寇準去了鄧州，掌管二府和三司的官員們終於鬆了一口氣，原本騰起的焦慮又轉向了喜悅。
至道三年（997）初，太宗的健康狀況開始惡化，到了二月初七，已經不能正襟危坐，正常上朝，開始在便殿裏半坐半臥地處理政務。熬到了三月二十八，實在體力難支，隻好宣布不視朝，停止禦前辦公。就在太宗在病榻上掙紮的時候，李皇後和王繼恩等人一直試圖說服太宗更換太子的人選。
一直擁護太子的領袖宰相呂端這天到宮裏探病，偌大的內殿，除了當值的宮女宦官，室內沉寂無聲，看著奄奄一息的太宗，呂端即刻意識到，在此關鍵時候，皇太子卻不在身邊！若是叫別人趁機搶先在這裏候著，萬一太宗駕崩，太子情勢相當危險。於是趕緊在自己的笏板上寫下了“大漸”二字，命親信隨從長德火速送到太子手中。過不多時，太子趙恒匆匆來到殿內，守在太宗身邊，靜靜的陪自己的父親走完了人生的最後一段路程。
呂端此時正在宰相府裏處理幾件棘手的政務，王繼恩來了，說是奉了李皇後的旨意，請各位官員進宮商量皇位繼承人的事情。呂端心知肚明，這分明是李皇後和王繼恩要合謀政變，皇太子早在一年多前就已經確立，這還用商量嗎？呂端不露聲色的說：“官家駕崩之前曾派人送了一封“墨詔”，說是要他駕崩之後才能跟皇後一起當麵打開，詔書在中書院的書架上，還勞請王公公親自取來，呈給皇後。”
王繼恩一聽，皇帝有遺囑，心裏已經七上八下，不管事態如何發展，得先取了遺詔再說。於是王繼恩進了中書院，呂端迅速派人將中書院的大門緊鎖，把王繼恩鎖在了裏麵。然後，呂端帶領眾臣進宮去拜見李皇後。
李皇後在宮中並不知情，見了眾臣之後說：“按照老規矩，父死子繼，立嗣以長。如今皇位當由皇長子元佐繼承才是正理。”
呂端說道：“先皇在世時立皇子，就是為今天做準備的。這樣的事情難道還有別的說法嗎？”
副宰相李昌齡也是元佐派的，此話一出也不敢再多言語。
李皇後默然了半天，明白此事已無回天之力，也不在吭聲。
在眾大臣的擁護下，新皇帝趙恒舉行登基大典。
那一日，儀仗羅列，群臣賀拜。新皇帝在禦座前等待文武百官朝拜的時候，呂端立在殿下，請求掀開禦座前麵掛著的簾子，要親證坐在禦座上的是不是皇太子趙恒，他擔心李皇後還會耍什麼花樣，經過仔細確認是皇太子趙恒無疑，才走下台階，率領百官行叩拜大禮，山呼萬歲。
三月二十九，皇太子趙恒有驚無險的即位，史稱宋真宗。宋朝的皇位繼承製度也回歸到了父死子繼的大傳統。
真宗即位之後，首先要樹立自己的威信，朝廷之上，新君對老臣的關係是很微妙的，一方麵要依靠這些老臣來鞏固自己的地位，另一方麵又忌憚這些人對自己的不尊重。
登基之初，真宗任命郭贄為大名知府，大名是寇準參加解試的地方，北方重鎮。郭贄接到任命之後就來求見真宗，表示自己年老體衰，希望繼續留在開封工作，請求皇帝應允。
真宗召來呂端商議此事，他問道：“郭贄想留在京城，卿覺得如何？”
呂端是個非常圓滑的人，他並沒有直接回答真宗的問題，而是說近年來確實有這樣的先例。真宗與呂端的感情非同一般，他直接說道：“朕即位不久，下詔派郭贄去治理重要的地方，如果不能順利實行，今後朝中諸多事宜該如何展開？”
郭贄明白了真宗的旨意後，沒過幾天就走馬上任了。這樣做也是為了維護皇帝的權威。
王繼恩因為篡謀之事，被黜為右監門衛將軍，均州安置。潘閬因為與王繼恩過往甚密，不敢在京城多呆，又過上了到處漂流的生活。