2.政治與科學之間的核事業
1954年，在廣西發現了鈾礦，這期間從毛澤東到彭德懷能不斷地向蘇聯試探是否能支援中國發展核事業，1955年1月17日，蘇聯部長會議發表“關於蘇聯在促進原子能和平用途的研究方麵，給予其他國家以科學、技術和工業上幫助的聲明”。1月31日，周恩來主持第四次國務院會議，通過《中華人民共和國國務院關於蘇聯幫助中國研究和平利用原子能問題的決議》。這表明中國的核計劃正式啟動。而在此之前的1955年1月15日，錢三強和李四光就原子能問題向中央書記處擴大會議作的那次彙報，可以看做是高層政治決策和中國核物理科學發展的一次正式握手。原子能事業在中國經濟和科學發展中的位次迅速提高。1956年上半年，在周恩來直接領導下製定的中國1956-1967年科學技術發展遠景規劃，把原子能工作列為規劃的第一項重點任務。中共第八次全國代表大會通過的關於發展國民經濟的第二個五年計劃的建議，也把發展原子能事業作為經濟建設的一項重要任務。
1956年11月，成立第三機械工業部（1958年又改稱二機部），組織領導核工業的建設。宋任窮任部長，錢三強任副部長。此後的幾年中錢三強成為原子彈和氫彈事業在科技方麵的最高指揮者之一。在國家不惜成本，全國為兩彈開綠燈的情況下，錢三強的手中實際上握有巨大的權力。他一方麵在全國範圍內調集人才，為兩彈研製中各個環節的技術問題謀篇設局、排兵布陣，另一方麵決定一個個工廠和工程的選址、建造。這樣的權力使錢三強和不少科學家同事都有一種內行精英自主的感覺和意識。應當說，在兩彈這樣的高科技領域，科學精英在相當程度上是可以自主科學的發展的。但在強政治的大環境下，精英自主又要常常碰壁，自主的程度其實完全是由政治大環境決定的。雖然在1958年錢三強就由於對“用行政辦法領導科學研究”不滿而在二機部黨內受到連續批評，但隻要環境許可，錢三強總是固執地推行他的精英自主、專業掛帥。1961年的一次談話中他有針對性的說：“專業應由專業人員來領導，支部起保證作用，不要瞎指揮。支部的主要工作是政治思想工作，調整人與人之間的關係，發揮他們的積極性，要使他們有職有權，要建立技術責任製，……基層黨的工作要有所不為，不應該管的不要管，不要當‘法海’。”1962年，經二機部批準，他在自己任所長的原子能所，推行在黨委領導下的所長負責製，副所長協助所長工作。
不過，在政治環境變化，技術要求的壓力減輕時，科技精英自主就會遭到清算。1964年，第一顆原子彈成功爆炸後三天，錢三強不得不收拾行裝，以徐進的化名到河南信陽農村參加“四清”運動，接受鍛煉教育，參加農業勞動。1966年文革開始後，錢三強被當作“資產階級權威”的“靶子”拋了出來，其罪狀之一就是，他曾鼓吹過的“紅專矢量論”正是白專道路的大毒草。
兩彈一星作為新中國成立以後最大的科學事業，在其內部科學和政治的糾葛往往是多層次的，也並不是都是非此即彼的線性關係。一個有趣的現象是，在兩彈這樣的內部高度機密的工作，在外圍還伴隨著一個廣泛宣傳和動員的原子能知識的科普運動。
1955年兩彈決策以後，“周總理指示我們要重視宣傳工作。他說，發展原子能的重要意義隻有少數人知道還不夠，要讓大家都知道。……造成一個全黨全民關心原子能事業的氣氛。”根據周恩來的要求，中國科學院組織在北京的有關科學家和教授，向中央和全國各地的領導幹部、學生、工人、戰士宣講原子能的科普知識。幾個月內，錢三強和他的同事進行了132次原子能通俗講座。如果說這還隻是一種科學普及的社會運動的話，那麼在後來的科技躍進中，已經越來越帶有政治運動的味道。1958年以後，借著大躍進的東風，原子能科普開始變成了“全民辦鈾礦”、“大家辦原子能科學”的口號。在這樣的氣氛下，錢三強積極提出建議各個省市都搞一堆一器，經過批準以後，錢三強親自到有關省市推行。
他在1972年對此事的檢查中寫道：“1958年-1960年大躍進時，在部黨組提出‘大家辦原子能’的號召下，我不顧實際需要，曾建議各省市都搞‘一個反應堆和一個加速器’，這種貌似很積極的‘左’的意見實際上辦不通時，就轉化為大部分下馬的右的結果。”錢三強隻從左和右的角度反思，當然還有他講話的那個年代的特點。其實，當年錢三強的這種今天看來荒唐的建議，拋卻其他的政治因素後，其實質是顯示了在政治的鼓動下科學的自我膨脹和迷失，這種危險不是當初麵對台下踴躍的群眾興致勃勃地進行原子能通俗講座的錢三強所能意識到的。