氣如果隻是有"理"，那就隻能有"形而上"的世界。要造成我們這個具體的物質世界，必須有"氣"，並在氣上麵加上"理"的模式，才有可能。朱熹說；"天地之間，有理有氣。理也者，形而上之道也，生物之本也；氣也者，形而下之器也，生物之具也。是以人、物之生，必稟此理，然後有性；必稟此氣，然後有形。"（《答黃道夫書》，《文集》卷五十八）他又說："疑此氣是依傍這理行。及此氣之聚，則理亦在焉。蓋氣則能凝結造作；理卻無情意，無計度，無造作。……若理則隻是個淨潔空闊的世界，無形跡，他卻不會造作。氣則能醞釀凝聚生物也。但有此氣，則理便在其中。"（《語類》卷一）我們在這裏看出，朱熹是說出了張載可能要說而沒有說的話。任何個體事物都是氣之凝聚，但是它不僅是一個個體事物，它同時還是某類事物的一個個體事物。既然如此，它就不隻是氣之凝聚，而且是依照整個此類事物之理而進行的凝聚。為什麼隻要有氣的凝聚，理也必然便在其中，就是這個原故。
關於理相對地先於氣的問題，是朱熹和他的弟子們討論得很多的問題。有一次他說："未有這事，先有這理。如未有君臣，已先有君臣之理；未有父子，已先有父子之理。"（《語類》卷九十五）一個理，先於它的實例，朱熹這段話已經說得十分清楚了。但是一般的理，是不是也先於一般的氣呢？朱熹說："理未嚐離乎氣。然理形而上者，氣形而下者。自形而上下言，豈無先後？"（《語類》卷一）另一個地方有這樣一段："問：有是理便有是氣，似不可分先後。曰：要之也先有理。隻不可說今日有是理，明日卻有是氣。也須有先後。"（同上）從這幾段話可以看出，朱熹心中要說的，就是"天下未有無理之氣，亦未有無氣之理。"（同上）沒有元氣的時候。由於理是永恒的，所以把理說成是有始的，就是謬誤的。因此，若問先有理，還是先有氣，這個問題實際上沒有意義。然而，說氣有始，不過是事實的謬誤；說理有始，則是邏輯的謬誤。在這個意義上，說理與氣之間有先有後，並不是不正確的。
另一個問題是：理與氣之中，哪一個是柏拉圖與亞力士多德所說的"第一推動者"？理不可能是第一推動者，因為"理卻無情意，無計度，無造作"。但是理雖不動，在它的"淨潔空闊的世界"中，卻有動之理，靜之理。動之理並不動，靜之理並不靜，但是氣一"稟受"了動之理，它便動；氣一"稟受"了靜之理，它便靜。氣之動者謂之陽，氣之靜者謂之陰。這樣，照朱熹的說法，中國的宇宙發生論所講的宇宙兩種根本成分，就產生出來了。他說："陽動陰靜。非太極動靜。隻是理有動靜。理不可見，因陰陽而後知。理搭在陰陽上，如人跨馬相似。"（《語類》卷九十四）這樣，太極就像亞力士多德哲學中的上帝，是不動的，卻同時是一切的推動者。
陰陽相交而生五行，由五行產生我們所知道的物質宇宙。朱熹在他的宇宙發生論學說中，極為讚同周敦頤、邵雍的學說。
心、性由以上可以看出，照朱熹的說法，有一個個體事物，便有某理在其中，理使此物成為此物，構成此物之性。一個人，也和其他事物一樣，是具體世界中具體的特殊的產物。因此我們所說的人性，也就不過是各個人所稟受的人之理。朱熹讚同程頤的"性即理也"的說法，並屢作解釋。這裏所說的理，不是普遍形式的理，隻是個人稟受的理。這樣，就可以解釋程顥那句頗有點矛盾的話；"才說性，便已不是性。"程顥的意思隻是說，才說理，便已是個體化了的理，而不是普遍形式的理。
一個人，為了獲得具體的存在，必須體現氣。理，對於一切人都是一樣的；氣使人各不相同。朱熹說："有是理而後有是氣，有是氣則必有是理。但稟氣之清者，為聖為賢，如寶珠在清冷水中。稟氣之濁者，為愚為不肖，如珠在濁水中。"（《語類》卷四）所以任何個人，除了他稟受於理者，還有稟受於氣者，這就是朱熹所說的"氣稟"。
這也就是朱熹的關於惡的起源的學說。柏拉圖在很早以前就指出，每個個人，為了具有具體性，必須是質料的體現，他也就因此受到牽連，必然不能合乎理想。例如，一個具體的圓圈，隻能是相對地而不是絕對地圓。這是具體世界的捉弄，人也無法例外。朱熹說："卻看你稟得氣如何。然此理卻隻是善。既是此理，如何得惡？所謂惡者，卻是氣也。孟子之論，盡是說性善；至有不善，說是陷溺。是說其補無不善，後來方有不善耳。若如此，卻似論性不論氣，有些不備。卻得程氏說出氣質來接一接，便接得有首尾，一齊圓備了。"（《朱子全書》卷四十三）所謂"氣質之性"，是指在個人氣稟中發現的實際稟受之性。一經發現，如柏拉圖所說，它就力求合乎理想，但是總不相合，不能達到理想。可是，固有的普遍形式的理，朱熹則稱為"天地之性"，以資區別。張載早已作出這種區別，程頤、朱熹繼續堅持這種區別。在他們看來，利用這種區別，就完全解決了性善性惡之爭的老問題。
在朱熹的係統中，性與心不同。朱子語錄有雲："問：靈處是心抑是性？曰：靈處隻是心，不是性。性隻是理。"（《語類》）卷五）又雲："問：知覺是心之靈固如此，抑氣之為耶？曰：不專是氣，是先有知覺之理。理未知覺，氣聚成形，理與氣合，便成知覺。譬如這燭火，是因得這脂膏，便有許多光焰。"（同上）所以心和其他個體事物一樣，都是理與氣合的體現。心與性的區別在於：心是具體的，性是抽象的。心能有活動，如思想和感覺，性則不能。但是隻要我們心中發生這樣的活動，我們就可以推知在我們性中有相應的理。朱熹說："論性，要須先識得性是個什麼樣物事。程子'性即理也'，此說最好。今且以理言之，畢竟卻無形影，隻是這一個道理。在人，仁、義、禮、智，性也，然四者有何形狀，亦隻是有如此道理。有如此道理，便做得許多事出來，所以能惻隱、羞惡、辭讓、是非也。譬如論藥性，性寒、性熱之類，藥上亦無討這形狀處，隻是服了後，卻做得冷、做得熱的，便是性。"（《語類》卷四）在第七章中我們看到，孟子主張，在人性中有四種不變的德性，它們表現為"四端"。上麵引的朱熹這段話，給予孟子學說以形上學的根據，而孟子的學說本身基本上是心理學的。照朱熹的說法，仁、義、禮、智，都是理，屬於性，而"四端"則是心的活動。我們隻有通過具體的，才能知道抽象的。我們隻有通過心，才能知道性。我們將在下一章看到，陸王學派主張心即性。這是程朱與陸王兩派爭論的主要問題之一。