龍潭寺匪特暴亂發生的第二天，即1950年2月6日，中共中央西南局在重慶召開第一次會議，鄧小平在會上說：剿匪已成為西南的中心任務，必須貫徹中央“軍事打擊，政治瓦解，發動群眾三結合”的方針，正確執行“鎮壓與寬大相結合”的政策。在剿匪步驟上，要求首先殲滅腹心富庶地區之匪，然後推展至邊沿貧瘠山區，特別要淨化四川股匪。2月9日，根據中央軍委命令，西南軍區在重慶成立，賀龍任司令員，鄧小平任政治委員，劉伯承任西南軍政委員會主席，陳賡、周士第、李達任西南軍區副司令員，宋任窮、張際春、李井泉任副政治委員，李達兼參謀長，張際春兼政治部主任。下轄川東、川南、川西、川北、西康、貴州、雲南軍區及後來成立的西藏軍區。
2月15日，西南軍區發出第二號剿匪令，指示各部隊要根據鄧小平在西南局會議上講話精神，布置剿匪工作，製定一個較長期的剿匪方針，在兵力部署上有重點有計劃切忌平分兵力。2月21日，西南軍區發出第三號剿匪令，確定先大力肅清交通要道和經濟發達地區之匪，特別是四川境內沿江及公路要道之匪。3月中旬，西南軍區給中央的報告指出：“目前，西南地區股匪有數字可計者，除雲南外，現已發展至70餘萬，計川東約14萬、川西約20萬、川南、川北各約10萬。其中較大者有：川東之‘川湘鄂人民自衛軍（後改為‘中國人民救國軍大陸遊擊隊’）2萬餘；‘川東北遊擊總隊’1萬餘……其骨幹皆為蔣匪潰逃前在蓉所訓練之遊擊骨幹班分子。並叫嚷‘目前國際上已成立反共同盟軍，日本軍隊已由上海、秦皇島登陸，其主力經朝鮮向東北推進。美國也已正式宣布出兵，廣州、廈門不日將被占領，共軍在大陸壽命多則一兩個月頂天了’等等，大肆欺騙群眾，並脅迫一般百姓入夥，如有不從，則以燒房子殺滿門相殘害。”
3月15日，西南軍區召開高級幹部會議，鄧小平重申西南軍區第二號、第三號剿匪指示精神，在兵力部署上強調有重點有計劃將部隊部署在適當地區，不要平分兵力，采取“以集中對集中”的辦法，“先腹心地區，後邊沿地區；先匪患嚴重及交通要道兩側地區，後其他地區；先對付最大最凶殘的股匪，後對付較小的股匪”。3月26日，西南軍區又下發《關於組織聯合清剿土匪的指示》，決定在川北、川東、川南、貴州四個軍區結合部，組織四個剿匪聯合指揮部。至此，西南地區全麵展開了大規模剿匪，整個剿匪鬥爭中，進行了幾次大的清剿作戰。
趙洪文國被捕高橋
2月25日，川西軍區集中六十二軍4個團，警備司令部3個團，十八軍主力，第七軍之十九師和軍工兵師各一部，及溫江、眉山軍分區部隊，開始對匪患嚴重的灌縣、崇寧、新繁、彭縣、鄲縣、崇慶、溫江與成都間，華陽、雙流、新津、崇慶間，崇慶、雙流、大邑、新津、彭山、蒲江間，邛崍、名山兩側及金堂以東地區，采取進剿及部分地區駐剿的方式，分別進行有重點的分區剿匪行動。