參政黨成員中特有的思想政治問題主要集中在我國的政黨製度和政黨關係上。接受黨的領導，擁護黨領導的多黨合作和政治協商製度，堅決抵製西方勢力對我進行“分化”和“西化”的政治圖謀，認為西方的“多黨製”不適合我國國情，這是主流，是參政黨成員基本的政治態度，這是我們應充分肯定的。但是，也有極少數參政黨成員懷疑中國共產黨領導地位的曆史必然性和現實必要性，對多黨製、議會製和三權分立等西方民主製度抱有幻想，在政治體製的改革上總想尋求在體製上甚至是製度上的突破，希望參政黨能成為“準反對黨”。具體表現在以下幾個方麵：
第一，參政黨意識淡漠，缺乏角色意識。表現為有的黨派成員在本黨之外分不清自己與普通知識分子有何區別，平時說話處事很隨便，不注意維護本黨形象；在黨內組織觀念差，不重視參加本黨的活動和工作。在參政議政活動中對政府采納自己提出的意見建議期望值過高，沒有被采納就牢騷滿腹，對參政黨發揮作用缺乏信心。參政黨意識淡漠的又一個重要表現是個別黨員加入民主黨派的動機過於追求個人功利。致公中央的調查表明，現在民主黨派成員入黨心態多樣化，概括起來有：一是參政議政型，即入黨是為了發揮參政議政作用；二是榮譽型，即入黨是為了獲取榮譽；三是交友型，即入黨是為了廣交朋友。這幾種類型黨員對工作都有熱情，能夠積極承擔黨務工作和踴躍參加黨的活動。但也有個別黨員加入黨組織是出於個人前途考慮，如果政治安排達不到他們內心的要求，他們就會失去工作熱情，甚至出現要求退黨的現象。湖南省衡陽市某民主黨派組織的副主委談到成員的入黨動機時說，有的成員加入民主黨派是與單位領導關係未搞好或對有些領導看不慣而加入民主黨派；有些年輕同誌想到人大、政協謀個席位而加入，如未得到安排，就消極了，年輕同誌比較老同誌功利思想重，有的老同誌參加黨派活動特別積極，嶽陽一個七十多歲的老黨派成員自己出五千元搞調研。
第二，一些黨派成員對新時期參政黨究竟發揮什麼作用有不切實際的期望，對我國政黨製度還存在模糊認識。一些中青年成員對中國共產黨領導的多黨合作製度形成的曆史必然性、合理性、優越性缺乏深刻認識並產生懷疑。還有些成員對參政黨發揮作用的“度”把握不夠準確，有的成員提出民主黨派中央應該成立一個具有監督意義的組織機構，對執政黨實施法律監督，當他們的熱情得不到實現時，則容易產生失落感和消極情緒。
第三，有些成員對民主與科學精神缺乏正確的理解。在調研中，九三學社中央的同誌們反映，他們有些黨員加入九三主要是對九三的宗旨與旗幟——民主與科學精神的追求與向往，有些黨員希望九三學社理直氣壯地提出弘揚民主與科學精神的宗旨及奮鬥目標。針對這個問題，九三學社中央機關的同誌認為應該因勢利導，九三學社的口號是民主與科學，在新的形勢下應當賦予新的內涵，使思想政治教育更具有本社的特色。在對張家口市黨外幹部的調研中我們也能夠看到年輕的黨外人士民主意識和追求自由的精神在湧動。這些都說明年輕的黨外人士思想活躍、朝氣蓬勃、積極進取的精神風貌，預示著多黨合作的美好前景。但同時我們也要看到，雖然年輕的黨外人士在政治立場上沒有問題，但在理論認識上還是存在偏頗的。道德的激情往往淹沒理性的分析，從而影響了對一些基本政策和社會現象的判斷，需要加強政治引導。
第四，對多黨合作製度優越性的認識容易受環境影響而出現波動。在調研中，民建中央的同誌反映，在實際工作中遇到問題時，有些成員對多黨合作製度的優越性的認識就可能發生偏差。在這方麵有兩種情況比較突出，一是對會員來說，在參與各種社會公共事務過程中，如果因是民建會員而受到提職等方麵的影響，往往會對這一製度產生一些消極看法。二是因中共基層幹部對統戰工作不重視，執行多黨合作有關政策不力，也使會員對這一製度的認識發生偏差。尤其是在基層，黨政部門在實踐工作中就會出現這樣那樣的問題，產生兩種不正確的傾向：一種是思想僵化，停留在過去的認知水平上，用“左”的觀點對待民主黨派；另一種是對民主黨派工作包辦代替。實踐中出現的這些現象，有時會使部分會員對我國多黨合作製度優越性產生模糊認識，影響他們積極性的發揮。
第五，存在政治價值觀問題，表現為極個別成員對多黨合作製度的合理性存疑，甚至否定。
