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根據中共中央、中央軍委的指示，解放軍各主力部隊相繼抽調39個軍150萬精幹兵力，參加各地剿匪和鎮壓反革命鬥爭。各地各部隊采取了軍事進剿、政治瓦解與發動武裝群眾相結合的剿匪方針，大力宣傳與執行“鎮壓與寬大相結合”的政策，消除群眾懼怕報複的顧慮，主動揭發、勸降、爭取和協助部隊剿匪。在黨的政策和廣大群眾配合下，許多土匪悔過自新，繳械自首；還有不少土匪家屬出現勸夫、勸父、勸子棄暗投明，得到寬大處理。在清剿土匪的同時，逮捕與處決了一批反革命首要分子，破獲了大批特務間諜案件；並勒令反動黨團骨幹、特務等反革命分子進行登記；還通令取締各種反動會道門及各種反動秘密組織。1950年6月14日，最高人民法院正式成立，全國各地各級建立了人民法院、法庭，7月23日，政務院和最高人民法院聯合發布《關於鎮壓反革命活動的指示》。到1950年6月，全國範圍內的武裝股匪已基本肅清；至1952年底，全國共殲滅土匪240餘萬，關押各種反革命分子127萬，管製23萬，殺掉71萬，基本肅清了反動殘餘勢力，為抗美援朝、土地改革、國民經濟的恢複與發展提供了保證。
五、湖南剿匪
解放前，湖南是全國匪患最嚴重的省份之一，尤以湘西最為突出。蔣介石國民黨出於反共需要，對土匪采取懷柔政策，更助長了湖南土匪滋長。他們大量收編土匪武裝，蔣介石親自寫信給湘西匪首陳子賢“堅持遊擊戰爭”，還指示湘鄂川黔邊區軍政長官宋希濂，將湘西的大股土匪武裝編成3個暫編軍、12個暫編師，任命一批匪首為“司令”、“軍長”、“師長”等職。白崇禧更不甘落後，他從武漢逃到湖南後，於1949年7月，帶著10萬銀圓和大批武器裝備，親赴芷江，收買與裝備土匪武裝，企圖變湘西為“反共遊擊根據地”。據解放前夕統計，湖南全省匪特武裝（包括國民黨軍殘餘）約18萬餘人，百人以上股匪170多個，絕大部分盤踞湘西廣大地區以及常德、邵陽、郴州、零陵、湘潭等地區邊緣地帶。
長沙和平解放後，新成立的湖南省軍區（十二兵團兼），在中共中央中南局、湖南省委統一領導下，指揮解放軍四十六、四十七軍和省軍區部隊以及廣大民兵，投入以湘西為重點的清剿土匪鬥爭。
湘東北剿匪
1949年七八月間，湘東北雖然解放，但長沙、常德、益陽地區還有土匪和國民黨軍殘餘2萬餘人，盤踞於山村、湖汊之中，騷擾搶劫，破壞交通。省軍區決定以一五九、一六〇、一六五師及“冀南南下支隊”一部，分別組建長沙、常德、益陽軍分軍，迅速展開剿匪。8月10日，一五九師組成長沙軍分區後，經過布置於14日，四七五團二營首先向活動於湘陰東港、茶壷潭一帶的“湘鄂贛人民反共自救軍”第三縱隊萬少鼎部200餘土匪奔襲，經4小時戰鬥，全殲該匪。16日，四七五團六連奔襲嶽陽小字洞李高峰股匪，重創後，李匪率殘部竄至平江沙田鎮一帶，被四七六團三營追擊殲滅。18日，四七五團一部，在湘陰錫安鄉殲滅劉鐵峰匪部。到9月初，經十餘戰鬥，基本殲滅了湘陰、嶽陽的股匪。隨後開展對長沙、零陵、湘潭三縣土匪的全麵進剿，於10月中旬全部肅清。
9月12日，一六〇師與“冀南南下支隊”一部組成常德軍分區，並會合湖南省遊擊隊湘西突擊總隊，進占了濱湖各產糧區，隨即派四七九、四八〇兩團進剿土匪武裝。9月30日，四七九團主力奔襲桃源縣三板橋呂春初匪部，經20餘天清剿，殲匪1500餘人，並爭取了呂春初、餘千伍、郭武生、羅章奇等股匪1380餘人放下武器投誠。
與此同時，一五九、一六五師各一部組成益陽軍分區，同湘中遊擊隊第一、三支隊進行了合編，以三個團兵力向安化、湘鄉邊緣及雪峰山區的尹立言、周永池、王逸之、朱世奇等股匪進剿，經半月的戰鬥，殲匪40餘股4400餘人。
從7月開始到10月底，湘東北地區共殲匪13000餘人。10月下旬，省軍區召開了長沙、常德、益陽三個軍分區軍政幹部會議，總結了前段剿匪的經驗教訓後，常德軍分區集中四七九、四八〇兩團向匪情嚴重的慈利、石門進剿，消滅了蔣維新、向應東、陳金次等股匪2000餘人。長沙、益陽軍分區部隊也展開政治攻勢，並發動群眾檢舉藏匪、窩匪、資匪者，爭取了一批匪首投誠。到12月底，這三個軍分區基本肅清土匪。