聯軍既陷通州，逼京師益近，董福祥與之戰於廣渠門，大敗。時日暮北風急，炮聲震天，風雨暴至，乃休戰。七月二十日，黎明，北京城破。聯軍自廣渠、朝陽、東便三門入，禁軍皆潰。董福祥出彰儀門，縱兵大掠而西，輜重相屬於道。彭述方遍諭五城，謂我軍大捷，夷兵已退天津矣。及城破，印度兵屯於道，都人尚謂回部救兵來也。其愚妄可笑，一至於此。都城既破，是日百官無入朝者。徐會澧以授工部尚書謝恩，至神武門，聞哭聲，宮中人紛紛竄出，知城破，乃走遠。二十一日，天未明，西後青衣徒步，泣而出，光緒帝及後皆單袷，隨行至西華門外，乘騾車，從者載漪、載攜、載勳、載瀾、剛毅等。珍妃，帝所最寵，而西後惡之，既不及隨駕，乃投井死。宮人自裁者無數。王公士民，四出逃竄，城中火起，一夕數驚。滿洲婦女，懼夷兵見辱，自裁者相枕藉。祭酒王懿榮，主事王鐵珊，均殉之。是日駕出西直門，馬玉昆以兵從。暮至貫市，帝及西後不食已一日矣。民間或獻麥豆，至以手掬食之，須臾而盡。時天漸寒，求臥具不得，村婦以布被進，濯猶未幹也，乃擁之而臥。
是時，西後因倉皇出走，驚悸殊甚。會甘肅布政使岑春煊，率兵來勤王，至昌平，入謁，西後對之泣，然心稍安。蓋春煊扈從之勤，有人所不易及者。如一夕，西後宿於破廟，春煊繯刃立廟門外，徹夜。太後夢中忽驚呼，春煊則朗應曰：“臣春煊在此保駕。”春煊於危難之中，竭誠扈從，以達西安，西後深感之，泣謂春煊，若得複國，必無敢忘德也。次日，行至岔道，延慶州知州秦奎良進食，從者不能遍。奎良懼，後慰遣之。初，光緒帝與西後，於貫市得乘騾轎，至是西後乃易秦奎良轎以行。暮至懷來縣，令吳永，供張甚備，左右皆有饋遺。永湘人，其妻，曾國藩之孫女也，為西後梳頭。塞外已嚴寒，而西後方禦葛衣，永進裘服。西後大喜，立擢永為通永道。王文韶聞城破，奔入宮，知帝已出走，出宮門，車已被掠去，徒步還家，與其子追駕出西直門從行。及於懷來，乃入見。西後垂涕勞之。趙舒翹亦至。帝及後至沙城，乃易轎行。行至太原，總兵何金鼇，率兵迎駐於太原，已當八月下旬矣。時聯軍入都，各國劃界，分屯軍隊。美、日兩國兵，均嚴守紀律，不擾居民。德軍憤使臣之被害，其出師時，德皇誓於軍，謂破都城時，當以入野蠻國之法待之，故德軍淫掠殊甚。其他國軍隊，亦略同焉。聯軍既占北京，分兵追駕，至保定，西後聞聯軍將追至，甚懼。或言西安險固，僻在西陲，洋兵不易至，乃複行。十月，至於陝西西安府時，端方以布政使署巡撫迎駕。設行在政府於撫署，授岑春煊陝西巡撫。榮祿至於行在，命長樞垣，載漪、剛毅輩，不敢言國事矣。
先是於四五月間，有偽詔命各省，將教民盡行殺戮，教堂盡行焚毀等語。各疆臣聞之，皆倉皇失措。時李鴻章於久廢之後，方起而為兩廣總督，乃各電商鴻章，請所向。鴻章毅然複電曰：“此亂命也，粵不奉詔。”各省乃決定保守東南之策。由鴻章領銜，偕江督劉坤一，鄂督張之洞，川督奎俊，閩督許應癸，巡視長江李秉衡，蘇撫鹿傳霖，皖撫王之春，鄂撫於蔭霖，湘撫俞廉三，粵撫德壽，合奏言亂民不可用，邪術不可信，兵釁不可開。言至痛切。東撫袁世凱，亦極言朝廷縱亂民，至舉國以聽之，譬如奉驕子，禍不忍言矣。皆不省。至是南中諸省，知境內仇教者亦漸起，各撥兵衛教堂，與外人和好如故。兩江、兩湖、兩廣、閩浙、山東等省督撫，且於六月間，與各國訂互保條約，不與戰事。東南諸省，乃得無事。