黃埔軍校的設立就是要建立革命武裝，一切反對勢力自然被視為不共戴天的“反革命”。在廣東的“反革命”勢力亦就首當其衝。黃埔師生的第一仗，就是所謂“平定商團”。……（編者略）
不到三個月，蔣介石率領他的東征之師自潮州回廣州，平定“楊劉叛變”。……（編者略）所謂“叛變”，黃埔學生軍能打敗楊劉，據美國領事的觀察，“功在蘇俄軍事顧問”。（美國國務院編輯ForeignRelations，1925，1；p.742）
美國領事的觀察可從國民黨原始文件中得到印證。1925年4月6日，以廖仲愷為主席的“中央執行委員會”第七十三次會議，決議：“陸軍軍官學校教導團第二團第九連連長桂永清，此次獲敵衣物不報，違犯軍律，罪有應得，唯念該連長作戰以來……奮勇出眾，不無足錄，應免處死，著仍在連長任內，戴罪圖功，予以自新之路。”（李敖藏會議錄原件）誰要處死桂永清呢？蔣介石也，“校長以該連長不能表率全連官兵，恐貽惡風，將其判處死刑”。（李敖藏原件附錄）隻因獲得敵人衣物不報，就要判處死刑，引起黃埔學生李之龍、酆悌、馮毅、薛文藻、黃傑等六十六人以“快郵代電”，急致廣州中央執行委員會廖黨代表，要求“速電校長，變更成案，從寬處治”。此前團黨代表俄顧問亦“請予從寬處治”，“未蒙邀準”，隻因在孫中山喪期，沒有立即執行槍決，終得中執會決議寬恕。（見李敖藏原件附錄）此一事件可以證實，俄國顧問至少到團的一級。當時中國的軍隊，包括軍閥在內，外國軍事顧問到這一級的，可能是絕無僅有，難怪陳炯明要抗議外國軍事介入中國內戰也。此一事件也透露了蔣介石的性格，對中執會的特赦決議，心有未甘，複函說“特赦桂連長永清自當遵辦，唯須處以無期徒刑”，於是1925年4月16日中執會第七十五次會議上複議，決議：“應免桂永清死罪，令蔣校長酌量減等處分。”（李敖藏會議錄原件）幸虧那時蔣介石的權力尚未至上，被中執會諸公糾正了過來，否則桂永清早以連長身份魂歸離恨天矣！
同年5月7日，中執會應蔣介石之請，因教導團改稱黨軍，校長名義不能指揮黨軍，遂“任命蔣中正為黨軍司令官”。約略同時，東江肅清後，在汕頭組織政治局，特派“許崇智、蔣中正、邵元衝、周恩來及市黨部代表一人”為五委員，“監督指揮潮、梅、陸海豐各縣行政事宜，對中國國民黨中央執行委員會負責”。（李敖藏第七十九次會議錄原件）
1925年6月，黨軍克複廣州，國民黨中央黨部任命蔣介石身兼廣州市衛戍司令。他的軍權雖更上層樓，但是在孫中山死後的新政權中，他仍在核心之外。6月15日，中國國民黨中央委員會召開全體大會。30日中執會第九十一次會議政治委員會臨時提出推定汪精衛、胡漢民、張人傑、譚延闓、許崇智、廖仲愷等十人為國民政府委員，通過《中華民國國民政府組織法》（見李敖藏會議錄原件），並於7月1日將大元帥府正式改為委員製的國民政府。周德偉回憶說：
最可注意者，此時的蔣介石尚未為國民政府委員。國民政府推汪精衛為主席、許崇智為軍事部長、胡漢民為外交部長、廖仲愷為財政部長。胡代帥被絀為外交部長，久不任官的汪精衛反為主席，漢民大憤，因辭職走俄，以後若幹年汪、胡成為生死敵人，蔣介石則時而聯汪製胡，時而聯胡製汪。李著謂胡之走俄係以後之廖案嫌疑，其實非是，誌此以待考訂。（《餘之一生與國民黨點滴》未刊手寫本，第95頁）
