青年》團體的分裂相隨，應當說，錢玄同的思想轉變既有自身的內在邏輯，也和《新青年》團體分裂有一定的關聯。正是在這個過程中，錢玄同逐漸形成了新的思想立場。1919年以後，《新青年》同人間的分歧日益加劇，陳獨秀將編輯部遷往上海後，分歧更加表麵化。衝突的高潮是1920年底和1921年初陳獨秀和胡適對於《新青年》去向的爭論。對於這一問題，錢玄同和周氏兄弟的意見一樣，認為還是分裂為兩個雜誌的好，認為“統一思想”是“最丟臉的事”，“至於《新青年》精神之能團結與否，這是要看各人的實際思想如何來斷定，斷不在乎‘新青年’三個字的金字招牌！”在給周氏兄弟的信中，他說：“初不料陳、胡二公已到短兵相接的時候！”“我對於此事，絕不願為左右袒。若問我的良心，則以為適之所主張者較為近是。（但適之反對談‘布爾什維克’，這層我不敢以為然。）”實際上，錢玄同對於黨同伐異，各據主張，反對對方已經很是反感。
“至於仲甫疑心適之受了賢人係的運動，甚至謂北大已入賢掌之中，這是他神經過敏之謂，可以存而不論。……試作一三段式曰：
研究係不談共產，胡適之和北京大學亦不談共產，胡適之和北京大學是投降了研究係，這話通嗎！”1921年1月18日的日記中他這樣寫，“接守常信知仲、適兩人意見衝突，蓋一則主張介紹勞農，又主張談政，一則反對勞農，又主張不談政治。其實是豬頭問題，罪了。”應當說，在這場爭論中，錢玄同是更傾向於胡適的，雖然他對胡適的個別主張和“結黨成群”的做法也有不滿，但他明顯和陳獨秀主張馬克思主義有更大的距離。從1920年到1921年錢玄同逐漸從原來的武斷立場後退，形成了和胡適的自由主義相近的思想立場。在這方麵，周作人和胡適對他都有不小的影響。
出於自由主義的立場，錢玄同雖然並不反對談馬克思主義，但卻認為馬克思主義並不能適用於中國。他在給周作人的信中說：“我近來覺得‘布爾什維克’頗不適用於中國。何也？因為社會壓迫個人太甚之故。中國人無論賢不肖，以眾暴寡的思想，是很發達的。”而對於宣傳馬克思主義過程中對其他思想的排斥方麵尤其反對，“我近來覺得改變中國人的思想真是唯一要義。中國人‘專製’、‘一尊’的思想，用來講孔教、講皇帝，講倫常，……固然是要不得；很用它來講德莫克拉西、講布爾什維克、講無政府主義、講賽英斯，還是一樣的要不得。反之，用科學的精神（分晰條理的精神），容納的態度來講東西，講德先生和賽先生等固佳，即講孔教，講倫常，隻是說明它們的真相，也豈不甚好。我們從前常說‘在四隻眼睛的倉神菩薩麵前剛剛爬起，又向柴先師的腳下跪倒’，這實在是很危險的事。我在近一年來時懷杞憂，看看‘中國列寧’的言論，真覺害怕，因為這不是布爾什維克，真是過激派；這條‘小河’，一旦‘洪水橫流，泛濫於兩岸’，則我等‘粟樹’‘小草’們實在不免膽戰心驚，而且這河恐非賈讓所能治，非請教神禹不可的了。”
新文化運動逐步退潮的時候，錢玄同也重新定位了自己的立身、觀世和治學的態度和方向。1921年他曾說：“我近來‘國故’得厲害，頗有羅遺老王遺少之風，對於甲骨，頗想研究。”而在前麵那封給周作人的對中國列寧言論有杞憂的信中說得更明白，“我們以後，不要再用那‘必以吾輩所主張者為絕對之是而不容他人之匡正’的態度來作‘訑訑’之相了。前幾年那種排斥孔教，排斥舊文學的態度很應改變。若有人肯研究孔教與舊文學，鰓理而整治之，這是求之不得的事。即使那整理的人，佩服孔教與舊文學，隻是所佩服的確是它們的精髓的一部分，也是狠正當，狠應該的。