於是他繞開淳安縣巡視其它各縣，這次海瑞又一次打擊了嚴嵩同黨的氣焰，在老百姓心中的威望更高了。盡職盡忠
後來海瑞做了京官，升為戶部主事。但他的脾氣仍是一點兒也沒有改變，辦事一絲不苟，剛正無私，更難能可貴的是他那一顆赤誠的憂國憂民之心時刻在跳動著。當他看到皇帝對國家大事置之不聞，深居內宮，迷信道士，荒廢國事時，海瑞又痛心又氣憤，他決心要改變朝廷的這種風氣，冒死上書，奏書上說：
“君王是天下臣民萬物的主宰，他的責任重大。想要稱職，也唯有任用賢明能幹的大臣，使他們盡職盡責。我冒死請求，請陛下能看完。
“以前的漢文帝算得上是個英明君主，賈誼尚且痛哭流涕地進言。這不是多事，因為文帝性情仁慈近於柔弱，雖然為百姓做了一些好事，也不免有些廢弛，這是賈誼所擔心的。陛下天資英武果斷，遠遠超過漢文帝。然而文帝能‘以仁為本’，節約用費，體恤人民，使天下錢糧滿倉，幾乎終止刑罰。陛下卻銳利精明不多久，就埋頭道學，錯誤地用人。以至宣稱飛升可以求得神仙，一心修煉本性，用盡國庫的存銀，泛興土木，20多年不理朝政，法紀鬆弛。幾年間局勢發展，政局混亂。不見兩位皇太子，人們認為父子情誼淺薄；因為猜疑屠戮大臣，人們認為君臣情誼淺薄；樂於呆在西苑享樂不歸皇宮，人們認為夫婦情誼淺薄。百官不能各盡其職，以致民不聊生，洪水肆虐，盜賊猖獗。陛下試想現在的天下，是怎麼樣呢?”
“近來，嚴嵩被罷免相職，嚴世蕃被判處極刑，一時間大快人心。然而嚴嵩罷相後如同嚴嵩沒有任相職之前一樣，世道不是很清明，這就需要重振朝綱，匡複正氣。古時人君有過錯，依靠大臣匡扶矯正。現在皇上仍然修齋建祭壇，爭相敬香，送仙桃獻天藥，大臣都作表稱賀讚頌。陛下錯誤地興起，大臣們違心的順從，沒有一個人願意向陛下講真話，阿諛之風嚴重。然而他們內心慚愧、氣餒，告退後又背地議論紛紛。這種欺騙君主的罪責該怎樣處罰呢？臣冒死罪願盡綿薄之力，求皇上賜恩”。
他在奏章裏痛斥皇帝，講了皇帝平時聽不到的真話，雖沒有被殺，但被嘉靖皇帝關進監獄。
直到嘉靖皇帝死後，海瑞才被釋放出來。海瑞的名聲早已聞名全國，老百姓都紛紛稱讚他是一位剛正不阿的海青天，永遠記著他的事跡。戚繼光