肉鰭亞綱包括總鰭魚目和肺魚目。
總鰭魚類包括扇鰭亞目和空棘魚亞目。前者是大的肉食性魚類，見於泥盆紀至早二疊紀，多生活於淡水中，現已滅絕，如骨鱗魚，過去認為它們是四足動物的祖先。空棘魚類是特化類群，頭骨骨片數量和牙齒數目均減少，中生代較多，如大蓋魚。矛尾魚是其唯一的現生代表。中國發現的空棘魚類化石有長興魚等。
總鰭魚類具兩個背鰭。偶鰭支持骨雙列式，其基部具肉質葉。尾歪形或圓形，並具特殊的上、下葉。眼孔小。具迷齒型牙齒。身披整列質鱗。其腦顱的前部篩蝶區與後部的耳枕區之間有一條關節縫把二者分開。具一對外鼻孔。扇鰭魚類具內鼻孔；空棘魚類無內鼻孔。
肺魚類繁盛於晚泥盆紀至石炭紀，至今隻有少數極特化的代表生活於非洲、澳洲和南美的赤道地區。肺魚類內骨骼退化，骨化程度差，頭骨骨片極為特殊，幾乎無法與其他魚類進行對比研究；牙齒多為齒板；腦顱中部無關節縫；偶鰭具肉質基，但支持骨為單列式；其內鼻孔經研究為移入口腔的後外鼻孔；具自接型頜。自其早期代表如雙鰭魚等，直到現代在漫長的地質曆史中它們幾乎沒有什麼重大的改變。角齒魚是中生代較為常見的肺魚類化石，化石多為其齒板。
魚類進化的脈絡
人們通過大量化石材料的研究和探討，認識到魚形動物從奧陶紀的甲胄魚類開始，到現代的軟骨魚類和硬骨魚類，在漫長的進化曆史上，有一個顯著的特征，這就是：在同一時期常常有幾個不同類型在平行發展，而在不同時期占優勢的主要角色卻一直在更替。
例如在誌留紀和泥盆紀，甲胄魚類、棘魚類和盾皮魚類都在發展，但是誌留紀還是甲胄魚類占優勢，到泥盆紀盾皮魚類中的節頸魚類占優勢。
其實這一時期軟骨魚類和硬骨魚類也已經開始出現，隻是數量還不多。硬骨魚類中的內鼻魚類倒是在這個時期一開始就興盛了一下，但是相對來說並不占優勢。
到了石炭紀的時候，軟骨魚類開始繁盛。進入二疊紀以後，軟骨魚類一度衰落，硬骨魚類中的軟骨硬鱗魚卻大大發展起來。
新生代開始，硬骨魚類中的軟骨硬鱗魚、全骨魚、真骨魚依次崛起，軟骨魚類又重新從衰到盛。
在這種模式的發展中，常常有一些相似的類型先後重複出現，發生所謂趨同進化。
為什麼會發生這種模式的進化情況呢？
一方麵，因為它們同處在水生的環境中，在環境條件中有許多共同的因素；另一方麵，它們又處在激烈的生存競爭中。
適應於水生生活的條件限製是非常嚴格的。流線型的體形是快速遊泳的魚類所必不可少的條件。巨大的嘴和靈活的鰭對於大多數肉食性的魚類都很重要。所以不論是哪種類型的魚類，都有共同的這種進化趨向。甚至以後的陸生哺乳動物重新入水，也會發展出流線型的體形。
同時由於魚類之間的競爭從過去到現在一直是相當激烈的，隻要在遺傳和變異過程中產生某種新的類型，能更有效地適應環境，就能代替舊的類型而在競爭中取勝。
所以，雖然在長期進化過程中有相似類型重複出現的現象，但是在總的趨同中又有高等和低等之分。
知識點
軟骨
人或脊椎動物體內的一種結締組織。在胚胎時期，人的大部分骨骼是由軟骨組成的。成年人的身體上隻有鼻尖、外耳、肋骨的尖端、椎骨的連接麵等處有軟骨。
人和脊椎動物特有的胚胎性骨骼。可分為透明軟骨、彈性軟骨和纖維軟骨，為一種略帶彈性的堅韌組織，在機體內起支持和保護作用。由軟骨細胞、纖維和基質構成。基質含有70%的水分，有機成分主要是多種蛋白，如軟骨粘蛋白、膠原和軟骨硬蛋白等。在胎兒和年幼期，軟骨組織分布較廣，後來逐漸被骨組織代替。成年人軟骨存在於骨的關節麵、肋軟骨、氣管、耳廓、椎間盤等處。
延伸閱讀
魚類，是最古老的脊椎動物。它們幾乎棲居於地球上所有的水生環境——從淡水的湖泊、河流到鹹水的大海和大洋。
究竟哪些動物屬於“魚”？現代分類學家給“魚”下的定義是：終生生活在水裏、用鰓呼吸、用鰭遊泳的脊椎動物。魚類包括園口綱、軟骨魚綱和硬骨魚綱等三大類群。
世界上現存已發現的魚類約2.6萬種，海洋中生活的占2/3，其餘的生活在淡水中。中國計有2500種。
魚類各綱之間的差異之大就如陸生脊椎動物各綱之間。一般認為，魚類是體滑而形如紡錘、呈流線型、具鰭、用鰓呼吸的水棲動物，但更多的種類不符合此定義。有的魚體極長，有的極短；有的側扁，有的扁平；有的鰭大或形狀複雜，有的退化乃至消化；口、眼、鼻孔、鰓開口形狀位置變化極大；有的魚呼吸空氣，浸入水中反會淹死。魚類是人類的重要食物。過度捕撈、汙染和環境變化都會破壞魚類資源。魚類捕食，有助於控製瘧疾等蚊傳疾病。魚是行為學、生理學、生態學及醫學的重要實驗動物。許多魚飼以觀賞，許多種是遊釣魚。魚體長從不足10毫米至20多米，重約1.5克至約4000千克。體色多與環境一致而具隱蔽作用，有的魚體色鮮豔，且具斑紋，有辨識意義，有的魚能張縮色素細胞而改變體色，有的魚能發光。