中共十六大的主題是：高舉鄧小平理論偉大旗幟，全麵貫徹“三個代表”重要思想，繼往開來，與時俱進，全麵建設小康社會，加快推進社會主義現代化，為開創中國特色社會主義事業新局麵而奮鬥。這次大會高舉鄧小平理論偉大旗幟，全麵貫徹“三個代表”重要思想，認真總結黨的十五大以來五年的工作，總結改革開放以來特別是黨的十三屆四中全會以來黨團結帶領全國各族人民在建設有中國特色社會主義的偉大實踐中取得的基本經驗，對新世紀新階段全麵推進我國改革開放和社會主義現代化建設、全麵推進黨的建設新的偉大工程作出戰略部署，進一步動員全黨和全國各族人民，解放思想，實事求是，與時俱進，開拓創新，為開創建設中國特色社會主義事業新局麵而團結奮鬥。概括起來，中共十六大有如下重要貢獻：
1．把“三個代表”確立為中國共產黨要長期堅持的指導思想
“三個代表”的重要思想是十六大的靈魂。江澤民在十六大報告中全麵深刻地闡述了“三個代表”的科學內涵。新黨章有如下新修改的內容：“三個代表”重要思想是對馬克思列寧主義、毛澤東思想和鄧小平理論的繼承和發展，反映了當代世界和中國的發展變化對黨和國家工作的新要求，是加強和改進黨的建設、推進我國社會主義自我完善和發展的強大理論武器。始終做到“三個代表”，是我們黨的立黨之本、執政之基、力量之源。我們要牢牢把握關鍵在堅持與時俱進、核心在堅持黨的先進性、本質在堅持執政為民的根本要求，不斷增強貫徹“三個代表”重要思想的自覺性和堅定性，在“三個代表”重要思想指引下奮勇前進。黨的十六大把“三個代表”重要思想同馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論一道，確立為我們黨要長期堅持的指導思想寫進中國共產黨黨章，這是一個曆史性的決策，也是一個曆史性的貢獻，為中國共產黨指明了前進的方向。
2．明確提出了在本世紀頭二十年我們黨和國家的奮鬥目標是全麵建設小康社會
這次代表大會係統總結了十三年來的基本經驗，明確提出了在本世紀頭二十年我們黨和國家的奮鬥目標，以及經濟、政治、文化、國防、祖國統一、外交和我們黨的自身建設等各方麵的方針政策。（1）在優化結構和提高效益的基礎上，國內生產總值到2020年力爭比2000年翻兩番，綜合國力和國際競爭力明顯增強。（2）社會主義民主更加完善，社會主義法製更加完備，依法治國基本方略得到全麵落實，人民的政治、經濟和文化權益得到切實尊重和保障。基層民主更加健全，社會秩序良好，人民安居樂業。（3）全民族的思想道德素質、科學文化素質和健康素質明顯提高，形成比較完善的國民教育體係、科技和文化創新體係、全民健身和醫療衛生體係。（4）可持續發展能力不斷增強，生態環境得到改善，資源利用效率顯著提高，促進人與自然的和諧，推動整個社會走上生產發展、生活富裕、生態良好的文明發展道路。
所有這些，都體現了中國共產黨全黨的意誌，代表了全國各族人民的願望，是我們黨在新世紀新階段的政治宣言和行動綱領。對於凝聚全黨和全國各族人民的力量，加快推進社會主義現代化，具有十分重要的意義。大會認為，一定要緊緊抓住新世紀頭20年這一重要戰略機遇期，集中力量，全麵建設小康社會，加快推進社會主義現代化。經過全黨和全國人民的共同努力，我們勝利實現了現代化建設“三步走”戰略的第一步、第二步目標，人民生活總體上達到小康水平。這是社會主義製度的偉大勝利，是中華民族發展史上一個新的裏程碑。黨的十六大，明確提出全麵建設小康社會的奮鬥目標。這一目標，是中國特色社會主義經濟、政治、文化全麵發展的目標，是與加快推進社會主義現代化建設相統一的目標，符合我國國情和現代化建設的實際，符合各族人民的願望。提出全麵建設小康社會的奮鬥目標，極大地振奮了民族精神，極大地激發了人民群眾的積極性，我們要緊緊圍繞全麵建設小康社會的目標，推進經濟、政治、文化的建設和體製改革。發展要有新思路，改革要有新突破，開放要有新局麵，各項工作要有新舉措。