在調研中，我們注意到，也有個別同誌認為我國的多黨合作製度現實合理，但從未來的發展方向看就不一定。還有同誌談到政治文明是否應該分階段，將來階段會不會是民主黨派也能執政，當然那是一個遙遠的過程，目前民主黨派的力量是不夠的。對目前階段可以做什麼事情，應該有明確的思路和目標。有個別黨派成員因為地方政協作用發揮不好，而認為根子在中國共產黨與民主黨派的關係上，說這種領導與被領導的關係就注定是不平等的，在黨派關係上，不應是領導與被領導的關係，這是不平等的。他還認為民主黨派成員素質不高，與黨派關係不公平有關。這實質涉及的是中國共產黨的領導權這個根本原則問題。
以上這些思想傾向雖然反映在極少數成員身上，但也反映了我們思想建設的不足，必須引起我們的高度重視。因為這些問題是涉及我國基本政治製度的重大問題，是具有曆史延展性和承繼性的問題，是與國內某種思潮和國際某種勢力遙相呼應的問題，是對這部分成員有著長期影響的問題。在一定的政治氣候和一定的社會形勢下，這些思想傾向會迅速蔓延，這不僅不利於參政黨的健康發展，而且還有可能危及社會的穩定，特別是對涉世不深、缺乏政治經驗的青年人有著不容忽視的影響。然而，看到問題的嚴重性，並不能視其為廣泛性，不能如臨大敵、草木皆兵，而是要立足於做好長期的、艱苦的、深入細致的思想政治工作，切實加強自身建設。
（二）參政黨思想建設理論建樹不夠
參政黨思想建設理論建樹不足，既是製約參政黨思想建設成效的重要原因，也是思想建設存在問題的直接表現。正是因為參政黨的思想建設處於有實踐無理論的階段，既沒有專門的教材、文件、專著，也沒有自己特定的範疇體係，更沒有用自己範疇構建的理論體係，因而思想建設實踐中存在的問題常常難以得到很好的解決，這直接製約了思想建設的發展。這在我們的社會調查中也得到了印證，有同誌反映說，現在思想建設方麵的有關理論研究不夠、理論指導跟不上、法寶意識不明確。目前的中青年成員具有學曆高、見識廣、思想活躍等特點，而理論建設特別是參政黨理論建設相對薄弱，在許多問題上難以回答成員的思想問題，新成員培訓和思想教育也缺乏係統的教材。特別是那些受西方政黨製度影響比較深的同誌，我們去說服他了解和接受我們的政黨製度很困難。這都說明隨著國際國內形勢的變化和多黨合作實踐的不斷發展，加強理論建設顯得越來越迫切。
（三）體製機製不順
2000年6月12日，民建中央的馮克煦副主席在沈陽召開的民建中央思想建設研討會上的講話中提到，參政黨的思想建設是“說起來重要，幹起來次要，忙起來不要”，十多年過去了，這種狀況雖然有所緩解，但依然是參政黨思想建設實踐的一個重要特點，折射出參政黨思想建設缺乏規範的體製、缺乏科學的機製的尷尬局麵。由於參政黨存在組織相對鬆散、成員相對分散的特點，使思想政治工作難以落到實處，更需要規範的體製和科學的機製，保證思想建設的正常有序運轉。特別是基層成員和黨派中央之間，缺乏一個良好的溝通機製和雙向信息傳遞機製，這都會給思想建設增加難度，影響參政黨思想建設的成效。缺乏思想建設體製機製的一個重要結果就是，參政黨在思想建設的過程中注重活動過程，忽視活動效果；注重集中活動，忽視基層活動，所以我們能經常看到各民主黨派經常舉辦報告會、培訓班、研討會、學習會、座談會等學習活動，在重要事件、重大活動中，能注意緊跟形勢，抓住契機，舉辦形式多樣，內容豐富的學習活動，但是，活動的效果如何，活動的覆蓋麵和針對性如何，卻考慮得不夠。尤其是一些活動開展不正常的基層組織，更是難以顧及，這對提高參政黨思想建設的針對性是很不利的。
（四）方法創新不夠
如前所述，自我教育是參政黨思想建設的重要原則。但是，在參政黨思想建設的實際操作中，我們卻看到方式方法陳舊、灌輸有餘、引導不足、自我教育發揮不夠的現象。可以說，注重傳統形式，忽視現代手段，是參政黨思想建設理論滯後之外的最大瓶頸。目前參政黨思想建設的方法主要是思想政治教育，而思想政治教育普遍存在形式陳舊、手段落後、渠道單一的弱點，除了開會、聽報告、讀文件、聚餐、郊遊找不到新的形式，也沒有很好地利用現代信息網絡技術，使得思想建設往往流於形式，對參政黨成員的思想問題也不能迅速有效地回應。