華佗的卓絕醫技，可從上文所述各病例中看出。然而他本是讀書人，以醫術養活自己，心裏常感懊悔。為什麼懊悔呢？當時，中國封建社會中醫生屬於“方技”，被視為“賤業”，所以華佗時常“自悔”。當然，這也算是華佗思想上的一個局限性吧，雖然不是他的錯，當時就是這麼一個狀況。
後來曹操親自處理國事，得病沉重，讓華佗專為他個人治病。也就是打算正式聘他為私人醫生。華佗說：“這病難以治好，不斷地進行治療，可以延長一些壽命。”華佗長期遠離家鄉，想回去看看，因此說：“剛才收到家中來信，正要短期回家一趟呢。”到家後，推托妻子有病，多次請求延長假期不回來。曹操多次用書信召喚，又下詔令郡縣征發遣送。華佗自恃有才能，厭惡吃侍候人的飯，還是不上路。我憑什麼專門伺候你啊？真是的。關鍵的是，他對這個曹操沒有什麼好印象。
曹操很生氣，派人前往查看：如果他妻子確實生病，就賜贈四十斛小豆，放寬假期；如果他虛假欺騙，就逮捕押送他回來。結果去了一看，他的老婆好好的呢。因此用專車把華佗遞解交付許昌監獄，拷問服罪。荀彧向曹操求情說：“華佗的醫術確實高明，關係著人的生命，應該包涵寬容他。”那意思是說，華佗是百年不遇的大人才啊，你可不能毀了這樣的人才！曹操不屑一顧，說：“不用擔憂，天下會沒有這種無能鼠輩嗎？天下的醫生，多了去了！”在曹操看來，這醫生啊，舉國上下，一抓一大把，少了他華佗一個，又有何妨？結果是，終於拷問致死華佗。一代名醫就這麼死在了曹操的手裏。後人痛恨曹操，這也是一個原因。
華佗臨死前，拿出一卷醫書給獄官，說：“這書可以用來救活人。”獄吏害怕觸犯法律不敢接受，華佗也不勉強，討取火來把書燒掉了。這書燒的，讓多少後人心痛啊！
華佗死了以後，曹操腦神經痛沒有去除。曹操說：“華佗能治好這種病。這小子有意拖延我的病，不加根治，想借此來抬高自己的地位，如果我不殺掉這小子，也終究不會替我斷掉這病根的。”曹操覺得華佗故意不給他治病，是打算敲他竹杠，他偏偏不肯中計。可是，到後來他的愛子曹衝病危，曹操才感歎地說：“我後悔殺了華佗，使這個兒子活活地死去了。”後悔還有什麼用啊？後悔是神馬，神馬是浮雲。沒有用。親，我們做決定的時候，可一定要深思熟慮，三思而後行，可不能因為一時衝動，一時氣憤就草率做出決定，結果留下遺憾，讓自己後悔不迭啊。
當初，軍中小吏李成苦於咳嗽，早晚不能入睡，經常吐帶膿的血，因此詢問華佗。華佗說：“您的病是腸道癰疽膿腫，咳嗽所吐出來的，並非從肺裏來。給您藥末兩錢，應當吐出二升餘膿血，終了，能自己保養，一月可以小起，好好自己把握珍愛，一年便能健康。十八年當有一次小的發作，服用這個藥末，也將再痊愈；如果不得此藥，仍舊要死。”再給兩錢藥末。李成得到藥，走了五六年，親戚中有病似李成的人，對成說：“您如今強健，我要死了，怎麼忍心隱藏藥物，以等待我不幸？先拿來借給我，我痊愈，為您再向華佗索要。”李成給了他。由於這個緣故到了譙地，打算找華佗再要點藥救命的，可是正好趕上華佗驗明收下，被投進監獄了，於是，他趨利避害，不願意再向華佗求藥。結果是避了小害取了大害。十八年後，李成的病終於又複發了，因為無藥可服，在痛苦和悔恨中死去。
一代神醫華佗，醫人無數，受到世人永遠的追憶和崇敬。不過，這個世界上，是沒有完人的。他的人性的弱點在於，他的恃才孤傲。他指出某人有什麼病，可是，人家不信，他就拂袖而去，結果，人家就死了。假如他更耐心一點予以施救的話，不就又可救活一條性命嗎？這就是骨子裏的一股傲氣使然，你不信我，好，我也不強求你，你愛咋的咋的吧，我不管了！就是這樣的心理。
還有，他覺得自己是一個讀書人，雖然行醫救人，可是自己很看不起醫生這個職業，赤腳醫生嘛，沒有什麼出息，低人一等，窄人一背。更關鍵的一點就是，他覺得自己很有才能，不肯屈服於曹操，結果被曹操給殺害了。從這一點上來講，我們除卻痛罵曹操之外，還要思考，華佗為什麼看病還要有所選擇啊？醫德的至高境界，應該就是治病，應該撇棄國別，丟棄私怨。比如你是一個醫生，鄰居和你家有糾紛，可鄰居重病，你可以不用你的醫術來救治他嗎？一代醫聖，醫人無數，卻醫不好自己性格上的弊病。
當然，我們這麼說，是有求全責備的意味了。總體來說，華佗是中國醫學的一個標誌，一個驕傲，他是舉世公認的醫聖，是備受國內外崇敬的醫學大家，對醫學的發展做出了卓越貢獻。他獨創的五禽戲對後世的健身強體運動也有很深的影響。