1937年北平淪陷以後，先後附日的老一代文人中，數得著的，除了周作人就是錢稻孫了。1938年5月5日，中華全國文藝界抗敵協會通電全國文化界：“請緣鳴鼓而攻之，聲明周作人、錢稻孫及其他參與所謂‘更生中國文化建設座談會’諸漢奸，應即驅逐我文化界之外，藉示精神製裁”。這是針對周作人和錢稻孫參加了1938年2月9日由日本大阪每日新聞社出麵召開的“更生中國文化建設座談會”後的聲討。錢稻孫小周作人兩歲，無論生前還是身後學術名聲均在周作人之後，不過北平淪陷後落水的速度卻較周作人要提前不少。周作人多少有些瞻前在1949年以後的思想改造運動中，錢稻孫的清華同事金嶽霖作自我檢查，為表明自己的民族立場，舉出錢稻孫作為反例：“在日本人占領北平以前，我有一次碰到錢稻孫，他那時是清華的圖書館長。我表示非抗日不可。他說萬萬抗不得，抗，不隻是亡國，還要滅種。我很想打他，可是受了‘不能打’這一教訓的影響，沒有打。”
不管金嶽霖本人那時的態度是否和後來記憶得一樣旗幟鮮明，但錢稻孫當初對抗日持完全的悲觀態度卻是肯定的。北平淪陷前後，錢稻孫曾是吳宓的重要信息來源，吳曾屢次到錢稻孫處打探消息。1937年9月2日，吳宓乘電車到西四牌樓，“訪錢稻孫君於受壁胡同九號本宅。知清華已改設校產保管委員會，預備交代（且將駐兵），並已通告教授等，自九月份起，不發薪金雲雲。稻公深知日本內部之盛強，中國之疏懈，故夙主和而非戰，對前途極悲觀。”毫無疑問，隨後走上附日道路，對抗日前途如此悲觀的認識是基礎。據錢稻孫現唯一在世的子女錢亞滿回憶，淪陷後也曾有舉家南遷的打算，因奶奶年事高，無論如何不走。父親是大孝子，隻好留下，一大家子人要吃飯，必須出去做事。當時附日者肯定都有類似的身外事的糾葛，但最終起決定作用的恐怕還是當事者自身的意誌和思想。
直接促成錢稻孫落水的人物是湯爾和。湯爾和與錢稻孫同為浙人，早年留學日本，畢業於金澤醫專。錢稻孫可能在日期間就與湯氏熟悉，1903年湯爾和曾是拒俄義勇隊臨時議長，而錢稻孫和夫人包豐保對拒俄事件都有所參與。1912年錢稻孫從杭州北上任職教育部，湯爾和則從杭州北上任職民政部，並隨即籌辦了國立北京醫學專門學校，任校長。錢稻孫後來曾在湯氏執掌的這一學校長期兼課。魯迅1918年7月30日的日記曾載：“湯爾和贈《蠍尾毒腺之組織的研究報告》一冊，稻孫持來。”可以看出錢稻孫與湯爾和的關係較一般的泛泛之交要更進一步。1922年湯爾和任教育部次長，隨後又任教育部長，成為錢稻孫的頂頭上司，兩人有了直接的工作聯係。實際上，湯爾和在整個民國時代的北平學界都是數一數二的實力派人物。至1938年，湯爾和的影響力也使錢稻孫改變了人生。當湯爾和將以偽華北臨時政府教育部長兼剛恢複起來的偽北大總監督時，即邀錢稻孫擔任了偽北大的秘書長。1939年1月，偽臨時政府教育部恢複“北京大學”，設立總監督辦處，以湯爾和為總監督。錢稻孫的秘書長職務也隨即走馬上任。1940年，汪偽南京政府成立後，北平偽“臨時政府”改為“華北政務委員會”，“北京大學”不再設總監督，而改設校長。錢稻孫成為偽北京大學的第一任校長。
在周作人的相關記錄中留下了不少錢稻孫在此前後的活動。
如1938年4月29日，尤炳圻到周府拜訪，乃是“承錢稻孫命邀周作人去北京師院教課”，被周作人辭卻。可見在成為偽北大秘書長之前，錢稻孫已經開始為日偽當局的教育方麵事務在奔走。
1939年1月2日，周作人被刺次日，錢稻孫登門拜訪，傳達了偽華北教育督辦湯爾和的勸其接受偽北大圖書館館長職務的意見。1月7日，周作人往訪錢稻孫，表示接受偽北大圖書館長職。接受偽北大的圖書館長職位是周作人附日的關鍵一步，而這其中溝通的渠道即是錢稻孫。周作人附逆過程中初期的多數與日偽政權和日本方麵的往還、宴請場合均有錢稻孫在場。在此前後兩人有相當多的合作，在恢複偽北京大學過程中的係科設置、人員聘任等問題上，到八道灣和周作人商量是錢稻孫的常做的功課。周作人任偽教育督辦後，二人合作的層次更豐富了。1941年錢稻孫和周作人一起赴日本東京出席東亞文化協議會文學部會，這次日本之行，二人參加了湯爾和在日本的追悼會，並一同前往湯島第一軍醫院、橫須賀海軍病院慰問在侵華戰爭中負傷的日本傷病人員，參拜了供奉孔子的湯島聖堂。