二、尿素、氨基酸和蛋白質有關試驗
1.分解尿素試驗
用於檢查細菌分解尿素的能力。
能產尿素酶的細菌如變形杆菌，水解尿素為氨氣和二氧化碳。二氧化碳以氣體形式放出，部分氨氣溶於水呈堿性使酚紅變紅。培養基pH為7.2。需用不含尿素的相同培養基做對照。
2.氨基酸脫羧酶試驗
用於檢查細菌利用氨基酸的能力。
有的細菌產生氨基酸脫羧酶，可以把氨基酸分解為二氧化碳和胺部分，使培養基顯堿性。它是誘導酶，細菌隻有在有特異底物的酸性環境中才產生該酶。該過程是在厭氧條件下進行，要注意用滅菌液體石蠟密封。腸杆菌科細菌都能使葡萄糖在10～12h內發酵產酸（加葡萄糖的目的在於製造酸性環境），使溴甲酚紫由紫變黃。但氨基酸脫羧後，又由黃變紫。培養結束後對照應為黃色，對照為紫色時反應無效（分解蛋白產堿）。
3.精氨酸雙水解試驗
有的細菌利用精氨酸脫羧酶解酸，但有的細菌有精氨酸雙水解產堿的途徑。精氨酸脫酰胺酶、瓜氨酸酶、鳥氨酸脫羧酶參與精氨酸的脫氨和脫羧，完成精氨酸雙水解。使用Thornley培養基：蛋白腖1g，氯化鈉5g，磷酸氫二鉀0.3g，瓊脂6g，酚紅0.01g，L-精氨酸10g，蒸餾水1000mL，pH7.0～7.2，分裝試管，培養基高度4～5cm，121℃滅菌15min。用幼齡菌種穿刺接種，並用滅菌凡士林油封管，適溫培養3、7、14d觀察。以不含L-精氨酸的培養基做對照，變紅色者為陽性。
4.苯丙氨酸脫氨酶試驗
用於檢查細菌分解苯丙氨酸產生苯丙酮酸的能力。
苯丙氨酸脫氨酶能使苯丙氨酸脫氨，成為苯丙酮酸，苯丙酮酸與三氯化鐵作用產生綠色物質。變形杆菌產生此酶。
5.吲哚試驗（靛基質試驗）
用於檢查細菌分解色氨酸產生吲哚的能力。
有些細菌能分解蛋白腖中的色氨酸，產生吲哚。吲哚與對二甲氨基苯甲醛結合形成玫瑰色的玫瑰吲哚。注意培養基中不能含葡萄糖。產生吲哚者大多能發酵糖類，利用糖時不產生吲哚。色氨酸酶活力最適pH範圍是7.4～7.8，pH過低或過高，產生吲哚少，易出現假陰性。另外，本反應在缺氧時產生吲哚少。也可加少量乙醚，振搖，收集吲哚，再加試劑。有快速檢驗法：稱取1g對-二甲基氨基肉桂醛，溶於10mL 10%鹽酸溶液。用濾紙潤濕該試劑，上麵放一菌環菌落培養物，產生吲哚者30s內變紅。
三、有機酸為惟一碳源試驗和葡萄糖胺試驗
1.西蒙氏檸檬酸鹽試驗
有機酸常常抑製細菌生長。有機酸利用試驗可用來檢查細胞膜上有無運輸該有機酸的蛋白質。此培養基中檸檬酸是惟一有機物，其餘成分為銨鹽等無機物。當細菌利用銨鹽為惟一氮源、並能利用檸檬酸為惟一碳源時，可在西蒙氏檸檬酸鹽培養基上生長。
有些細菌能以檸檬酸為碳源生長。檸檬酸被利用時pH升高。以溴百裏酚藍為指示劑，有細菌生長時，檸檬酸被利用，最終呈堿性，培養基由綠變藍。
2.丙二酸鈉試驗
有些細菌如亞利桑那菌，能利用丙二酸鈉作為碳源，分解成碳酸鈉，使培養基呈堿性，溴麝香草酚藍指示劑變藍色而被檢出。
其他用於惟一碳源試驗的有機酸有黏液酸、醋酸、酒石酸等。其中黏液酸、酒石酸最終分解產酸。醋酸試驗時生成碳酸鹽呈堿性。
3.葡萄糖胺試驗
有些菌可以利用胺鹽做惟一氮源，在隻含葡萄糖胺的培養基上生長產酸。生長極少者也應作為陽性。大腸杆菌為陽性，而誌賀菌為陰性。用於區分這兩種菌。