胡漢民涉廖案之說，因誤以胡為右派，其實當時胡、汪、蔣都是左派。三人成為右派是後來的事。胡到海參崴後，於赴莫斯科途中，一再寫信給“季兄”（汪精衛），盛道俄國同誌關心“中國革命事業”，感激“俄同誌之招待親切周至”，讚佩新俄之建設，“唯有歡喜讚歎而已”（見李敖藏胡漢民10月11日致汪精衛函抄本）。從胡於途中頻頻馳函看來，此時胡汪尚未成為“生死敵人”，不過胡以代理元帥不願屈就部長，自有可能，借此遊曆新俄，以廣視聽。但是周德偉所說，蔣介石在胡汪之間製造矛盾，的確成為事實。
從新成立國民政府的權力分配可知，蔣介石仍與黨政無涉，即就軍事而言，亦仍在軍事部長許崇智之下。1925年為統一軍事於7月3日中執會決議：“派汪兆銘、胡漢民、伍朝樞、廖仲愷、朱培德、譚延闓、許崇智、蔣介石為軍事委員會委員。”（李敖藏會議錄原件）蔣介石名列最後，汪精衛兼軍委主席。蔣之策略是先聯汪製許，於是許成為蔣之立即“鬥爭”對象。自汪於孫死後南歸，蔣即刻意承歡，尊之為大哥，自稱小弟，十分熱絡，汪亦樂得有蔣之助，信以為此老弟的崇敬為真。蔣遂以整頓軍隊為名，將軍權集中到以汪為主席、蔣為委員的軍事委員會。許崇智雖也是委員之一，無論權勢均大大地被分割了。
軍事委員會成立一個多月之後，8月20日的早晨，廖仲愷突然被刺身亡。凶手陳順當場被抓，幕後嫌犯則為胡毅生（胡漢民之弟）、朱卓文、林直勉、林樹巍等人，皆屬右派分子。國民黨右派謀害廖仲愷的政治動機十分明朗，而廖案的最大得益者，卻是當時被稱為“左派將軍”的蔣介石。國民黨中央於廖案發生後的三人“全權應付時局”小組，即由汪精衛、許崇智、蔣介石組成。許因有部下涉案被捕，十分被動，而蔣介石以左派的姿態，又身兼廣州衛戍司令，在汪之允許下，最為積極。邵元衝在8月25日的日記便提到“現由介石分逮多人，將興大獄”（第188頁）。然而表麵上的雷厲風行，捉拿凶犯，實際上則是雷大雨小。蔣以衛戍司令，於案發當日即全市戒嚴，特由何應欽的第一軍第一師在市區警戒，並派兵把守市區製高點，居然所有嫌犯，除林直勉一人外，全部逃往香港，而林又因“查無實據”，被驅逐了事。以蔣當日姿態之左，無人會懷疑到他，但事實上卻是左傾其表、右傾其實，他不喜歡廖仲愷早見之於就任黃埔校長之前。他若果真涉案刺廖，則由他緝凶，豈非猶同陳其美去追緝刺陶凶犯？蔣即使未直接或間接涉案，包庇之情狀，已無法遮掩。更值得注意的是，蔣所考慮的不是什麼左傾右傾的思想問題，而是權力的考量，所以他著重的不是嫌犯胡毅生，而是嫌犯的堂兄胡漢民。陳璧君在《自白書》中提到，廖死消息傳出，“全市嘩然，謂殺廖君者，必為胡漢民，工人集隊，學生亦由黃埔來，請願捕胡，全市震動”。陳璧君打電話找蔣介石，“蔣接電話曰：事很糟，君可先將胡君送東山我家，再商辦法，我說你們不可太兒戲，蔣曰否否”，但當胡漢民一家到蔣宅，“蔣未幾又來電話說，我家仍不妥，遊行者亦將來東山，請即偕我家中衛兵，由君親送胡至軍校我住宅，必妥當”。其實蔣在幕後一手操縱，因此邵元衝特別馳書給蔣，“勸其慎重處事”。（《邵元衝日記》，第191頁）
