如果說錢玄同和吳虞的分歧尚是近年才漸漸被人注意，那麼魯迅和錢玄同的由戰友到陌路已經一再被申說。實際上1949年以後對於錢玄同的研究者，多數都是經由魯迅入手的。如果把涉及錢玄同和魯迅關係的數十篇文字排列起來，幾乎可以比照出一部周錢關係研究學術史。從完全以魯迅之是非為是非，到更多的視角和更包容的心態應是此部學術史的主題。這裏還是從魯迅對錢玄同的負麵評價開始。大致看來，從魯迅離京南下開始，魯迅和錢玄同就幾乎完全斷了交往。但實際上在1924年前後，雙方就已經有了隔膜。這一年魯迅在《語絲》上有一篇《我來說持中的真相》，其中有一段，“風聞有我的老同學玄同其人者，往往背地裏褒貶我，褒固無妨，而又有貶，則豈不可氣呢？今天尋出漏洞，雖然與我無幹，但也就來回敬一箭罷：報仇雪恨，《春秋》之義也。”
雖說還是老同學的遊戲筆墨，但其中的情緒再向前走一步，即可步入憎惡和對立。錢玄同好言，這時偶爾在私下出現的對魯迅不恭的話已經讓魯迅不快。1929年6月，魯迅第一次北上省親，曾與錢玄同相遇卻不歡而散。在魯迅致許廣平的信中提到此事：“途次往孔德學校去看舊書，遇金立因（魯迅信原稿為錢玄同，兩地書公開發表時改為金立因），胖滑有加，嘮叨如故，時光可惜，默不與談。”次年，魯迅在給章廷謙的信中再次提到錢玄同，“疑古玄同，據我看來，和他的令兄一樣性質，好空談而不做實事，是一個極能取巧的人，他的詈罵，也是空談，恐怕連他自己也不相信他自己的話。”
魯迅這裏已經上升到個人品性的層次。錢玄同式的壯懷激烈，更多地是停留在文字上，存在於朋友之間的交流中，是一種語言的表演，而對現實運動，既缺乏經驗也缺乏熱情，從這個角度來說，魯迅所譏諷的空談，是有些道理的，雖然投機之類的評價未免過苛。1933年11月，魯迅擬請魏建功書寫《＜北平箋譜＞序》。魯迅在1933年12月27日致台靜農的信中在談到寫序的事時，又談了對錢玄同的看法：“寫序之事……至於不得托金公（即錢玄同）執筆，亦誠有其事，但係指書簽，蓋此公誇而懶，又高自位置，托以小事，能拖延至一年半載不報，而其字實俗媚入骨，無足觀，犯不著向慳吝人乞爛鉛錢也。”
魯迅對錢玄同的這些負麵評價，從表麵看來是側重性情、為人的多，更多的是一種情緒上的厭惡。但這種厭惡的背後實際上是二人在新文化以後在具體的學術思想、精神取向上差異日益增大的結果。包括對文藝思想、對馬克思主義，二人的分歧是十分明顯的。而這種分歧會透過人際關係、私下傳播等渠道而不斷放大，這些都使我們今天在重識錢玄同的過程中需要仔細品讀的。
三、從錢玄同的晚節說起
由海外新儒家開始，對五四時期的反傳統主義的重新評價已成潮流的情況下。錢玄同當年對傳統偏激決絕的姿態，至少在學界的一般敘述中已經顯出不少負麵特征。同時，作為疑古學派的發起者之一，在是否要“走出疑古時代”成為古史界訟論不休的話題的背景下，錢玄同的學術觀點也時常成為不少學者反駁辯難的靶子。在思想和學術都已經顯得不那麼“正確”之時，錢玄同的晚節，這一“政治正確”在有關錢氏的敘述中，就更顯得彌足珍貴，而需要著力彰顯。不過，這一十分重要的情節，卻也曾遭到了質問和懷疑。本節即以解答質疑入手，進而關注人物和思想的複雜和矛盾，以及質疑和反駁背後的方法和意識。
1.一場筆墨官司
1998年，在《魯迅研究月刊》上有一場規模不大的筆墨官司。當年第1期發表了錢玄同1928年致晚輩民俗學者江紹原的一封信，這本是一封簡短而平常的信。
但同時刊發的這封信的發現者謝村人的文章《“書齋生活及其危險”——從錢玄同的一封佚信所想到的》，卻由這封信而節外生枝，得出了一個不同尋常的結論。文章認為：錢玄同晚年思想上落伍，政治上也有走向深淵的可能。1928年正是錢玄同由“猛士”到“隱士”再到“貳臣”邊緣的中間站。錢玄同死在52歲雖然可惜，但又是僥幸“死得其時”，因為“已被汙水弄髒了鞋襪”的錢玄同在日寇的威脅利誘之下，未必不會成為周作人第二。作者從一封短信開始，“以小見大”，得出的錢玄同將失民族大節的結論確實令人刮目相待。