事實上，蔣介石並沒有保護胡漢民。他把胡漢民押解到長洲要塞看管起來，且於9月22日，以“出使蘇俄”為名，將胡驅逐出廣東。這件事很容易說成是汪精衛想要搞掉胡漢民，然汪是國府主席，位已在胡之上，更何況胡出走後途中不時寫信給汪。要搞掉胡的意願，汪實不如蔣，而蔣顯然是散布汪要搞掉胡謠言之人。證據是邵元衝在戴季陶家裏聽到來自廣東的消息，有這樣的一段記錄：
適蘆隱從粵歸，為言此次之大獄，實係精衛欲掊去展堂，故羅織種種罪名而成之，以便自代，其陰賊險狠，振古所希。季陶痛人心之狡刻，為之大慟，同座相對，俱為欷歔。（《邵元衝日記》，第193頁）
蘆隱姓劉，時為黃埔政治部副主任，他所帶來的消息，若非出自蔣介石，尚有誰人？試看刺廖一案，廖死、胡去，汪精衛亦因逐胡而名譽受損，唯有蔣介石獨獲全勝，利益獨占，權位亦隨之上升。
廖案又為倒許提供了機會。許崇智一直是壓在蔣介石上麵的軍頭，蔣久欲取而代之，許對其舊日上司陳炯明仍有和好共存之意，更遭蔣之忌，乃借許部下有涉廖案之嫌，對許擴大偵查，既指責其縱容部下，具有叛國陰謀，更進而散布其把持財政、私吞公款之罪，以資羅織。然後密令軍校備戰，廣州戒嚴，乘機監視許宅與繳粵軍第三師之械，並於1925年9月19日馳書許崇智，惡言譴責，迫其下野，甚至騙許，奪其兵柄，隻是代管三月，俟“師出長江”後，不僅將部隊“還歸”，而且要恢複許之令名。函長，隻錄一段：
嗚呼！吾兄內阻革命事業之進行，外聯林、劉、楊、熊叛逆，以為殲除革命根本之計，各軍為疑，所部為二，空談革命，口是心非，信用已失，名譽掃地……今不唯吾軍不平，氣憤填膺，即兄之所部，亦欲食兄之肉以為快……此則吾兄行為反乎革命之常軌，弟所痛心疾首者也！……
如兄不以不才為不忠，且能反躬以自省，深知既往之非，不感宵小之言，毅然獨斷，保全名節，則兄不如暫離粵境，期以三月，師出長江，還歸坐鎮，恢複令名，既朗於公，更浹於私。如蒙讚同，當可為兄準備一切，安全登艦，則兄之所部，弟當負責維持，不負兄之初意。否則兄部激變，製止無方，地方紛擾，人民杌隉，是兄不能辭其咎也。（《陸軍軍官學校校史》第五冊第七篇，第33頁）
同日，蔣已將許之親信廣東財政廳長李基鴻、軍需局長關道職等人，以侵吞公款、接濟反革命軍隊之罪逮捕。當許崇智於20日清晨2時，收到蔣的譴責函時，已形同軟禁的籠中鳥。就在同一天，“中央政治委員會”決議，準軍事部長兼粵軍總司令許崇智卸職。當天晚上，蔣介石就派旅長陳銘樞監送許氏登輪赴滬。
許崇智到了上海，向朋友言及此事，猶憤憤不平，連邵元衝都感到“殊可驚詫”，在9月25日的日記中記道：
汝為（許崇智）出示介石致彼之掊擊函件，曆數其用人不當、財政不清、撓師出發等罪名，促其從速離粵。同時有精衛一函，亦表示讚同介石之主張，而促汝為速行者；又汝為複渠之函稿，對所攻擊各點有所解釋，而介石再複一函，仍不變初旨，而促其速行，故汝為遂行。其（蔣）態度突兀至是，殊可驚詫。汝為並言：介石有時或受人挑撥，盛氣難回，然精衛不為之諒解，而反投井下石，殊非對友朋之道，言時慨然！（《邵元衝日記》，第198頁）